840年，回鹘汗国被黠戛斯人所灭，被迫西迁。其中一支迁到河西走廊，属于甘州回鹘，后被西夏征服，后来臣服成吉思汗，他们就是今天裕固族的祖先。一个分支转移到吐鲁番盆地建立回鹘国；一群人迁移到葱岭西部，建立了喀喇汗王朝。后两个回鹘家族与当地的突厥语民族合并，由西向东皈依伊斯兰教教，也就是今天日维吾尔人的祖先。

葱岭西回鹘，在其首领庞特勤的带领下西行到了楚江地区的葛逻禄部。后来，庞特勤向葛逻禄和其他回鹘部落投降，并在建立了一个新的回鹘王朝，史称喀喇汗王朝。也被称为“黑可汗王朝”或“葱岭西回鹘".

传说该王朝的创始人是萨图克·布格拉汗之祖阙毗伽·卡迪尔汗。建国之初，我们在草原帝国采取的是草原帝国双汗制的传统，分为两个分支：东支由大汗直接统治，定都巴拉沙衮；西支的首都最初位于怛逻斯。西支的祖先萨图克·布格拉汗，死于955年，他的儿子穆萨·阿卜杜勒凯里姆继承了他的王位。他首先消灭了东支，攻下了巴拉沙衮，扩大了王朝的疆域。后来，王朝的中心逐渐转移到喀什噶尔。

后王朝分为以喀什为中心的东支哈桑体系和以费尔干纳为中心的阿里系。阿里系的伊力可汗，最后一个灭中亚萨曼王朝，拥有阿姆河北部地区，该王朝摧毁了于阗佛国，征服了于阗和叶尔羌。于阗在语言和种族上逐渐成为突厥化，并相继皈依伊斯兰教教。大约从1041年开始，王朝再次正式分为东方和西方，长期互相攻击。

后来，乃蛮部酋长屈出律篡夺了西辽王朝的统治，并将它归还给东喀喇汗王朝的统治者穆罕默德，1211年(成吉思汗六年，西辽天禧年三十四年)，喀什噶尔的贵族暴动，杀死了最后一个可汗，东喀喇汗王朝灭亡。次年，也就是1212年(成吉思汗七年)，占领萨末鞬，处死了西喀喇汗王朝的统治者苏丹奥斯曼，西喀喇汗王朝也灭亡了，河中地区成为花剌子模的领地。