传说在四千六百多年以前的上古时期，黄帝的部落(以黄河流域为主)跟蚩尤的部落大战于涿鹿之野，双方打了一年多，不分胜负。黄帝苦闷填心，忧心如焚。一天夜里，忽然梦到了九天玄女娘娘。九天玄女娘娘对他说：你要战胜蚩尤，必须找到九星运转时倒映于地上的奇点和吉门。用背孤击虚之法，可大获全胜。九天玄女娘娘在教给他一些秘诀后，便飘然离去。黄帝醒来，马上将这些秘诀整理成书，就是《奇门遁甲》，又选了一个吉日良辰，修了一个很大的高台，于台上致祭，正式启用“奇门遁甲”。祭祀完后，黄帝就用“奇门遁甲”之方法，对蚩尤进行全面反攻。交战中蚩尤作法兴起了漫天大雾，企图利用大雾的帮助来消灭黄帝。而黄帝在“奇门遁甲”的指导下，马上辨清了方向，又用背孤击虚之法，从生门打向死门一举战胜蚩尤。

　　此后黄帝把“奇门遁甲”视为至宝，为了长久保存，便命风后把它刻到甲骨上。这风后也是知天文，晓地理，通算术，明阴阳的行家。她在太极生两仪，两仪生四象(春、夏、秋、冬)的启发下，将黄帝的一时一局改为了四时一局。她用四个时辰来象征一年中的四个季节，把四千三百二十局，删成了一千零八十局。一千零八十局中，又分为阳遁五百四十局和阴遁五百四十局。这就是“奇门遁甲”历史上的第一次改革。

　　到了商朝末年，有一个叫姜子牙的人于昆仑山上学得此术，下山后看到商朝天子纣王无道，涂炭生灵，残害百姓，人民生活在水深火热之中，而周室兴隆之气渐现，于是就用“奇门遁甲”去辅佐周室武王。他运用星门变换、踏罡步斗和神遁法门(九天、丙、生门)等方法，幻化时空，改死为生，从而达到了推翻商朝建立周朝的目的。姜子牙在“奇门遁甲”的运用中，觉得一千零八十局还太繁锁，于是又把它跟一年中的七十二侯联系起来，改一千零八十局为七十二局，这就是“奇门遁甲”历史上的第二次改革。

　　到了秦朝末年，一个叫张良的青年人，有一次经过下邳的圯上，遇一老者坐于其上，而鞋子却掉到桥下去了，老者很不礼貌的对张良说：“小子，快给我把鞋子捡起来!”张良待要发怒，见是一老者，只得把怒气忍了下去，怏怏地走到桥下帮老人捡起了鞋。老者又傲慢地对他说：“穿上!”张良再一次强忍着不平之气为其穿上。老者起身扬长而去，但去不数步，却又折转身来对张良说：“后五日平明在此等我。”五日后的平明张良赶到约会地点，老者已先到了。老者见张良晚于他，非常生气地说：“与老人约会，为什么滞后?五日后再会。”五日后鸡尚未鸣，张良便来到了约会地点，可老者又先到了。老者再次生气地说：“这一次又晚于我，为什么?后五日再会!”这次还没到半夜，张良就赶到了约会地点。老者也随之赶到，并从怀中取出一本书来送给张良说：“读了此书，可以作帝王之师;可以帮助有帝王气慨的人建立新的朝代……”这本书就是“奇门遁甲”。

　　张良凭着自己的刻苦精神和聪明才智，很快就把“奇门遁甲”的原理弄通了。他感到“奇门遁甲”局数虽多，却跳不出洛书九宫之数，因此也对“奇门遁甲”进行了一次删改。他把姜子牙的七十二局减到了十八局，在十八局中再分阴九局和阳九局，使“奇门遁甲”的布局更为精当，这就是“奇门遁甲”历史上的第三次改革。张良后来在帮助汉高祖