《辛丑条约》规定，美国所得赔款按每两官银折0.742美金计算，合美金24，440，778.81元，连同利息28，910，773.34元，合计5，3351，552.15元。按照美国政府计算，扣除“应赔”部分，应退还本金10，785，286.12元，连同利息共退还总数为2，972万余美元。从1909年起，逐年退还，分三十二年退完。为什么退还要加引号呢?

　　1915年1月23日税务处致安乐格联乐字第92号节(因篇幅原因不载全文)：“所有每年应付及退还各数，另立甲、乙、饼三表，由美外部签押，经前赴美专使唐大臣、出使美国伍大臣抄送到京;并由前外务部与美国驻京公使商定，美国减收赔款，先按减收购定汇票，清美领知照银行，退回若干，再由上海道备函作收，于宣统元年即西历一千零九年一月起实行，即自是年每月由上海道照实付数目购定金价交付;另于六月、十二月底结算本利及退还利息一次。”由上文可知退还的钱并不是真的从美国国库里拿出来，而是美国国库每年仍需从中国索取巨额“赔款”，只不过比“退款”前的金额要少一些。而中国政府仍需要按原数开两张支票，一张入美国国库，另一张作为“退款”转交中国外交部，用以“兴学育才”。所谓的退款!

　　“退款”初期，美国的“退款”平均每年约70万美元，由清朝政府的外务部经管，主要用于留美学务和清华大学的办学经费。用于清华学堂的办学经费每年约60万银元，用于留美的学费每年约40万美元，没有用完的“退款”，积存起来作为清华基金，由外交部直接掌管。

　　随着学校的规模不断扩大，为了控制监督清华大学的使用，于1917年，由美国公使和美国外交总长、外交次长三人组成“清华基本金委员会”，其下又设董事会，来核定审查清华的经费。当时曾规定，清华经费每月以29，000美元为定额，留美学务处经费以30，000为定额。清华的工程和购置等费用凡超过200元的必须经董事会批准。如有特殊情况需动用基金也只能借用，到期必须计息偿还。1921年后，虽然由于清华大学的规模不断扩大和留美人员不断增多同时由于第一次世界大战后，美国生活费用上涨，导致清华学校和留美学务费用增加出现较大赤字。采取了减少留美女生和减少专科生，逐渐停招中等科及高等科等旧学制等措施。同时还借用了一部分基金，以弥补不足。
    虽然如此，按照原规定的退款办法，自1932起，美国每年退款额将增加到138万美元，比以前的每年退款将增加一倍，暂时的亏欠到时可以补偿。所以当时虽然很多大、中、小学由于经费困难，被迫关门或停课的时候，清华依旧顺利的完成自己的该办大学计划，学校规模不断扩大。当时的教育界人士曾经发出这样的感慨：“清华学堂的校舍之美，教师待遇之丰厚当为北平之首!”必须注意的是美国所谓的“退还”庚子赔款的前提是当时中国的财政已经无法承担了，梁诚先生在与美国政府交涉时直言不讳的说：“财政已枯竭，再无余力赔付。”从图一也可以看出当时的有识之士的看法“盖我国财政已接近枯竭”。

　　到1918年1月止，美国得到的赔款本息已达12，413，499元，差不多已达到其自认之“应付”赔款之数。但按退款协议规定，中国仍欠美国6，137，552元。还在1917年就有人提出退还庚子赔款。1921年3月11日美国参议员洛奇(Henry Cabot Lodge)提出退还庚子赔款余额的议案，八月十一日，参议院未加辩论，即与通过。众议院外委会也认为可行。但因为当时在华美籍人士被中国士兵枪杀，美政府要求赔偿未有结果，故退还搁置。按照美国政府惯例，两院未完成议案，即无效。