此事过后，满朝文武都看出朱由校对其信任有加，不可轻易撼动魏忠贤在其心中地位。魏忠贤则异常恼怒，随后更加肆意营党结私，展开对东林党的全面反攻。朱由校也乐于利用魏忠贤打压东林党众，平衡朝中势力。

　　从天启二年直至天启七年，魏忠贤将东林党众几乎全部排挤出朝廷，肆意安插自己的亲近之人。对朝臣和百姓都采取高压的措施，四处流民起兵但都很快被平灭，辽东战事相久持平，与荷兰两次在澎湖交战都取得胜利，不得不说魏忠贤且具有一定的军国政治手腕。

　　但是明末朝纲崩塌，党争纷扰，东林党众所提倡的廉正奉公，振兴吏治，开放言路，革除朝野积弊，反对权贵贪纵枉法也不过是面子工程，在庙堂之高尚且无人真正关心民间疾苦，处江湖之远反而清谈廉政爱民，处处阻碍朝政。无论是哪一方势力，都未能真正想办法解决，明末最为关键的百姓生存问题，无非都是维持势力均衡，太平即可。

　　魏忠贤获得朱由校全心信任之后，更加嚣张跋扈，肆意封赏亲近之人。满朝文武巴结认作干爹，出行带刀锦衣卫开路，士大夫行五拜三叩头礼，口呼九千九百岁爷爷。更为过分的是，魏忠贤竟然派其侄子魏良卿代天子供祭南北郊社，祭祀太庙，朱由校竟昏聩而至如此!天下之人都觉得皇权已经旁落，而当任何权臣影响到皇帝的权威并引起大众的猜疑时，那么他的好日子也就到头了。

　　天启七年八月，明熹宗驾崩，信王朱由检即位，是为明思宗，时年十六岁。朱由检还是信王的时候，就表露出对魏忠贤等的厌恶，刚一即位，杨所修等官员攻击阉党“五虎”之首崔呈秀，来试探皇帝心思，朝堂之上也都议论纷纷。

　　朱由检虽然尚未发作，可满堂文武心知肚明，于是由一贡生弹劾魏忠贤十宗罪：一并帝，二蔑后，三弄兵，四无二祖列宗，五剋削藩封，六无圣，七滥爵，八掩边攻，九朘民，十通关节。仔细研读这十条罪证，我们会感觉到魏忠贤并没有后世史者描述的穷凶极恶、罪大恶极。

　　朱由检最不能忍的其实就是第一、二条，这点也是朱由检诛杀魏忠贤的主要原因。魏忠贤“九千岁”的势头意味着皇权的旁落，而初登极位者最关心的事情便是集中权力，树立权威。第三条纯属牵强附会，魏忠贤劝明熹宗在宫中操练会武功的宦官，是为保护熹宗，毕竟那时党争严重，形势颇为恶劣。倘若魏忠贤有心起事，在崇祯开始准备动他时，就不会束手就擒，更不可能畏罪自杀。

　　第五、七、九、十条，试问明末，除了少数极其清廉、像海瑞那般偏执狂的官员，谁没有做过?就连袁崇焕也替魏忠贤上书替其建立生祠。魏忠贤被弹劾之后，不足三月，朱由检将其发配至凤阳守陵，后来又下令捉拿魏忠贤时，他畏罪自杀。

　　魏忠贤等阉宦之害不可不大，只是这一切，都是在“木匠皇帝”的授权和指示下才发生的，而对于这样一个无道昏君，《明史》还记述其“帝性机巧”，魏忠贤就是在权势最耀之时，也未能真正掌控朝廷，不然朱由检何以一继位，就有杨所修等人可用。魏忠贤数百年的骂名，绝大多数是替明熹宗背了锅而已。

　　朱由检诛尽魏忠贤一众党羽，通过这样的雷霆手段向朝堂百官展示了皇权所在，也展现这个少年天子不同常人的城府和意志，为其后来主政十七年打下了稳定的基础。朱由检继位后，立即重用天启年间被打压下去的东林党，而此时的他们，却不再是天启初年真正正直廉洁的官员。

　　明熹宗在病危之时谕示“魏忠贤、王体乾忠贞可计议大事”，这些话就是说给其弟朱由检听的。熹宗让崇祯好好用魏，这个用是利用，利用他平衡内外朝势力，熹宗认为他的弟弟有尧舜之能，再加上魏忠贤的用处就可以使国家走的更好。崇祯一开始不信，后来才意识到平衡的打破，却又没能找到更到的御下之术，只能信赖更多的宦官，可这些宦官既没有魏的胆识能耐，在朱由检手下也不可能得到那么大的权力，所以根本成不了气候。