袁世凯死后，北洋政府府院之争愈演愈烈，第一次府院之争以黎元洪的辞职和冯国璋的上台结束，第二次府院之争就紧锣密鼓地开始上演。这次的主角是总理段祺瑞和总统冯国璋。那么，第二次府院之争究竟是怎么回事？它的要害又是什么呢？
第二次府院之争是指冯国璋和段祺瑞之争。张勋复辟中，黎元洪流亡使馆区，冯国璋副总统在南京代行总统职权，与段祺瑞遥相呼应，通电讨逆，保障了共和政体的持续。随后，段祺瑞拒绝迎回黎元洪，乃致电冯国璋北上就任总统。他的电文是简单干脆的四个字：“四哥快来！”冯国璋一看之下，不禁心中一热，即令备车出发。不过，在北上之前，他以总统名义令最亲信的将领李纯接替自己的江苏督军，以坐镇自己的大后方。
冯国璋在就任总统之初，和段祺瑞的心思是一样的。他们都出身北洋，在小站时就朝夕相处，在洪宪帝制和张勋复辟中都站在一条战线上，可说亲如手足，因此他们相信决不会再有新的府院之争了。为此，冯国璋还曾将段祺瑞、王士珍请到府中大话家常，执手温言：“我们三人不要分什么总统、总理、总长，我们是一体的，一定能把事情做好！”
但是谈何容易！军事方面。段祺瑞要以武力统一全国，因此要整合北洋的军事，早在冯国璋北上时，他就准备以亲信入替其江苏督军之职，不料被冯先下手为强。后来段在幕后策划的天津会议，则几乎囊括了除冯系“长江三督”之外的所有北洋地方实力派，从而最终倒冯成功。政治方面。段祺瑞将第一次府院之争时的“朋党”继续扩大，组织了一个安福俱乐部，进而形成安福系，并最终组成了安福国会。所谓“安福”，指的是北京西城安福胡同内的一个四合院，段系人物常在此聚会，评论时政，商量大事，代表人物如王揖唐、曾毓隽、王印川、梁鸿志、光云锦等，显然的“朋党”无疑！段祺瑞方一复任总理，即宣布解散旧国会，代之以安福系为主的新国会，从此国会成为国务院的御用会议。段在新府院之争中占得先机。
而第二次府院之争的要害，其实在于施政理念。段祺瑞秉持的是袁世凯的政治立场，以西南为叛逆，要以武力统一全国，由此可见他对袁世凯的反对是有限的；而冯国璋的立场与黎元洪类似，与西南暗通消息，要以和平方式统一南北，由此可见他对袁世凯的反对是较为坚决的。由于西南方面一直对黎元洪持支持和同情态度，对段祺瑞解散国会、废除约法的行为从失望而至于愤恨，段祺瑞的武力统一政策也就贯彻得尤为坚决。而西南方面的实力派如陆荣廷等频频示好于冯国璋，冯因此认为西南可以和平争取，而惟有南北统一，他的总统才更有含金量，而战争则会破坏这一切。