府院之争的发生，虽然是当时各派政治力量的分化、组合的结果，但就个人来说，是黎元洪与段祺瑞之间权力斗争的结果；就集团利益来说，是以黎元洪为首的总统府与以段祺瑞为首的国务院之间的争权夺利。其实黎元洪与段祺瑞之间的权力冲突由来已久。
早在袁世凯时期，黎元洪与段祺瑞之间就已构恶了。当时黎元洪是中华民国的副总统，并实际控制湖北，而段祺瑞则是袁世凯的亲信，是北洋派中坐第二把交椅的权力人物。1913年底，在袁世凯的授意下，段祺瑞将黎元洪从武汉赶到了北京，使黎元洪失去了自己的势力范围，到北京的黎元洪赤手空拳，再加上他生性软弱，畏段祺瑞如虎，而作为强权人物的段祺瑞一直看不起黎元洪，根本不把这位副总统放在眼里，因此，在袁世凯时期，作为副总统的黎元洪与任陆军总长的段祺瑞之间关系紧张。
袁世凯死后，两人关系一度趋缓。当时，段祺瑞为了巩固自身的利益决定利用黎元洪，他不但说服北洋众将让黎元洪继任总统，而且对黎元洪的组阁意见表现了足够的宽容和尊重。但是当内阁信任案在国会顺利通过后，作为内阁总理兼陆军总长的段祺瑞地位越来越稳固，他的真正面目也开始暴露出来，段派势力控制下的国务院根本不把总统黎元洪(总统府里湖北人一统天下)放在眼里。黎元洪起先一直忍气吞声，但总统府的幕僚们愤愤不平，国会中的反段力量也支持黎元洪，其他派系军阀也反对段祺瑞，于是黎元洪感到有了靠山，便不甘逆来顺受，就提出划分府院权限方案，企图收回兵权，于是府院之间发生权力之争。但是后来两者之间却没有公开决裂。这是因为段祺瑞虽然一心想大权独揽，不把黎元洪放在眼里，但当时的局势却逼得他不得不利用黎元洪，而黎元洪尽管对段祺瑞不满，不甘心做傀儡，但他没有自己的军队和地盘，他的勇气也没有足够到敢于和段祺瑞公开决裂，正是在这种现实和心理的条件的支配下，双方都有心缓解矛盾和冲突，最后都作了一些让步，暂时缓解了府院之间的矛盾。虽然这一次公开决裂的危机过去了，但府院之间的冲突已经形成，并且继续走向激化。
1917年，段祺瑞和黎元洪之间因为对德问题再次爆发了尖锐的政争，其实参战本身对黎元洪和段祺瑞来说是无关紧要的，要紧的是双方都想利用这件事得到外交上的支持和援助，以扩充自己的势力，因此，事情的关键不在于参战与否，而是在于由谁来主持参战。由于美国放弃了对参战的支持，走日本路线的段祺瑞占了上风，原来走美国路线的黎元洪当然不能坐视，就极力反对参战，这使得他与段祺瑞之间的关系顿时紧张起来，总统府与国务院围绕参战之事也再次形成水火不容的两大阵营，双方最终破裂，终于酿成了一场灾难性的政局大动荡。
在府院之争走向激化并最终决裂的问题上，美国和日本起了推波助澜、不可忽视的影响。他们在中国是否对德宣战问题上出尔反尔，就充分证明，美国和日本都想利用对德问题来谋求对中国的霸权。
美国于1917年2月准备对德宣战，并希望中国能够在对德问题上与其采取一致行动，因此美国支持亲美派的黎元洪总统，想利用这个机会扩大在中国的霸权，抵制日本在中国势力的扩张。而日本则看准了段祺瑞，一心利用其总理的实力来实现控制中国的梦想，在这场美日之间的明争暗斗中，由于黎元洪的软弱无能，美国开始明显地居于下风。如果中国参战则变得有利于日本而无益于美国，于是美国出于本国利益的需要，改变了其原先的态度，不希望中国参战。这就使得原先要求参战的黎元洪也出尔反尔，变得坚决反对参战了。
而日本对于中国是否参战态度也是前后不一。原先日本对中国参战是坚决反对的。战争爆发后，英法俄都试图积极拉拢中国的袁世凯参战，他们这样做的目的，除了企图借参战之名从中国掠夺更多的人力、物力资源外，主要是为了防止日本乘欧战之机独霸中国。假如中国能加入参战国的行列，英法俄等国对中国问题就有了更多的发言权，从而使日本的扩张野心受到制约，因此，中国这时候参战对日本的利益十分不利，日本表示坚决反对中国参战。袁世凯虽然亲英，但由于其正忙于筹办帝制，而日本当时在中国的势力要超过英法俄，他不敢得罪日本，因而袁世凯时期中国没有参加一战。但到了1917年，日本对中国参战问题又由反对突然转而支持，这又是为什么呢？原来这时候日本在华地位逐渐得到加强和巩固，英法俄又答应了日本在中国的一些特殊权益，特别是这时北京政府的实权派段祺瑞是力主亲日的，中国参战不仅可以由日本来单独操纵，而且日本可以通过军援、经援更有效地达到控制的目的，显然中国这时参战已由不利于日本而转为有利于日本了，因此日本力主中国参战，这就使得走日本路线且想通过参战扩大势力的段祺瑞坚决要求参战了。
由此可知，府院之争由来已久，它是黎元洪与段祺瑞之间以及他们分别代表的利益集团之间争权夺利的结果。美国和日本在中国参战问题上的对立态度最终导致了这一事件的发生，因此其实质是美日在中国的争夺