“壬辰倭乱”之后，日朝停战，德川幕府有意通过和朝鲜恢复邦交以确立自己政权的合理性，于是日朝开始谈和并最终成功复交。日朝之间由此开始互派使节，直到德川幕府被明治政府取代，日朝之间的交流才暂时停止，后来这一使节彻底被驻日公使所取代。
1592年，日本统治者丰臣秀吉大举入侵朝鲜，史称“壬辰倭乱”。这次侵略战争给朝鲜造成空前的破坏与灾难，直接导致了日朝两国“交邻”关系的破裂，也使朝鲜人对日本埋下了仇恨的种子。1598年，丰臣秀吉死去，日军也在中国明朝和朝鲜军队的配合作战下撤出朝鲜半岛。虽然朝日已经停战，但朝鲜仍对日本戒备甚严，而由德川家康把持政权的日本则向朝鲜递橄榄枝，试图恢复两国邦交。日朝复交的急先锋是对马岛，1599年，对马岛就向朝鲜派出使节，请求讲和修好。对马岛是日本本岛与朝鲜半岛之间的交通要冲，长期臣属于朝鲜王国，名义上是朝鲜王国的宗藩，充当日朝关系的中介作用，而其地山多地少，土地贫瘠，因此严重依赖与朝鲜的贸易。壬辰倭乱中断了日朝关系，同时也切断了对马岛的经济来源，因此对马岛对于恢复日朝邦交的要求最为迫切。另一方面，在1600年关原之战后取得日本统治权的德川家康也支持恢复日朝邦交，他一方面要通过与朝鲜的贸易来充实其财力，另一方面则是收拾丰臣政权扩张政策所留下的烂摊子，因此急欲恢复同明朝和朝鲜的关系。一旦朝鲜同意复交、遣使来日，不仅可以使德川政权获得国际承认，也在日本各藩尤其是异己势力面前展示了德川氏的威望，从而达到树立政权合法性的目的。
为了确认日方讲和的真伪，朝鲜政府于1602年派全继信、孙文获以及被朝鲜王国收编的来自日本军队的投降的日本武士和日本军官以“探贼使”身份前往对马岛侦探。1603年，被扣留在萨摩的朝鲜儒生金光一获准回国后，向朝鲜国王李昖（朝鲜宣祖）上疏，汇报了日本国内的最新情报，强调了与日本讲和修好的必要性和急迫性，引起朝鲜方面的重视。1604年，朝鲜政府决定派遣和尚松云大师惟政为“探贼使”，出使日本。惟政曾在壬辰倭乱期间组织义兵抗日，又与日将加藤清正等有过交涉经验，因此他成为与日交涉的最佳人选。惟政于这年七月到达对马岛以后，对马藩主宗义智要求惟政去日本本岛交涉，于是他又在十二月底在宗义智的陪同下前往京都。翌年二月，德川家康率十万大军到达京都，三月在伏见城会见了惟政，这次会见系朝鲜王朝与江户幕府间的首次接触，具有重要意义。德川家康对惟政述说自己与丰臣秀吉不同，明确表示：“我于壬辰在关东，不曾干预兵事，朝鲜与我，实无雠怨，请与通和”。同年五月惟政回国后，报告了德川家康的修好主张，朝鲜君臣虽然有疑虑，但认识到与日本修好不可回避。
1606年，朝鲜政府向日本提出了“先为致书”（德川家康先向朝鲜递国书）和“缚送犯陵贼”（壬辰倭乱时盗掘朝鲜王陵的日本人）两个遣使议和的先决条件，并于同年八月由全继信传话到对马岛。在当时尚未议和的条件下，“先为致书”意味着日本要先向朝鲜屈服，“缚送犯陵贼”则意味着对日本侵略行径的惩罚，日本要答应似乎很困难。但出乎意料的是，日本的回应非常迅速，十一月就由对马岛派遣橘智正带着德川家康的国书和麻古沙九、麻多化之两个“犯陵贼”来到朝鲜。但是朝鲜国王识破了德川家康国书为“伪书”，系对马岛所伪造；而两名“犯陵贼”则是对马岛的犯人，与壬辰倭乱毫无关系，由此可见日本人并没有对战争罪责的悔过和对战后修好的充分诚意。尽管如此，朝鲜也有其苦衷——战后凋敝的朝鲜并没有与日本讨价还价的能力，而且朝鲜也急需派使前往日本将壬辰倭乱中被掳走的朝鲜人带回国内以补充劳动力，既然朝方所要求之两项名分已经贯彻，纵然已识破其虚伪，也只好假戏真做了。1607年（朝鲜宣祖四十年，日本庆长十二年）正月，朝鲜正式派出了以吕祐吉为正使、庆暹为副使、丁好宽为从事官的496人的使团前往日本，其名称为“回答兼刷还使”，即其身兼两项任务，回答德川家康之国书及刷还掳往日本的朝鲜人。虽然名称不是“通信使”，但作为壬辰倭乱后朝鲜派往日本的第一个正式使团，具有破冰的历史意义，结束了日朝两国的敌对状态，所以仍被归入朝鲜通信使之列。
正式派遣
朝鲜王朝自1607年派出“回答兼刷还使”赴日以后，又接连在1617年和1624年派遣了两次这样的使团，其主要任务都是“刷还”在壬辰倭乱时被掳走的朝鲜人。壬辰倭乱期间，大量朝鲜人被日军掳往日本，其人数在5万到20万之间，这在当时是相当庞大的数字。刷还使滞日期间，德川幕府方面也积极配合，命令各藩释放被掳的朝鲜人。但是由于各藩大多不愿意交出朝鲜人，也有一些朝鲜人因为种种原因（如已在日本建立家庭、回国后的待遇与生计问题等）不愿回国，因此三次刷还使收效甚微，只有2000名朝鲜人被带回国。但是，这三次刷还使更重要的意义在于重新开启日朝交往，逐渐结束敌对状态，为正式通信使的派出、两国邦交的全面正常化做好了铺垫。
