南京博物馆接到此事的上报，马上组织人员进行调查，后来却因故暂停。

直到1981年8月，在相关部门的指示下，淮安县政府组织专人对吴承恩的墓展开了调查。最终发现，吴承恩的墓在被盗后，棺材板已经被改制成了一所学校的门窗，这对寻访墓碑一事产生了严重的阻碍，再加上古墓被破坏也让人心中觉得难过、失望。

之后，事情又发生了转机，当时改制的木匠吴师傅私自留下了棺材横板的上半部分，上面刻有明代的独设官职“纪善”，并有“射阳吴公”四字，吴承恩正是号“射阳山人”。种种迹象都证明了这座墓的主人正是吴承恩。

调查人员顺势找到了吴承恩的墓地并清理了墓穴。现吴承恩的墓园位于淮安区马甸镇二堡村的郭大庄，吴承恩是与他的两位夫人合葬的，墓碑与其父吴锐之墓相隔三米，也算是父子两代的家族墓地了。