柯克尚未去台湾，形势就发生了戏剧性的变化：孙立人主动将一封密函送交柯克。孙立人在信中提出愿意领导兵变以除蒋，但要求得到美国支持，至少是默许;他表示，一旦掌权，将制止腐败，并在对付共产党方面，更具弹性(即不强求反攻大陆)。

　　杜鲁门当时虽未立即作出决定，但鉴于其一贯的反蒋态度，国务院并未觉得会有什么出乎意料的决定，所以，艾奇逊等开始紧张地部署政变前的准备工作。1950年6月23日，腊斯克与胡适在纽约布拉萨大酒店会晤，并正式要求胡出面领导反共亲美的自由派内阁以取代蒋，胡表示毫无兴趣，还指责美国在盟友遭难的时候落井下石，不过，他认为蒋不宜再做“总统”。

　　据档案显示，美国务院拟定的政变日期是6月的最后一个周末，并决定：在政变前，蒋介石“必须被解除权力”。然而，6月25日清晨，朝鲜战争爆发的消息传来，艾奇逊等面面相觑，他们知道，美国的注意力将集中到朝鲜，而在朝鲜激战的时候，是无法在一个并非没有一点利用价值的“盟邦”发动政变的。蒋介石就这样赢得了喘息之机!

　　时机成熟 炮制冤案

　　孙立人虽是良将，但并非“黄埔系”，且早年并未加入国民党，因而始终都不为蒋介石完全信任。由于台海危机情况，加上美国人的情面，蒋介石不得不重用孙立人以防卫台湾，并利用他与美国的良好关系争取美援。但在孙立人就任陆军总司令的同时，蒋经国在蒋介石的授意下，已将特务网络渗透至陆军总司令部，孙的一举一动尽在其监视之下。

　　1953年3月21日，美民主党总统候选人史蒂文森“访问”台北，约孙立人会面。孙立人对史蒂文森说，马歇尔1946年对国民党贪污腐化、没有效率、众叛亲离的批评“绝对正确”，他表示：“国军”仍然是不错的，亦有望“反攻”大陆，但其领导层不行，台湾政府是一个充斥个人权力的老迈政权。孙立人的一番慷慨陈词并没有获得史蒂文森的任何承诺，相反，却为蒋经国的特务提供了“谋叛”的又一证据。

　　1954年6月24日，孙立人被调为“总统府”参军长，实际上脱离了军队。同年12月，美台签订了“中美共同防御条约”，台湾成为美国封锁中、苏的“环太平洋岛屿链”中不可或缺的一环，蒋介石不再担心会因为清除个别亲美异己人士而与美国决裂。于是，“久蓄异志”的孙立人已成为他可以随时处置的俎上肉。

　　1955年5月25日，台湾陆军少校郭廷亮被捕，经审讯，他承认，时任“总统府参军长”的孙立人指使他在军中联络了大批军官，并派人侦察台北阳明山西子湾、“总统”官邸等敏感地区的地形，企图以武力实行“兵谏”。

　　5月28日上午，蒋介石召见孙立人，说：“你以后少跟政客们来往。”孙说：“是的，我一生最讨厌玩政治和与政客打交道。”蒋说：“这次我要把你给孤立起来。”双方话不投机，不欢而散。

　　6月6日，蒋介石在孙立人等人陪同下，前往屏东机场阅兵。阅兵后，立即产生流言，说有人企图在现场发难，扣留蒋介石，实行“兵谏”，以排除腐败，巩固台湾。

　　8月20日，蒋介石下令成立以陈诚为首的“九人小组”调查孙立人。同时，为了向舆论、特别是美国舆论显示公正，又下令成立监察院“五人小组”进行调查。1955年10月31日，台湾“陆海军军事法庭”对孙立人作出判决。从此，孙立人被软禁33年之久。这就是国民党退台初期轰动一时的“孙立人案”。

　　1988年3月20日，台湾“国防部长”郑为元来到孙立人家中，告诉他：此后，他享有充分的自由了。3月22日，郭廷亮发表声明，说他当年是在“保密局”局长毛人凤的指使下诬陷孙立人的。