首先，根据其他史料记载，李秀成的自述一共写了九天，每一天若干页。按照常理，全文应该有八个间隔，但是今天所见的《李自成自述》“原稿”的影印本文字相连，每天都写到最后一页纸的最后一行字，看不出每天的间隔。何况，既然是每天各交一些，真迹就应该是散页或分装成九本，但是今本却是一本装订好的本子。由此可以推测，所谓的“原稿”显然是曾国藩派人将李秀成每天所写的真迹汇抄在一起的。

　　其次，根据很多材料的记载，李秀成当时写了5万多字，然而今天的“原稿”影印本却只有3.6多字。那少了的1万多字到哪里去了呢?显然应该是被曾国藩撕毁了的。既然是被撕毁，那么“原稿”的内容就应该上下不相衔接。可是在影印本中，每页都标有页码，整齐清楚，并且前后内容完全相连，人为的痕迹十分明显，显然是删节后的抄本。

　　第三，从写作的形式等方面看也有问题。太平天国有严格的书写规定，而“原稿”的影印本中出现的“上帝”、“天王”等词多数并不抬头，一些该避讳的时候不避讳，不该避讳的时候却避讳了，如凡“清”字均不讳，而不该讳的“青”却写成了“菁”等。这些显然都是违背太平天国的避讳制度的。何况，这样的笔误在“原稿”中出现的次数很多，不能简单地看成是笔误。

　　针对荣孟源的意见，也有人提出反对。陈旭麓认为，我们不可能设想当时的李秀成好像后来的作家一样，有一个每天分节写出的章节安排。至于书写形式，李秀成作为一个成年人早就已经形成了通行的书写习惯，尽管他熟悉太平天国的书写格式，但因疏忽犯讳，并不奇怪。说曾国藩作假也不合情理，他若要作假应该是在上报军机处和刊刻的时候就完成，何必造个假东西当作宝贝传之后代?曾氏后人又何必要将这个显然会招来众议的假东西公诸于众?而钱远熔认为这个“原稿”不仅是李秀成的真迹，还是完整无缺的。曾国藩只对它进行了删改，并没有撕毁或是偷换。对钱远熔“完整无缺”的观点，罗尔纲先生虽然不同意，认为“原稿”确实有被曾国藩撕毁的地方，但他仍然坚持“原稿”并不是冒牌货，是李秀成的真迹。

　　不仅国内学术界对《李秀成自述书》的真伪争论不已，国际上也有很多人予以关注。1978年国际友人路易·艾黎即对此发表了自己的看法“如果像曾国藩这样一个肆无忌悼的卖国贼官吏竟然会不去充分利用被俘的李秀成来进一步达到自己的目的，这是绝对不可思议的。他可以先鼓励李写下他本人的历史，然后再通过他的专家在同样的纸张，以同样的文风，添加上有害于太平天国事业的东西。之后，在显示他本人宽宏大量的同时，对全部东西加以剪裁。”又说：“由于自首书是经过篡改的，所以，曾国藩对它的完整显得异常的神经过敏。他曾命令其家属不得给他人看这份自首书。我曾亲自在上海听见过他的孙子说过这件事。”

　　李秀成生前在战场上英雄善战，对后期的太平天国的政治、经济、军事都产生了重大的影响。被后世争论了半个世纪之久的《李秀成自述》的真伪，也许是论断他功过的最好证据吧。世人希望这个谜能赶快解开。