在三大征伐战事结束之后，明神宗对于大臣们的奏章的批复，似乎更不感兴趣了。所以，明神宗荒废朝政的情形，有着前后两个阶段：前一阶段是不愿意上朝听政;后一阶段是连大臣们的奏章也不批复，直接留中不发。
    按照明朝的制度，皇帝是朝政大事的惟一决策者。一旦皇帝不愿处置但又不轻易授权于太监或大臣，整个朝廷的运转就可能陷于停顿。因此，明神宗为了讨好宠妃而采取的这种不负责任的罢工，无疑给大明王朝带来了致命的后果。
    据有关史料记载，到万历三十年，即公元1602年，定制官员空缺的现象已然非常严重。这一年，南、北两京共缺尚书三名、侍郎十名;各地缺巡抚三名，布政使、按察使等官六十六名、知府二十五名。按正常的编制，南、北二京六部应当有尚书十二名，侍郎二十四名，这时总共缺了近三分之一。

    后世对明神宗的评价

    《明史》对于朱翊钧的评论是：“论者谓：明之亡，实亡于神宗。”不过有专家学者提出争议。因为明亡的因素是：第一、党争，东林党与非东林党之间的斗争一直持续到南明灭亡才停止。第二、阉人专政，明朝先后出过王振、刘瑾、魏忠贤等等著名的专权太监。皇帝对他们的偏听偏信对朝廷风气造成了极坏的影响。第三、万历十年（1583年）起，中国进入了小冰河时期，极大摧残了以农业为基础的中国农业经济，所谓经济基础决定上层建筑，经济基础受到极大冲击，必然造成上层建筑的变化。第四、内忧外患，明王朝后期满洲与明末农民起义爆发对大明王朝的倒塌也起了极大的作用。所以仅仅将其归结于万历皇帝朱翊钧一人是不负责任的。