儿子越能干，将来就越难以控制，对自己的帝业威胁也就越大，这是武则天无法接受的。加上她的宠臣明崇俨多次挑拨，武则天逐渐萌发了废掉李贤的念头。她屡次下书训诫儿子，并让人撰写了《少阳政范》和《孝子传》二书供李贤研习忠孝之道，还“数作书以责让贤”。书中暗寓训斥的意思。李贤天生聪明，当然看出了其中的奥妙，是母子间的矛盾越来越大。明崇俨在路上被强盗所杀，武则天怀疑由李贤主使，大索盗犯，数月没有结果。

李贤对母后的做法心怀失望，于是有些自暴自弃。他开始狎昵女色，放浪恣行。武则天召李贤至洛阳，派遣薛元超、裴炎、高智周三人去东宫搜查，三人竟在东宫查得皂甲数百具，又诱令赵道生讦告太子，硬把明崇俨被杀之案加在李贤身上。武则天遂提出大义灭亲四字，打算把李贤置诸死地。高宗代子求情，将废李贤为庶人，幽锢一室，不久又流徙距京师两千三百里的巴州。

然而已经没有翻身之力的李贤还是不让武则天放心，因为他曾经写过一首《黄台瓜词》：“种瓜黄台下，瓜熟子离离，一摘使瓜好，再摘使瓜稀，三摘犹为可，四摘抱蔓归。”这首诗与曹植的七步诗有异曲同工之妙，暗示母亲对亲生骨肉的冷酷，在当地流传颇广。也许是杀人沙惯了，抑或李贤的能力和影响力太有威胁了，武则天决定第六次实施谋杀，铲除一切敢于冒头的威胁。于是她让邱神绩驰赴巴州，逼令李贤自杀。然后佯贬邱神绩为叠州刺史，过了一段时间事情渐渐平息，又召邱神绩为金吾将军，宫廷里才慢慢得知武则天杀李贤的事。

李贤死后，她和高宗的另外两个儿子水平皆属一般，而且一个怕老婆，另一个胆小懦弱，再也不能成为武则天帝业道路上的绊脚石。至此，经过数十年如一日的“顺我者昌，逆我者亡”的六亲不认政策，武则天终于掌握改朝换代所需要的全部本钱，一个女皇帝的出现只是时间问题了。