四月，张俊、韩世忠、岳飞三大将被调离军队，到临安枢密院供职。

　　五月，张俊在和岳飞巡视楚州韩世忠的军队时，暗中挑唆岳飞，欲一同瓜分此军，却遭飞严肃回绝。秦桧又欲陷害韩世忠，飞再次保全了韩。岳飞回朝后，即遭秦桧党羽万俟卨(音mò qí xiè)、罗汝楫的弹劾，诬蔑飞援淮西“逗留不进”、主张“弃守楚州”，请罢飞枢密副使之职。八月九日，岳飞被罢枢密副使，充“万寿观使”的闲职，飞自请回到江州旧居赋闲。

　　岳飞此时已无兵无权，但对他的迫害却仍在步步紧逼。在秦桧授意下，张俊利用岳家军内部矛盾，威逼利诱都统制王贵、副统制王俊先出面首告张宪“谋反”，继而牵连岳飞。

　　大战爱华山　　张俊私设公堂，向张宪严刑逼供，毫无结果之下，竟捏造张宪口供“为收岳飞处文字谋反”。岳飞在江州居留，为时甚短，就接到宋廷命令，召他回“行在”临安府。十月十三日，岳飞被投入大理寺(原址在今杭州小车桥附近)狱中，此前其长子岳云也已下狱。

　　岳飞义正词严地面对审讯，并袒露出背上旧刺“尽忠报国”四大字，主审官何铸见此，亦为之动容。铸调查发现岳案证据不足，实为冤案，如实禀告秦桧。秦桧却说：“此上(高宗)意也!”改命万俟卨主审此案。

　　卨用尽手段，也无法使岳飞三人屈招一字。飞宁死不自诬，乃至以绝食抗争，经其子岳雷照顾，才勉强支撑下来。

　　十一月初七日，宋金“绍兴和议”达成：由宋向金称臣，将淮河以北的土地全部划归金国，并每年向金贡奉银绢各二十五万两匹。

　　和议虽已达成，但岳飞始终未能被释放。万俟卨等逼供不成，为了坐实冤狱，又为岳飞罗织搜剔了所谓“指斥乘舆”、“坐观胜负”等数条罪名，欲将飞一举定为死罪。

　　大理寺丞李若朴、何彦猷以飞为无罪，与万俟卨竭力争议，均遭罢官处分。布衣刘允升上书为飞申冤，被下大理寺处死。已赋闲的韩世忠因岳飞入狱之事质问秦桧，桧回答“其事体莫须有”。世忠忿然：“相公，‘莫须有’三字，何以服天下?”

　　十二月廿九日(1142年1月27日)，宋高宗下达命令：

　　“岳飞特赐死。张宪、岳云并依军法施行，令杨沂中监斩，仍多差兵将防护。”

　　岳飞在大理寺狱中被杀害(宋代史料并无“风波亭”的记载)，时年39岁;岳云和张宪被斩首。岳飞的供状上只留下八个绝笔字：“天日昭昭，天日昭昭!”

　　岳飞被害后，狱卒隗顺冒险将岳飞遗体背出杭州城，埋在钱塘门外九曲丛祠旁。隗顺临终前，始将此事告知其子。直到1162年(绍兴三十二年)宋孝宗即位，岳飞冤狱终于平反。隗顺子告以前情，乃将飞以礼改葬在西湖栖霞岭。1178年，谥岳飞为“武穆”，宋宁宗时追封为鄂王，改谥忠武。

　　岳飞虽然被杀害了，但他的业绩是不可磨灭的。正是他表达了被压迫民族的要求，坚持崇高的民族气节，在处境危难的条件下，坚持了抗金的正义斗争，并知道爱护人民的抗金力量，联合抗金军民一道，保住了南宋半壁河山，使南中国人民免遭金统治者的蹂躏，从而保住了高度发展的中国封建经济和文化，并使之得以继续向前发展。

