其中，对藩王的监察也是巡抚的职权之一。若不及时和如实上报藩王的违法行为，巡抚要被处以失职罪。如正统三年，湖广巡抚吴政对辽王的不法行为隐匿不报，被锦衣卫直接下卫狱。同时，对武将的考察，也是督抚的职权之一。
“督抚带风宪之衔，不独地方利弊可言，即朝廷大政无不可入告。”
督抚在军事方面的职权包括领兵权、指挥权及后勤供应。有关后勤供应方面的职权起源较早。宣德、正统年间，于谦巡抚河南、山西时就曾处理过将领奴役军士耕种武将私田的案件。后来，在总督的职权中，都有兼理粮饷一项，到明朝中后期，后勤供应事务则大多由巡抚承担。
而巡抚的实际领兵权大概始于成化年间。当时，王越巡抚大同、宣府，曾经三次总督军务打败蒙古对河套的侵袭。《明史-王越传》评论说：“初，文臣视师者，率从大军后，出号令行赏罚而已。越始多选跳荡士为腹心将，亲与寇搏，又以间战敌，累重邀劫之，或剪其零骑，用是数有功。”
从督抚的军事指挥权来说，总督是一个镇戍区最高军政长官。因此，巡抚与总兵俱听节制。成化十年设立陕西三边总制，“总兵、巡抚而下并听节制。”这是首次明确规定总督与巡抚、总兵之间的关系。巡抚可以节制副总兵及以下的将领，与总兵的地位相当。以后这就成了一条定例推行于其他地方。
嘉靖三十四年，为了有效地防御倭寇在东南沿海的侵扰，明确划分了督抚、总兵以及地方的职权。
“总督主征集官兵，指授方略;巡抚主督理军务，措置粮饷;总兵主设法教练，身亲战阵;至于有司，责任保安地方，固守城隍。”
四、督抚制度带来的利与弊
我们可以看到，其实明朝督抚制度的设立，对于封建王朝的统治来讲，起到了两个方面的作用。
首先，督抚的设置补充了明朝国家管理机构的空档，有效提升了政府机构的应变能力
政务方面，明朝最高一级的地方行政区划是承宣布政使司，习惯上称为省。
省级设有三司，布政司、按察司及都指挥司，分管行政、监察、司法与军事，三司互不统属，各自受中央垂直管理。地方凡是有重大事件发生，都必须由三司召开联席会议，请示中央，然后才能采取相应的行动。
这种行政决策与施行的方式，在当时的通讯条件下，对于时效要求较低的事务来说，勉强能够解决。但对时效要求较高的军事问题，则会带来严重的信息滞后危机，容易造成负面影响扩大。
最突出的例子就是成化年间在闽赣交界的汀州与赣州地区发生的农民起义，一开始仅是小规模的骚乱反抗活动，后来由于两省地方三司互相推诿，未在萌芽中解决问题，最终酿成波及四省的大动乱。
而在军务方面，明朝在全国共设有十五个都指挥使司处理地方军务，其下辖各地方卫所。与中央的五军都督府一起构成了一个以都督、都指挥使至总旗、小旗的军事体系。
这个体系的职能在于蓄兵，包括训练士卒、管理屯田和人事行政，也就是卫所制。这个体系中的卫所军官是无权指挥军队进行军事行动的。
而能够统兵作战的则是总兵、副总兵、参将、游击、把总这些统兵将领。卫所的将领只有获得统兵头衔，才能拥有领兵作战的权力，而这种权力则必须经过兵部由皇帝授予。
明朝在一些军事重地一般会设有镇戍区，在这里军事架构会相对完善，可以及时应对当地的军务。但这种军事镇戍区，由于成本及避免唐末藩镇的情况出现，所以也并未在全国各地都建立。因此，在无镇戍区的省份，一旦有大的军事情况出现，地方三司必须请示朝廷，然后等待朝廷派出大军来解决。
这样做，不仅浪费时间，还平白增加国家的财政负担，并不能及时有效的解决地方出现的军事问题。但督抚设置后，情况就有了极大的改观。由于督抚在地方拥有便宜行事的权力，在地方事务的处理上显得更加灵活。可以将以往的决策与行动解决的过程时间大大缩短，极大的提高了地方政府的应变能力。
