同时也促使了清政府内部有识之士对边疆问题的进行深入的认识与思考，并推动了清朝在西北边疆推行了一些行之有效的举措。

　　其一，建立有效的行政机构，强化中央对边疆的有效控制。张格尔叛乱之后，如何安置西四城成为朝野关注的重点。因为西藏在土司制度的管理下取得了一定的成效，部分官员建议仿土司分封制统治西四城。但在众列强环伺天山南部的情况下，这一措施无疑是将西四城拱手让人。玉麟认为“西四城为东道藩篱，南八城为西陲保障，即前后藏及西北沿边蒙古番子部落皆赖以巩固。若西四城不设官兵，仅令回人守土，诚恐回性无恒，又最畏布鲁特强横，转瞬即为外夷所有，则阿克苏又将为极边矣。”“以形势论，唇亡则齿寒;以地利论，喀什噶尔、叶尔羌、和田三处为回疆殷实之区。”因此以玉麟为首的官员主张坚守天山南部诸城。道光帝在权衡利弊之后否定了土司分封的意见，而将西四城置于清廷的直接管辖之下，向西四城加派官吏、增加驻军、调整军事部署。这些措施较以前更为有效地保持巩固了西四城的安定，维护了西北边疆的安全，无疑是正确的。但清廷在西四城的改革并不彻底，如仍旧实行军府制、伯克制，仍将西四城及天山北部广大边疆地区视为内地屏障与藩篱，而未将天山南北看作与内地诸省同等重要的行政区域，没有强化对此地区的有效行政管理。

　　值得注意的是此时就有人提出了彻底解决新疆问题及新疆建省的建议，那就是龚自珍。他认识到西北边疆在国家安全中的重要作用，于1821、1829年分别写成了《西域置行省议》和《御试安边绥远疏》两篇政论文章，强调新疆建省和废除伯克制的必要性。他的建议指出了解决新疆问题的方向，在当时有识之士中引起了共鸣，魏源、左宗棠也纷纷主张新疆改设行省。这一措施虽未被采纳，但它适应了当时的形势，显露出朝廷中有识之士管理新疆问题的战略眼光。时隔五十年，在清廷平定阿古柏入侵势力后,新疆建省终于得以实现。

　　其二，整饬吏治，注重民心，采取正确的民族政策。张格尔叛乱是由多种因素造成的，不可否认它是在外国殖民势力支持下发生的，甚至很大程度上依赖于外国殖民势力的扶助。但是这并非是这场叛乱发生、持续的惟一原因。新疆远离清廷统治中心，居民且多为少数民族，“回户赖其休息，仰朝使如天人”。这种环境使得清廷在新疆的统治无法受到严格的监督，往往产生官绅勾结的现象。在《西域闻见录》中曾记载：“喀什噶尔岁敛普尔钱八九千缗，叶尔羌岁敛普尔钱万余缗，和田岁敛普尔钱四五千缗，又土产、毡裘、金玉、缎布赋外之赋，索需称是，皆章京、伯克分肥，而以十之二奉办事大臣。”从这段史料可以看出新疆各级官员搜刮百姓的程度，百姓深受其苦已到了官逼民反的境地。官员的淫虐和索取无度引起了回民的愤恨，反清呼声越来越高，而张格尔恰巧利用了这一时机，宣传自己施仁政从而骗取民心，为其叛乱做好了准备。一面是清廷官员无情的剥削，另一面是和卓贵族“热情”的允诺,煽动之下，民众的心便倒向了和卓贵族一边。因此张格尔所率的叛军在南疆时，“内地回户多为其耳目，官兵往捕辄遁”，给清军讨伐叛逆带来了很大的困难，以致在平定叛乱时不得不实行安抚政策。面对张格尔叛军的暴虐统治，清朝的安抚政策逐渐起到了作用，各布鲁特前来投诚。这才使得叛军的实力大大削弱，为彻底平定叛乱创造了条件。

　　新疆是少数民族聚居之地，存在同一民族跨国而居的现象。清朝初期，为处理好与少数民族的关系，统治者吸取历代的经验，制定了“修其教不易其俗，齐其政不易其宜”的民族政策，对于快速建立起清朝在新疆的统治、保持边疆的基本稳定起了积极的作用。张格尔叛乱平定后，清朝又采取了一些安抚民心的举措。那彦成在处理善后事宜时，先收抚了原来逃亡、服从浩罕的布鲁特以削弱浩罕的势力;又与位于浩罕西南、一向与浩罕为仇的达尔瓦斯部布鲁特取得联系，形成对浩罕的两面夹攻之势。各布鲁特回归清朝之后，“那彦成又将卡外实在出力的布鲁特18部43头人，分别劳绩资格酌定自二品至五品顶翎。”对他们予以奖赏。这些措施在短时间内起了积极的作用，但是由于道光帝的反对，这些措施没有完全地实行下去。道光九年，统治者以“国家无此政体”为由将此措施完全推翻。