　　善以少击衆。欲有所举，尽召诸统制与谋，谋定而后战，故有胜无败。猝遇敌不动，故敌为之语曰：“撼山易，撼岳家军难。”张俊尝问用兵之术，曰：“仁、智、信、勇、严，阙一不可。”调军食，必蹙额曰：“东南民力，耗敝极矣。”荆湖平，募民营田，又为屯田，岁省漕运之半。帝手书曹操、诸葛亮、羊祜三事赐之。飞跋其后，独指操为奸贼而鄙之，尤桧所恶也。西汉而下，若韩、彭、绛、灌之为将，代不乏人，求其文武全器、仁智并施如宋岳飞者，一代岂多见哉。史称关云长通《左氏春秋》学，然未尝见其文章。飞北伐，军至汴梁之朱仙镇，有诏班师，飞自为表答诏，忠义之言，流出肺腑，真有诸葛孔明之风，而卒死于秦桧之手。盖飞与桧势不两立，使飞得志，则金仇可复，宋耻可雪；桧得志，则飞有死而已。昔刘宋杀檀道济，道济下狱，嗔目曰：“自坏汝万里长城！”高宗忍自弃其中原，故忍杀飞，呜呼冤哉！呜呼冤哉！

　　金人评价

　　岳飞于绍兴十一年十二月二十九日（儒略历1142年1月27日）被杀，南宋使节马上于绍兴十二年（1142年）正月带着正式照函从岳飞被杀的临安（今杭州）去金国囚禁宋钦宗和高宗生母韦太后的五国城（今黑龙江哈尔滨市依兰县依兰镇五国城村）接人。绍兴十二年（1142年）夏四月丁卯（5月1日），韦太后启程回宋。“皇太后偕梓宫发五国城，金遣完颜宗贤、刘祹护送梓宫，高居安护送皇太后。”同年八月，韦太后和刘祹到达临安。刘祹问南宋官员：“岳飞以何罪而死？”南宋接伴官回答：“意欲谋叛，为部将所告，以此抵诛。”刘祹嘲讽道：“江南忠臣善用兵者，止有岳飞，所至纪律甚严，秋毫无所犯。（刘邦）所谓‘项籍有一范增而不能用，所以为我擒’。如（岳）飞者，无亦江南之范增乎？！”

　　开禧二年（金泰和六年，儒略历1206年），金章宗写诏书招降吴曦时说：“且卿自视翼赞之功孰与岳飞？飞之威名战功，暴于南北，一旦见忌，遂被叁夷之诛，可不畏哉！”（且你自己评价一下自身能否比得上岳飞？岳飞这样的威名战功，南宋北金之人全都知晓；结果有朝一日被宋廷猜忌，就被杀且连累亲族，难道这还不可怕么！）金国皇帝于此直接承认岳飞的战力和威名。金国女真将领

最畏服岳飞，平日往往不直呼其名，而称其为“岳爷爷”。他们得知岳飞死讯，个个喝酒相庆。被扣押在金国的宋使洪皓，目睹此情此景，给南宋朝廷的密信中写道：‘金人所畏服者惟飞，至以父呼之，诸酋闻其死，酌酒相贺。’

　　明代评价

　　明太祖认为神灵至上、不能加封，明初至景泰年间均承祖制并未加封过任何一位神祇，故将岳飞入祀历代帝王庙配宋太祖享。明神宗加封三界靖魔大帝忠孝庙法天尊岳圣帝君。

　　清人评价

　　康熙帝也曾钦赐给岳飞23世裔孙、刑部掌印岳镇九伴朝銮驾和蟒服。

　　乾隆帝多次造访杭州岳飞祠墓，并且亲自撰写《岳武穆论》，还题对联一副：“两言臣则师千古，百战兵威震一时”。

　　现代评价

　　2002年，教育部也对网络上流传岳飞不再是民族英雄的说法进行了澄清，称岳飞在中国历史上历来被认为是民族英雄，从20世纪50年代后期以来，在中小学的历史教学大纲和教材中，对岳飞的评价都是一贯的，不存在重新定义岳飞是否是“民族英雄”的问题。