随后，大策凌敦多布又要求清军将领色楞、达克巴藏布等前去会议，清军此时已经无法再战，只好答应其要求，色楞、达克巴藏布遂被迫前往准噶尔军营。色楞到后，大策凌敦多布等准军将领摆出一幅胜利者的姿态，先强令色楞下跪，色楞态度颇为强硬，立而不跪，又欲自杀，最终大策凌敦多布强迫他跪下，并且指责色楞未有命令就擅自进攻：“大国之主阿穆呼朗汗，令尔率兵驻木鲁乌苏而已，并未令尔率兵征伐我等，尔违悖谕旨，轻视我等，率少数兵深入何意?今被我等俘获，尔又有何言以对?”色楞则一言不发。大策凌敦多布将色楞、达克巴藏布扣留于营内。次日，大策凌敦多布又差人将参将查里珲、侍卫布达里、游击石安泰、守备马啸、营长巴彦图等招去“相商事宜”，又问及清军为何进攻他们，查里珲等回答：“闻尔兵来藏斩杀拉藏，囚禁达赖喇嘛，百般折磨唐古特人众，我等为保护黄教，忍无可忍，率兵前来。无圣主之旨属实。”大策凌敦多布则辩称“我等原并无对抗大国之处”，都是因为色楞率军紧逼，才不得已与清军交战，并表示“如今，乘尔等兵饥，我等不战，困守均可致尔于死地，我等断不如此而行” 。大策凌敦多布将查里珲、布达里、石安泰、马啸扣留在准军营中，将巴彦图等放回。

应当指出，因为清准双方实力对比悬殊，准噶尔首领策妄阿拉布坦此时也并未作与清朝全面开战的打算。他派大策凌敦多布入藏灭拉藏汗，并没有授意其与清朝发生直接冲突。作为策妄阿拉布坦的部下，大策凌敦多布自然也不愿意与一个强大的对手交锋，他与清军将领的谈话中一直在表白自己在力避冲突，以此来表示他不愿与清朝交战的意图。大策凌敦多布没有对被俘清军斩尽杀绝，甚至还有意放回一批清兵，他为自己留有余地，不想与强大的清政府结下太大的仇怨。此次入藏之役，清军额伦特、康泰、康海、司九经等将领殉难，官兵阵亡人数，据清朝一方称有1500余人。准噶尔军死亡者，据清军称“斩兵二千余”，但据准噶尔人说此战损失200余人。根据日后在藏准噶尔人仍有数千之众，显然清朝一方所宣布人数有所夸大。这次清军入藏失利，究其原因，主要有以下几点：

统帅不和。清军指挥者色楞和额伦特二人不和，甚至出现在战斗中都不能协同作战的情况，据生还者告称此二人“均自称为首，互不相让，导致不睦”，从额伦特写给康熙的奏折中，也曾经报告色楞不从其言，任意行事，可见清军将领之间的矛盾、分歧甚大，以致不能同心同德与敌作战。兵力分散。色楞率领2000余人先行开拔，后来额伦特为追赶色楞军又将大批士兵和粮饷丢在后面，造成清军兵力分散。班禅派往清营的呼图克图喇嘛就曾抱怨清军“尔等为何不齐来，因逐渐而至，至受准噶尔人伤害”。与准噶尔军的战斗中，基本上是各自为战，不互相协调。

气候恶劣，补给困难。藏地“冬季瘴气益烈，人不得食，始冻，全身肿胀即亡。”加上准噶尔军截断了清军的补给道路，很多清军官兵死于饥寒和疾病。救援不力。在清军被围之前，额伦特就派使者催促公策旺诺尔布迅速带兵来援，但策旺诺尔布行动迟缓，直至清军败没也未到达。另外，此次进军清朝一方虽宣称为护卫黄教而来，但并没有将西藏民众所拥戴的呼毕勒罕格桑嘉措随同带来，缺少一面能够吸引藏人的宗教旗帜，藏人对清军也不会有特别大的支持。相形之下，大策凌敦多布等所率准噶尔军已经占领西藏多时，休整已毕，还可以充分调集西藏的人力、物力来对付清军，清军轻率冒进，落入其早已布置好的陷阱，自然难逃覆灭厄运。