如正德年间，江西宁王叛乱，南赣巡抚王守仁以其便宜从事的权力和卓越的才能，依靠自己辖区的兵力，在短短三十五天的时间里，将声势浩大的宁王叛乱给予平息。而自称威武大将军的正德皇帝所率领的平叛大军，直到王守仁平定叛乱时才赶到南昌。如果依靠明朝中枢派大军平叛，在这三十多天的时间里，宁王的叛乱估计已经波及整个江南，而不是被王守仁给扼杀在江西一省境内了。
又因为省与省之间，镇与镇之间都是平级关系，谁也无权管制谁。因此，但凡是涉及到两省、两镇或数省、数镇的事务，往往都需要相互之间进行配合并及时协作，否则极有可能因为地方利益等原因而使得问题的解决不顺畅，以致贻误大事。
如两广总督的设立就是一个案例催生的产物。景泰年间，“浔、梧瑶乱”，总兵董兴、武毅推诿不任事。兵部尚书于谦请以翁信、陈旺易之，并在两省各设巡抚并特遣韩雍为两广总督。后来韩雍丁忧，撤除两广总督。但到了次年两广民乱再起，于是明朝再次启用韩雍为两广总督，后来形成定例。
在管理级别方面，总督与巡抚的权力在三司、总兵之上。这样一来，督抚就可以居于地方政府之上，协调各部门、各地方政府的关系，使其步调一致，同心协力，减少相互摩擦和扯皮，能够以较高的效率处理地方事务。
由于督抚皆受命于天子，是皇帝的钦差，可以便宜从事。同时还被授予令旗令牌，握有生杀予夺的权柄。在地方事务上，由于督抚拥有较三司官员更多的决策权，因此可以进行一些政治上的革新。如周枕在江南兴利除弊，曾遭到一些官员的反对，依靠皇权的支持才在江南顶住了地方势力的压力，干了二十多年。周枕的前任熊概，也曾遭弹劾，被指责为擅权，也因皇权的护佑而得以无事。
虽然督抚位高权重，但他们也受到了各方面的制约。因而不至于造成督抚与中央政府相对立的局面，就如唐朝后期的藩镇乱局一般。
明朝统治者吸取了以往的历史经验教训，在权力机构与官职的设置中，采取了一套完备的制衡机制。不但在机构和官职的设置中，文武相制，大小相克，而且在官员的任用过程中，也贯彻了制衡的原则。如回避制度规定，官员任官要回避本籍贯，父子兄弟不得于同一衙门中任职。极大的避免了，在唐朝的藩镇中，兄终弟及、父死子继这种情况在明朝出现。
同时，督抚与其他机关官员权力的划分可见督抚权力被制约的情况。督抚的每项活动，皆受巡按御史的监察与制约。并且总督、巡抚、总兵三者，在军事方面也是相互制约的。总督的职责在于指挥与调度，巡抚的职责在于行政、后勤供应，总兵的职责则是带兵作战，各有职责，在一定的程度上避免了一人专权的情况出现。
在经济方面，巡抚与布政司也是相互制约的，巡抚并无独揽一省赋税征收的权力。而唐朝藩镇则“既有其土地，又有其人民，又有其甲兵，又有其财富。”而且兼有观察使、处置使之类的检察权的官职，也常兼任掌握地方行政大权的刺史之衔，却没有一个足以制衡的监督力量。
另外，在唐朝，监察外官的监察御史仅有十五人，而明朝的十三道监察御史就多达一百一十人，这是一个庞大的监察制衡机构，时刻关注着这些外放官员的举动，有效避免地方脱离朝廷掌控的情况出现。
其次，督抚制度是清理破坏封建统治秩序隐患的有效工具
如何有效地控制武将，对于大一统的中央集权国家来说，是能否稳定是至关重要的一个问题。唐朝由于节度使不但拥有重兵，而且掌握了地方的财政与行政大权，最终酿成了藩镇割据，国家分崩离析的结局。
宋朝虽然吸取了唐朝的教训，将节度使的权力进行了分割，实行以文将兵，兵将分离的政策，虽然避免了重蹈唐朝藩镇割据覆灭王朝的覆辙，但是也极大的牺牲了国家的军事实力，最终被蒙元所灭。
明太祖朱元璋在推翻了蒙元的统治之后，鉴于蒙元并未完全被消灭，时刻威胁明朝的现实情况，将北部边境设立为九个军事镇戍区-史称“九边重镇”，以公侯伯等勋臣担任总兵官与塞王公共同镇守边疆。