七月十二日，荷兰舰队来到厦门，当时厦门港内停泊着几十艘明廷和郑芝龙军的待修船只。此时南澳战斗的消息尚未传来，明军厦门守将张永产正在泉州操办器械，郑芝龙也正率主力部队在福宁剿匪。因此荷兰舰队来进行偷袭时，中国方面实际处于毫无戒备的状态。结果，荷兰人一举烧毁和击沉了中国方面的15艘舰船(郑军10艘，明廷5艘)，并登岸“大掠”。偷袭得手后，荷兰人封锁了厦门湾，强迫金、厦附近的村庄向荷兰人进贡猪牛等物，并威胁中国方面开放贸易。

七月二十六日，中国方面的答复来了：荷兰人先赔偿战争损失，退回大员，然后才有可能谈判商务方面的问题。但这种谈判纯属鸡同鸭讲，不可能成功。于是荷兰人再次进攻厦门，守将张永产和同安知县熊汝霖都督明军迎击，荷军败退。明朝海军追至外洋，因风向不利，经两昼夜未能接敌而回。败退的荷军在海上游弋20余日，不敢再攻厦门，于是转而从料罗湾进犯海澄境。海澄知县梁兆阳率兵夜渡金门浯屿，袭破荷军，焚其小舟3艘，获5艘。浯屿之战后，荷兰人由于接连吃亏不敢贸然进犯，明朝地方管员也在等待朝廷的处理意见，因此在整个八九月份的台风间隙里，明荷双方只保持小范围的冲突。九月二十二日，福建巡抚邹维琏接到圣旨，崇祯皇帝严令惩荷。邹维琏立即飞谕各地文武将吏，不许再谈“互市”二字，“誓以一身拼死当夷”。十月十二日，邹维琏自省城(福州)抵达漳州，檄调诸将，大集舟师。以郑芝龙为先锋，高应岳为左翼，张永产为右翼，王尚忠为游兵，吴震元、陈梦珠记功散赏。安排停当局，散发海战方略给各位将领。十五日，邹维琏亲自渡过海澄，誓师督战。

厦门之战损失最重的当属郑芝龙，损失的人马既是部下又是兄弟，因此，除了明朝官方安排的赏格外，郑芝龙本人也动用了江湖令。他用自己的私人金库对手下发出赏格：参战者每人给银2两，若战事延长，额外增给5两。每只火船16人，若烧了荷兰船，给银200两，斩获一个荷兰人头给银50两。当时朝廷的七品官月俸相当于今天县处级干部的月工资，也不过白银5两左右，因此这个赏格相当之高。高赏格加上江湖义气激起的愤怒，使得郑芝龙的部下士气高涨。 在明方积极备战时，荷兰人也不敢怠慢，他们招来了郑芝龙的对头大海盗刘香为增援。刘香带来了战船50余只。这以后的一段时间里，双方重兵集团互相搜索，互寻战机。直到十月二十二日，终于爆发了料罗湾大战。

这是一个寂静的黎明，得到可靠情报的明军主力150艘战船悄悄开到了金门岛南部的料罗湾口，在那里，正停泊着荷兰、刘香联合舰队的全部主力。当发现明军来袭时，荷、刘舰队摆开一个荷兰战舰居中、海盗船四散策应的防御阵形；明军舰队则在料罗湾东南角展开，以郑芝龙部队为先锋，顺东风采取了两路突击、黑虎掏心的战术。按照事先布置，明军主力部队全部直奔荷兰舰队，只以辅助部队对付海盗船。同时，他们采用了荷兰人在欧洲战场从未见过的打法――火海战术。明军150艘战船中，只有50艘是炮舰，其余100条小船清一色的火船，随着一声令下，在大船火炮掩护下，百条火船蜂拥而上搭钩点火。