朝鲜通信使对近世韩日两国有着非常重要的历史意义，它不仅维护了近世韩日两国的睦邻友好关系，而且它还促进了近世韩日两国的经济交流和发展，而在两国的文化交流和发展上，它也发挥着不可忽视的作用。
1、朝鲜通信使维护了近世韩日两国的睦邻友好关系
当倭乱结束后，对马藩将幕府愿与朝鲜复交的意向传达给朝鲜时，面对日方的讲和要求，朝鲜政府内形成了截然相反的两个派别。其中的议和派从现实出发，认为不能拒绝日方的议和要求。朝鲜两度遭受日本的蹂躏，蒙受巨大的损失，国力大为削弱，面临着即将崩溃的危机。如果此时日本再来犯境，朝鲜将毫无抵御能力，只能束手待毙。而此时在朝鲜北方，努尔哈赤领导的建州卫女真人势力迅速崛起，威胁其北方边境的安全。面对内忧外患的严重局面，朝鲜政府中的有识之士提出当务之急是创造安定的国际环境，以集中精力重建国家。议和派得到国王宣祖的支持，逐渐占据主导地位。此后，两国经过多轮艰苦的谈判，于1607年恢复邦交，又于1609年签订《己酉条约》恢复了贸易关系。可见，朝鲜政府决定与日本复交并与对马藩恢复贸易，是想通过与幕府恢复传统的交邻体制以及与对马藩恢复传统的羁縻秩序，来创造和平稳定的国际环境，集中精力重建国家，以使其统治得以维系。此后，朝日之间的这种友好的通交贸易关系一直维持到1876年。
而日本之所以同朝鲜复交并要求派遣通信使，是源于德川家康面对当时东北亚的局势而制定的旨在回归华夷秩序的外交政策。由于丰臣秀吉的侵朝战争，日本被排除在华夷秩序之外，在东北亚处于孤立境地。为了打破这种不利局面，德川幕府努力寻找在华夷秩序内的合理定位，除千方百计接近明朝之外，还想方设法恢复与朝鲜的外交关系。为此，他指使与朝鲜关系密切的对马藩和朝鲜进行交涉。在关原之战之后，德川家康已经凌驾于诸藩大名之上掌握国家大权，亟须获得华夷秩序的国际承认并向日本全国尤其是觊觎中央政权的异己势力显示德川政权的合法性，因此迫切希望与朝鲜实现全面的交邻关系正常化，通过朝鲜通信使夸耀其权威。在“假道通贡”和“平辽通贡”交涉失败之后，德川幕府不得不承认自己已经不再是华夷秩序完全成员的客观现实，被迫自我定位，构建了所谓“大君外交”的外交体制，经过日朝两国的艰难交涉，终被朝鲜所承认。从此，日朝两国关系在制度化的轨道上较为稳定地前进，朝鲜在历代德川将军袭职时应邀派遣通信使以示祝贺，而德川将军也答书赠物以示感谢。日朝两国按照华夷秩序的国际关系准则恢复两国传统的交邻关系并应国内外形势发展改革两国通交体制，维护了华夷秩序在东北亚地区的相对稳定。这种和平局面持续了260年，直至日本重起战端侵略朝鲜。
2、朝鲜通信使促进了近世韩日两国的经济交流和发展
虽然德川幕府注重于以日韩复交作为其国际承认的象征以显示其政权的合法性，但对于作为幕府外交目标的实践者的对马藩而言，由于其特殊的地理位置和经济条件而将其特定的经济要求贯彻于议和交涉，促使朝鲜许可釜山开市，并于1609年签订《己酉条约》，使对马藩与朝鲜之间的贸易制度化。按照该条约的规定，对马藩每年定期向釜山派出岁遣船，日本使节乘船同行，在位于釜山的倭馆内开展外交活动和贸易活动。倭馆不仅是两国开展贸易的场所，更是两国进行外交活动的场所，围绕通信使的派遣双方进行交涉的地点就是釜山倭馆，且倭馆又是通信使出发和回国时的必经之地。对马藩想方设法扩大贸易规模，以增加通过贸易所获取的利益，而这种贸易利益成为对马藩财政收入的主要来源，即对马藩通过倭馆贸易获取的利润占其财政收入的1/3到1/2。考虑到倭馆贸易进入衰退期之后，限于困境的对马藩只能求助于幕府获得财政支援以勉强维持其财政的事实，可知朝鲜后期的倭馆贸易对于对马藩来说是何等重要。此外，倭馆贸易又是幕府获得其所需的生丝、人参等国内需求日增的商品的一个重要渠道。通过倭馆贸易流入日本国内的这些商品不仅满足了其需求，同时也促进了日本相关产业的发展。
