记录显示伦敦的死亡人数从每周1000-2000人持续上升，到1665年九月，平均每周已经有7000人死亡。到深秋时候，状况得到了一定程度的控制。到1666年二月，城市被认为安全到可以迎接国王了。而同时，由于与欧洲大陆的商贸交流，瘟疫传到了法国。此后直到1666年九月，瘟疫仍在温和的流行。9月2日和3日，伦敦城遭遇了一场大火，烧毁了大部分遭到感染了的房屋，这是状况好转的开端。另一个可能的原因是，大部分被感染的人群都已经死亡了。此后伦敦城在大火的基础上重建，在这场瘟疫过后又获得了的新生。 　　

　　人类史上十大最严重瘟疫之:美洲瘟疫(16世纪)

　　欧洲人到来之前，这里居住着400万到500万的原住民，其中大多数都在16世纪几十年间死去，有历史学家甚至称它为“人类史上最大的种族屠杀”。不过，夺取印第安人生命的最直接杀手不是欧洲人的枪炮，而是他们所带来的瘟疫。当哥伦布抵达新大陆时，欧洲人就已经经历了多次致命传染病的浩劫，也从中找到了治疗一些传染病的方法。但是，美洲之前长期与欧亚非大陆隔离，印第安人也几乎与这些疾病完全隔绝。欧洲人的疾病随着哥伦布的第一次美洲之旅后开始蔓延到新大陆。腮腺炎、麻疹、天花、霍乱、淋病和黄热病等，这些早已被欧洲人适应的疾病对印第安人来说却极具杀伤力，因为他们的免疫系统几乎缺乏抵抗力，尤其是麻疹和天花。因此阿兹特克人等中美洲原住民即使拥有欧洲人攻不破的城墙，但却被外来的瘟疫打败。

　　瘟疫摧毁了阿兹特克。1521年，当墨西哥殖民者的军队开始围攻墨西哥原住民阿兹特克人的堡垒时，他们遇到了顽强的抵抗，进攻一次次被击退。受到重创的西班牙人原以为阿兹特克人会趁机发动致命反击，但是城堡里的军队却迟迟不见有什么动作。这给了西班牙人喘息的时间，8月21日，他们发动了新的攻势，却并没有遇到任何反抗。而城堡里的情形让他们自己也难以置信：死尸遍地，到处弥漫着腐尸的气味，比西班牙军队更致命的力量已经横扫过这个城市，那就是瘟疫。

　　有人曾经认为，是落后的武器和技术让美洲印第安人败给西方殖民者。因为在传统观念中，欧洲人的先进武器一直是他们获胜的关键，但是当时的西方火枪并不先进。印第安人很快发现，虽然火枪威力巨大，但要瞄准却不容易，他们对于新武器的畏惧感也随之消失。而且印第安人弓箭的远程威力也并不逊色。在15世纪时候，拉美印加文化就已经达到了鼎盛，他们修建田地，社会分工明确，造就了繁荣的经济，他们的天文地理知识足以让现代人惊叹。然而，就这这样一场瘟疫却让这样一个并不落后的种族在短短几十年间濒临灭绝。

　　实际上，欧洲传染病的蔓延速度完全超过了殖民者向美洲大陆的推进速度，那些从海岸居民口中得知欧洲人到来的印第安人，多半也同时被感染上了新的疾病。因此，当殖民者在16世纪20年代抵达智利时，这里的印加文明已经遭遇上了天花的重创，整个王室几乎都被瘟疫夺去了生命。而新的王位之争将整个国家一分为二，这才使得西班牙人有可乘之机。

　　对疾病的抵抗力也是当时瘟疫导致盛行的原因。传染疾病菌多从动物身上变异而来，先传染给人，然后才在人类群体中传播。由于欧洲农业历史悠久，家畜众多，在几千年来与病菌的频繁接触已经形成适应性;印第安人则不是，农业的欠发达让他们先天缺乏和家畜接触的经验，肌体很少遭遇此类病菌，也就全然没有免疫力，所以在天花面前溃不成军。而非洲人由于较早和欧洲人接触，也拥有相似的免疫系统和抵抗力。而疾病的传播也可以是双向的。当时，唯一一种从美洲传入欧洲的疾病是梅毒，它夺走了大量的欧洲人的生命。