16世纪时，欧洲发生了声势浩大的宗教改革运动，发动这场改革的宗教教派叫新教（Protestantism）。新教又分为很多派别，主要有路德宗、加尔文宗。通常认为加尔文宗更为激进，它流行于荷兰、英格兰、苏格兰及瑞士、法国的部分地区。加尔文宗当中，后来又分裂出许多派别。
在英国16世纪末就出现了两大派别，一派是国教安立甘宗，另一派是从中分裂出来的清教徒。清教（Puritanism）的原意是清除国教中的天主教残余，即它认为作为国教的新教安立甘宗中有天主教残余，所以清教是加尔文宗中的最激进的派别，也就是所有新教教派中最激进的派别，明白了这一点，对理解美国文化的性质很有好处，因为后来在美国占支配地位的就是清教的观念。
早期北美殖民地的清教徒都是一些极其虔诚也极其坚决的人。16世纪末清教在英国出现，不久后英国政府对其采取镇压政策，一些顽强的清教徒纷纷逃离英国。“五月花”号的乘客大都为清教徒，他们先从英国逃到荷兰，再从荷兰启程来到北美大陆。
“极其虔诚”或“极其坚决”的意思是，他们都十分执着于新教的教义，主张过简朴和虔诚的生活，痛恨专制制度和酷爱自由的生活，这些在他们眼中是被上帝选中预定要得到拯救的标志。清教徒对上帝的忠诚和对自己被上帝选中的自信是异常强烈的，正因为这样，他们才确信自己所走的道路，不为世俗的虚荣和奢侈的生活所动心。
当时有人在一本书中说道：“我们最大的安慰和至上的防护手段是：我们有上帝在我们中间所授的真正的宗教和神规圣诫……因而我们毫不怀疑上帝将与我们同在。上帝若与我们同在，谁能反对我们？”这些从英国逃出来的清教徒希望把自己的社区或殖民地建立成铁板一块的神圣的联邦，也就是建成一个清教的共和国。
但到美洲来的这些清教徒不可能恪守他们在欧洲形成的行为和观念，因为这里的条件与旧大陆不一样，他们必须修正自己的观念才能在新大陆生存和发展。
首先，他们的生存条件与旧大陆有很大区别。北美殖民地的清教徒面对的主要困难首先是要在莽莽荒原里生存，所以没有时间也没有精力去探讨深奥的神学理论或其他理论问题。或者说，殖民地的生活使他们务实，没有时间像他们在欧洲的同伴那样争论高深难解的理论问题；他们需要的是务实，不务实就无法解决起码的生存问题。
1711年，有一个叫约翰·厄姆斯通的牧师说的就是这种情形：“我不得不用斧子、锄头和铁锹苦干。不自己砍柴，就没有柴火烧。我只能挖出一片园地，种植豆角、豌豆等蔬菜，有一个我妻子从英国带来的可怜的女孩帮着我。男人通常都是多面手，女人也在家务劳动上样样精通，除了有奴隶的人。”一句话，什么事都得自己动手，你可以找人帮忙，但除了奴隶，帮你忙的人与你是平等的，不管你的出身是什么。
这也就是18世纪初一个美国人写的一封信中所说的，他们的主张是“信神而求实”。这种主张非常形象、简洁地说明了早年美国人的思想特点和气质。美国人是相信神灵的，对上帝是虔诚的，但是他们信神的方法已明显与欧洲的新教徒有了区别，他们的宗教观念已打上了北美的烙印。
其次，来到北美大陆的教派非常之多，清教本身就包含着众多的教派，更不用说还有许多其他的教派，如英国的国教安立甘宗，还有一些是天主教的信徒。这里不存在欧洲大陆那样一种教派镇压另一种教派的可能性，因为受压制的教徒可以到其他地方求发展，广袤的北美其实为他们提供了无限的发展空间，结果是这里的清教徒具有更为开放的心态，更为自由自在的生活方式。
这里，自由的含义是一个地方不能容身，可以找另一个地方生存，反正到处都是空旷的荒野。清教徒中的各种激进分子都有自己的用武之地，清教精神也在美国产生了深远的影响。
这样，这些个性很强的来自欧洲但属于不同的清教派别的清教徒，由于任何一个教派都没有足够的力量使另一个教派服从自己的观点，他们间只得慢慢走上互相宽容、谋求共存共荣的道路，美国人也由此养成了一种比欧洲人更加开放，更加自由、民主，更加主张人人互不干涉的心态。
有一个故事说明了北美的宗教迫害与旧大陆有了很大差别。清教中有一个激进的派别，叫“贵格会”（Quakers，又译“教友会”）或“贵格派”，这个教派的信徒以殉道为荣，强调“宁为纯粹真理而死，不为半真半假而生”。他们来到新英格兰后仍坚持这种追求，前仆后继地追求苦难，跋涉于千里荒野，冒险于印第安人居住地和野兽出没之地，去寻找殉道者的桂冠。
这些贵格会的信徒由于坚持极端的信仰，在新英格兰也到处不受欢迎，受到迫害。一个叫玛丽·戴尔的女贵格会信徒离开了在纽波特的家，于1659年初秋来到波士顿，她的伙伴中甚至有一个11岁的女孩子。波士顿当局勒令她们离境，违者处死。但不久她又回来布道，结果受到了审讯，总督宣判她与另两个男信徒死刑，她对此答道：“上帝的意愿实现了。”