两次倭乱致使朝鲜经济遭到严重的破坏，濒临破产境地，全国耕地面积减少了2/3，且人口锐减。倭馆贸易的恢复，不仅满足了朝鲜国内的商品需求，而且使朝鲜政府和商人的收入增加，对朝鲜医治战争创伤、恢复国民经济起到了积极的作用。此外，通过倭馆贸易，朝鲜从日本引进了一些经济作物，有烟草、辣椒、红薯等。朝鲜于1616年左右从对马引进了烟草的种子和栽培技术，并迅速在全国得以普及，后大量出口到中国获取巨额经济利益。与烟草一同引进的辣椒后来使朝鲜人的饮食文化发生了巨大的变化，朝鲜称之为“蕃椒”、“倭椒”、“南蕃椒”。初始，辣椒作为胡椒的代用品来使用，后来作为防腐剂加入泡菜，成为其饮食中不可或缺的调味品。红薯在17世纪初传入日本九州，而其普及到全国是以享保十七年(1733年)的大灾年为契机。对马藩从1715年左右开始种植红薯，在1733年全国性大饥馑时救了不少身体虚弱的老人的性命，所以后来红薯被称为“孝行芋”。1764年作为通信使正使出访日本的赵曮将其种子和栽培技术引入朝鲜并在釜山附近和济州岛栽培，此后普及到全国，在19世纪连年的自然灾害造成的饥馑中救了很多人的性命。
3、朝鲜通信使促进了近世韩日两国的文化交流和发展
朝鲜通信使是两国善邻友好关系的象征，通信使不仅是朝鲜的外交使节，同时也是文化的交流者和传播者。使团成员除了官员以外，相当数量是朝鲜著名的学者、诗画名家。他们到达江户完成外交任务之后，就与日本国内的文人、学者进行广泛的交流。日本学者对朝鲜的儒学尤其是退溪学颇感兴趣，并进行了深入的研究。将退溪学传入日本的是倭乱时期被劫持到日本的姜沆，其弟子藤原惺窝是日本朱子学的鼻祖。每当通信使来到江户，这些日本学者就聚到使馆与朝鲜学者进行笔谈，畅谈学术，唱酬汉诗。他们之间的笔谈内容后来都得以成书出版，如《七家唱和集》、《鸡林唱和集》、《和韩唱和》、《桑韩星槎答響》等。而通信使回国之后，使团官员或随行人员都著书将旅途中的所见所闻详细记录下来。这些书籍不仅是当时朝鲜了解日本的局势及其历史、地理、风俗、文物的重要来源，也是后人了解当时韩日两国交流状况的重要史料。除儒学的交流以外，双方还在医学方面进行了交流。在西方医学传入之前，日本的医员必携之书为朝鲜的《医方类聚》、《治肿抬南》、《东医宝鉴》等医学书。应幕府之请，通信使中包括“良医”一人、“医员”二人。他们不仅与日本医员进行医学方面的交流，而且还给日本幕府官员和学者治病、传授药方。两国医员之间的笔谈内容后被编辑成册得到出版，广为流传，如《桑韩唱和集》、《桑韩医谈》、《桑韩笔语》等。
日本曾从中国和朝鲜输入大量的书籍刻印出版发行且保存完好。朝鲜由于遭受两次倭乱的浩劫，国内珍藏的书籍不是被焚毁就是被掠去。因此，韩日关系恢复之后，朝鲜通过通信使访日和倭馆贸易输入了一些书籍(有《西湖游览》、《文献通考》、《太平广记》、《朱子大全》、《本草纲目》、《历史纲鉴》、《四书正义》、《五车韵瑞》、《左传》、《汉书评林》、《类聚纂要》、《列仙传》等12种)以供国内使用。
综上所述，朝鲜通信使对维护近世韩日两国之间的睦邻友好关系发挥了积极的作用，促进了两国社会、经济、文化等方面的交流和发展，同时也对维护东北亚地区的和平与稳定作出了一定的贡献。因此，我们应该对朝鲜通信使所具有的历史意义以及所发挥的作用作出更为客观的评价。