对南怀仁的评价当然也有负面的，比如南怀仁制作的火炮多用于战场，所以受迫害的人或者一些不喜战争的人难免认为南怀仁的行为有所不当。但是更多的人则认为，当时清朝廷处于平定叛乱的重要时期，急需要各种强劲的武器，南怀仁不过是奉命打造武器，所以根本算不上什么。

对南怀仁的评价有褒有贬，不过其中更多的还是赞扬，因为南怀仁对于天文以及武器方面的研究确实推进了当时社会的科技发展，这些是不能否定的。所以说，南怀仁的一生总的来说还是贡献比较多。