三天后，她与这两个同事被押往绞架，周围鼓声大作，以防备他们宣讲自己的信仰。一位官员问她，这样走在两个年轻男子中间是否感到羞愧，她回答说：“这是我在世上所能享有的最快乐的时刻。我现在欢享着圣灵的美好启迪和鼓舞，这是任何人都看不见、听不到、讲不出和懂不了的。”执刑者先吊死她的两个同伴，然后把她的手脚捆起来，脸上蒙上手帕，然后又突然把她放下来，缓期执行。
原来这个野蛮的程序是事先策划好的，马萨诸塞议会的秘密决定是驱逐她出境，但同时要她陪绑，并做出要绞死她的样子。其实那些决定处死她们的新教徒在英国时也是受迫害的，所以不忍心吊死太多的人。然而玛丽·戴尔拒绝死缓，坚持说除非废除这条法律。法官们把她放在马背上，把她赶往罗得岛。1660年5月1日，即被驱逐后不到一年，她又回到波士顿。
她的一个传教伙伴约翰·泰勒对此有记载：“她说，她必须去，她渴望废除这条迫害上帝子民的邪恶法律，她要在那里献出生命。”结果，她再次被判处死刑。再次有人呼吁饶她一命，她站在绞刑台上时又再次被允许免于一死，条件是她必须马上离开这个殖民地。但她决断地说：“不，我不能……我服从主的旨意来到这里，我按照主的旨意决死无疑。”
她终于被吊在绞架上。这个故事告诉我们，从今天的眼光来看，当年美洲的宗教迫害也是很残酷的；但这里出现的宗教迫害，与旧大陆相比，是很不相同的，它不是不允许人们持有不同的信仰，而是不允许持不同信仰的人进入自己的社区，打乱自己的生活；信仰不同的人应该生活在属于自己信仰的社区里。这里已体现了宗教宽容的思想，它也反映了殖民地的任何教派都不可能也从未想到要把整个殖民地的信仰统一起来。
总的说来，到北美殖民地的清教徒带来了简朴、虔诚的习惯，但无法坚持原有的宗教迫害，宗教宽容实际上也就发展起来了。这意味着那些最激进的宗教派别的思想有可能在这里得到更广泛的传播。比如，贵格会就曾拥有相当大的影响。该会的基本信条就是：信奉平等、不拘礼节、宽容。布尔斯廷曾讲到，“基督教中没有哪个派别比它更坚持不渝地信奉平等”。
1757年，这个教派的一个成员在布道时讲道：“有权者老是滥用权力。虽然我们使黑人成为奴隶，土耳其人使基督徒成为奴隶，但我确信自由权是一切人的自然权利。”美国人的基本观念与这些激进的清教徒的追求是分不开的，虽然追求殉道最终不利于他们发挥更大的作用。
上面讲的主要是殖民地时期北美清教徒的情况，他们一般集中在北部，以波士顿为中心。北美南部以弗吉尼亚为中心，这里的宗教以英国国教安立甘宗为主。安立甘宗是加尔文宗的一个分支，虽然一般认为它比较保守，保留了许多天主教的残余，但它毕竟也是新教的一部分。
虽然通常认为美国精神是以北部的清教为核心发展起来的，但实际上弗吉尼亚对美国精神形成的作用也不可小看，因为像华盛顿和杰斐逊这样的独立战争的领袖都来自这个州及其所信奉的宗教（这也正是我们把本节的小标题称为“北美殖民地的清教或新教精神”的原因）。
同样，弗吉尼亚人所信奉的英国国教也由于适应了殖民地的生活，而与英国的同行有了很大的不同。这种不同体现在它的宽容、强调民主和自由，同样不喜欢深奥的神学理论争论而更注重实际的需要。它的教会组织亦已与英国的大相径庭。殖民地时期，作为英国国教一个基本标志的主教制在弗吉尼亚无形中消失了，主教的权力被分散到各个教区委员会行使。
也就是说，弗吉尼亚的安立甘宗比英国的国教更民主，各教区有更大的自由决定自己教区的事务；教区人民通过教区委员会委员来选举本教区的牧师，而教区委员会委员则由教区居民选举产生。在当时的弗吉尼亚，教区与政府实际上是互相重叠的，县政府的法官通常也是教区委员。布尔斯廷说：“要是弗吉尼亚的政治和社会领袖居然不是英国国教的头面人物，那就成了怪事。”
1776年弗吉尼亚制宪议会的100多名代表中，只有三个代表不是教区委员。这一方面说明当时在美国宗教仍在起重要的作用，另一方面也说明，当时美国的宗教和政府已经与英国有了相当大的区别，他们更开放、更宽容、更务实，更强调民主和自由。1720年，一个叫罗伯特·卡特的人在给远在伦敦管理他儿子学习的人写的信中，这样说道：“我是英国国教培养出来的，因此我希望我的孩子也这样。
不过，我不能苟同华而不实的玄理以及任何超过礼仪和尊奉国教之需的繁文缛节。信神而求实，这才是本体，而那些东西只不过是外壳。”“信神而求实”，这正是美国的安立甘宗与英国国教的不同点，也是它与美国清教徒的相似之处。