1929年初原清华大学基金会向该会移交的基金的总数按账面价值为银元6，177，621.61元，该会总价值5，899，735.05元。以后美国庚子“退款”，除拨付清华经费与留美费用外，余额也都储作基金，截至到1936年底，清华基金本息总数已达1600余万元。(《清华大学校史稿》)。

　　北洋军阀时期，北洋政府曾经以各种理由企图挪用清华基金，但都被清华基金拒绝。1932年，国民党政府曾经停付庚子赔款一年，相应的“退款”也随之停止。但海关税不在期内，民国海关档案记载了1932年仍赔付美国1919967.11美金。1932年12月16日财政部致梅乐和公字第4631号训令：“查美国庚子赔款今年三月起缓付一年，曾由外交部照会美使，俟一九四五年庚款全额付清后，于一九四六年补付……”

　　抗战开始后由于东南沿海被日军占领，海关收入大部分为日军占领下的敌伪政府所扣留，所以国民党政府自1940年起将庚子赔款的债务(为关税担保的)大部停付(日本部分的庚子赔款一直赔付到1939年)。清华的经费只能以过去的基金所得利息和财政部的拨款加以维持。

　　1941年太平洋战争爆发，美国冻结各国资金，“庚款”利息部分也停止拨付，清华只能靠借贷维持。当时的清华大学基金分两部分储存，一部分储存在国内银行，一小部分储存在美国银行，用以支付留学生的及清华大学聘请美国教师、购买教学仪器设备、图书等。到七七事变国内的存款大概是在美数额的两三倍。抗战期间庚款大部是停付的，在国内的那部分由于不断的通货膨胀到抗战结束时已经所剩无几。而战前在美国的那部分虽然数额不大但由于董事会成员善于经营，本息连年积累到抗战结束时已经极为可观。到全国解放时，基金积累日剧巨。关于在基金的使用手续，有关章程规定，只有中国的教育部长与清华大学的校长共同签署，且需提出相当计划，董事会方可拨款。

　　国民党政府摆败逃台湾后，曾经想掠夺这部分款项。关键时刻前清华大学校长梅贻琦先生抵美。他曾经对人说，解放前夕出走美国就是为了保护好这笔巨款。1954年梅先生的几个军界的同学曾经对梅谈及过这笔基金，想将这笔钱据为台湾当局所有，国民党政府刚刚赴台经济也十分紧张。这给梅贻琦先生留下极其恶劣的印象。

　　从1950年起，梅贻琦先生在美国接任中华教育文化基金会董事会的驻美机构——华美协进社的常务董事，继续经营此款。1951年他组织台湾清华大学在美学人研究，并赠台湾专科以上学校学术刊物。还曾经利用友人回大陆带信给清华大学，愿意用清华基金资助图书、仪器，限于当时的形式而且友人将原信遗失，此事没成。但解放初清华大学曾经陆续收到美国寄来的来源不明的学术期刊。1955年，梅贻琦先生由美抵台，开始用清华大学基金筹办“清华原子能研究所”今天台湾新竹清华大学。 1960年梅贻琦先生患病住院，病床下一直有一个手提包，1962年梅贻琦先生逝世，此包由秘书封存，后约集众人一同启封，里面收藏着清华基金的使用、收支的全部账目。中美建交后清华的校长访美曾经提及清华基金，但美以“此事纯属民间问题，美国政府不便过问为由”搪塞过去。不过据台湾中央研究院统计在1970年清华基金账面余额为700余万美元，实际价格达900余万美元。现在每年仍将此基金的盈利拨付给台湾新竹清华大学。中国图书馆基金(国立北平图书馆现在的中国国家图书馆)原民国五年，前外交部总长陆徵祥担任中国政治学会主席，由其出面向美驻华公使芮恩施提议，自庚款中提银十万两作为基金，后交由中华教育基金会管理，至1970年将近二十万美元。还要一些补助事业这里就不详细的叙述了。

　　据1937年2月10日《国民政府整理内外债委员会 关于整理外债情形报告书》统计美国的庚子赔款中国已还44061732美金，尚有9286413美金未还。此后由于沿海被日寇占领，关税收入已无从谈起，以关税赔付庚子赔款大部取消。1940年开始国民政府宣布停付庚子赔款，太平洋战争爆发后美、英于1943年宣布取消庚子赔款，不包括法国。