为此，1987年4月，他就向当时的南海舰队司令员陈明山下达任务，要求做好舰船去南沙海域巡逻的战备工作。刘华清指出，这是一次重要任务：一是行使主权;二是显示我们的海上力量;三是战备结合，检查这几年的训练质量。既是战备，也是一次远航训练。要求部队一丝不苟，认真准备，万无一失，确保安全。这次远航训练，熟悉海区和了解情况，是其中的重要任务之一。南沙是我国领土，我们今后要经常去。一旦发生冲突，要按照军委总部规定，做到有理、有利、有节的反击，绝对不能示弱，绝对不能吃亏。

　　1987年5月16日至6月6日，海军组成大型舰艇联合编队，首次到南沙巡逻，顺利地完成了预定任务。1987年3月，联合国教科文组织和海洋学委员会第十届大会通过决议，要求中国政府在南沙群岛建立一个海洋观测站，以便及时向国际上提供该海域的水文、气象等资料。不久，国务院和中央军委批准了这一要求。建站的具体工作由海军负责，国家海洋局和交通部协助。海军在很短的时间内完成了工程勘察、设计等工作，施工的全部材料也都在大陆筹集。1988年2月2日，施工船编队的9艘船从湛江起航，7日晨到达永暑礁施工现场。为防止意外，海军派出了数艘护卫舰担任周围海域的巡逻警戒。2月18日15时40分，中国海军5名官兵登上南沙华阳礁，插上了国旗，看守该礁。同日16时40分，越军9人也登上华阳礁，并插上了越南国旗。针对这一挑衅，登岛的中国海军官兵和在海上游弋的驱逐舰，立即对越军喊话、发信号，令其立即离开。

　　21时41分，越南舰船和登礁人员全部撤离。这一次，没有造成流血冲突，但是谁都能感觉到，这一海域，战斗将一触即发。2月25日，中国海军官兵登上了南薰礁。3月13日，在南沙海域巡逻的中国海军3艘护卫舰，派出6名海军官兵，携带轻武器，登上赤瓜礁，进行勘察作业和插旗。3月14日6时25分，越南海军一艘505号登陆舰和604、605号军用运输船，突然窜至赤瓜礁海域，并派出42名武装人员，携带轻机枪和冲锋枪强行登礁。中国海军官兵反复用越语向越军喊话，声明这里是中国领土，令其离开。越军非但不听劝阻，反而首先用冲锋枪向中方人员射击。在越海军604号运输船上，多挺轻机枪也一齐向中国守礁人员和舰上人员射击，当场打伤我方一名战士。中国海军官兵被迫进行自卫还击，击毙敌登礁人员20余人，俘虏9人，击沉越海军运输船1艘，重创2艘。双方战斗只进行了28分钟便告结束。中国方面伤2人。对于其后越军的救护行动，中国海上巡逻编队采取了人道主义立场，允其救护，没有置理。

　　3月15日，中国海军官兵攻占了东门礁;3月25日，又攻占清碧礁。至此，中国在6个礁上进驻了部队，打破了中国在南沙没有立足之地的局面。赤瓜礁战斗后，国际上大多数媒体作了客观报道。中国的周边国家和美、苏两个大国，也都从各自利益出发表现出谨慎和超脱的态度，希望双方和平解决争端。越南当局态度明显变软，外交上公开乞求"双方保证不使用武力"。在为赤瓜礁之战欢欣鼓舞的同时，刘华清清醒地认识到，要更好地在南沙显示我们的存在，有效地维护国家主权，就必须解决我们飞机的"腿短"问题。显然，越南对中国威胁最大的，不是舰艇，不是蛙人，而是飞机。

　　大陆距南沙1000多公里，中国的作战飞机长途奔袭到了那里，油就剩下不多了，形不成真正的战斗力，而相关国家比我们近得多。同等技术性能的飞机一起出动，相关国家飞机在作战距离上就占了优势，航程近，不但可以增加滞空时间，还可以加大载弹量。真有战事，我们的飞机就会鞭长莫及，保证不了海空优势，保证不了战斗的胜利，无法向全国人民交代。要尽快改变我国飞机"腿短"问题，就需要发展航空装备和在西沙修建机场。刘华清把这件事提到了议事日程上，并多方进行论证。

　　1988年3月29日下午，刘华清召集航空工业部、海军、空军、国防科工委、总参装备部等部门领导，以及飞机研制厂家的专家、技术人员，就如何使中国空军的航空装备适应南沙斗争需要进行了专题研究。专家们设想了一个花钱少、见效快、自力更生就可解决的应急方案;另外，启动加油机工程。刘华清同意专家们的意见，认为这是切合空军当前实际、解决空军歼击机去南沙作战问题的最实际最有效的办法。特别是加油机工程，不仅可以加强南沙斗争，而且可以解决空军和海军航空兵机动作战问题，战略意义极大。几天后，刘华清把会议研究的情况和个人想法，向中央军委副主席杨尚昆和军委常委会议作了汇报，大家一致表示同意。