在其它军事要地亦是如此，这些地方镇守武将虽然比唐朝的藩镇相差甚远，但仍具有十分重要的影响力，他们往往会以手中的权势破坏明朝的正常制度。如军屯制度是明朝前期军制卫所制的基础。各地镇守的中官及武将则采取私役军士，占种屯田等方式，破坏朱元璋建立的卫所制基础。
宣德、正统年间，派往全国各地的巡抚，其主要任务就是去处理武将私役军士，占种屯田的事情。英宗年间，柴车以兵部侍郎参赞甘肃军务，就曾“稽核屯田豪占者，悉清出之，得六百余顷。”
而对于历朝历代一直困扰的土地兼并问题，也是明朝督抚们最为重要的工作。和稽核武将侵占屯田所不同的是，他们所面对的是以文臣为代表的官僚阶级，但由于官僚阶级作为既得利益集团在大多数时间里，这项工作的开展并不理想，直到万历年间，张居正开始强力推行一条鞭法，相关督抚从真正将这项工作落实到实处，为明朝清查增加了二点八亿亩隐匿纳税的田产。
第三，督抚设置与中央集权的君主专制政体息息相关
督抚的设置是明朝在高度集权的君主专制体制下，用来调节明朝中央与地方之间关系所采取的措施。因此，督抚制度就必然拥有封建制度中所必不可免的部分弊病。
由于督抚的权力受之于皇权。因此，督抚权力的大小，甚至生命的安危，随帝王的好恶而定。帝王对臣下信任之时，大臣得以施展才能，有所作为，如明朝的财政专家周枕，正是得到宣宗的信任，才能在江南担任巡抚总督税粮二十余年。
但一旦失宠于帝王，轻者去职，重者可能罹患杀身之祸。嘉靖年间，曾铣任陕西三边总督，初为世宗所信，为报君恩，特提出驱虏出套的计划。起初世宗十分欣赏曾铣的计划，但后来权臣严嵩出于打击政敌夏言的目的，诬陷曾铣谎报军功、贪渎军饷，令世宗对曾铣的态度直接转变，曾铣这位总督大臣最后竟得了一个大辟的结果。
结语
明朝督抚制度的建立，可以说是处于封建社会巅峰时期的明朝，在原有三司管理地方制度已无法适应时代发展所作出的一种尝试。而这种尝试无疑填补了朱元璋在加强中央集权后，中央与地方之间所出现的政治体系空档。
虽然受制于封建体制的影响，存在一定帝王主观性产生的弊端。但总的来说，督抚制度改变了地方三司行政制度下事权分散不相统一的弊病，强化了行政统属，提高了地方行政机构处理政务的应变能力。为地方经济发展、社会稳定、国家统一提供了保证，同时在一定程度上限制了独立势力的出现，加强了中央集权，较好的协调了中央与地方的关系，极大程度的维护了国家的统一和经济社会的发展。