虽然朝鲜和日本尚未完全恢复交邻关系，但因壬辰倭乱而中断经贸往来亦重新开始，对马岛在日朝关系的恢复中发挥了重要的中介作用。1607年，对马在朝鲜釜山重开倭馆，1609年，对马岛方面与朝鲜政府缔结《己酉约条》，规定对马派“岁遣船”来倭馆贸易，成为日后两百多年间日朝贸易的基础。随着日朝经贸关系的重新展开，日朝邦交全面正常化也就水到渠成了。另一方面，当时朝鲜北方的女真族兴起，建立后金汗国，对朝鲜构成严重威胁，并于1627年侵略朝鲜，史称丁卯胡乱，因此朝鲜迫切需要与日本修好，以稳定后方。
恰在此时，日本于1631年发生了“柳川一件”，对马藩主宗义成与家老柳川调兴之间的争执导致了对马岛对朝外交的“黑幕”被揭发，因而德川幕府开始着手整顿朝鲜外交问题，最后于1635年裁定对马藩主宗义成无罪，并完善了对朝外交“幕府-对马”流程的一元化管理，正式以“日本国大君”为幕府将军对外称呼，确立了“大君外交体制”。朝鲜对“柳川一件”的事态非常关注，在此期间暂停了与对马岛的交往，同时还在1632年派出非正式的译使去吊祭前将军德川秀忠，1634年应将军德川家光通过宗义成的邀请派出“马上才”（马戏团）赴日，在此期间收集日本的情报。1635年“马上才”回国，向朝鲜国王仁祖报告了日本的情况及“柳川一件”的处理结果，朝鲜仁祖在分析了日本的情报后判断日本“无可忧之端矣”。而日本通过“柳川一件”规范了对朝外交体制以后，德川家光便委任宗义成全权处理对朝外交事宜，并命令他于1636年请来朝鲜通信使。
1636年（朝鲜仁祖十四年，日本宽永十三年）二月，对马岛正式请求朝鲜派出通信使，其名义是贺日本“泰平”。朝鲜方面很快接受了日本的请求，于同年八月派出了以任絖为正使、金世濂为副使，总成员达475人的庞大使团，这是日朝两国复交后第一个冠以“通信使”之名的朝鲜使团。通信使一行携带朝鲜仁祖的国书，十月自釜山启程，十二月抵达江户，递交国书，受到了德川幕府的隆重款待，并邀请使臣参拜德川家康神社所在之日光山。次年（1637年）三月，通信使回国复命。1636年通信使的派遣标志着日朝邦交的全面正常化，即恢复壬辰倭乱以前的交邻关系。随着日朝关系迈上正轨，通信使也得以制度化，其后每逢幕府将军袭职时朝鲜王朝就派遣通信使以示祝贺，而德川幕府则答书赠物以示感谢。朝鲜派遣的通信使如下表：
通信结束
朝鲜王朝自1636年正式派遣通信使以后的100多年的时间里，先后派了8批通信使团，对朝日邦交巩固和经济文化交流发挥重要的作用。庞大的通信使团由日方负责接待，糜费巨万（一次接待约花费100万两白银，动员33万人，需要7600匹马），而朝方也要准备大量的贺礼。这些巨额花销在两国国力充实之时尚能应付自如，而等到两国衰落以后，便力不能支了。1786年（朝鲜正祖十年，日本天明六年），江户幕府第10代将军德川家治去世，养子德川家齐袭位。按惯例应由日本对马藩邀请朝鲜通信使，但此时的日本国力衰落，连逢天灾，尤其是“天明饥馑”导致社会动荡，财政困难，无法接待通信使，故幕府老中松平定信指示对马藩延期邀请通信使，1791年江户幕府又提出“易地通信”，即通信使交聘地点不在江户而在对马岛，朝鲜方面以违背前例为由未予接受。1809年（朝鲜纯祖九年，日本文化六年），日本重提派遣通信使，朝鲜也作出让步，同意易地通信的方式，遂于两年后（1811年）派遣金履乔为首的使团前往日本对马岛，此次通信使团迟来了20多年，不仅没能直接去江户谒见将军，人员构成中也没有了“马上才”（马戏团），过去日朝人士间广泛深入的交流也不复出现。此次是最后一次通信使，其后50多年中，德川幕府先后换了4任将军，虽然都曾试图让朝鲜派通信使，甚至日方还曾计划将交聘地点改到大阪，但因两国财力不足等原因都没能成行，进而无期限地拖延下去。
1868年（朝鲜高宗五年，日本明治元年），日本发生剧变，德川幕府倒台，明治政府建立，并开始实施“明治维新”，将日本改造为近代国家。明治政府收回了对马岛处理对朝外交的权力，并多次向朝鲜传递国书，希望建立近代外交关系，但朝鲜方面则以国书中有“皇”、“敕”等字样为由予以拒绝，两国遂处于断交的状态。1876年，日本透过“云扬号事件”，强迫朝鲜签订《江华条约》，打开了朝鲜的国门。但朝鲜王朝最开始只是将《江华条约》理解为重修日朝间的“三百年旧好”，换言之即“交邻”关系的恢复，而尚未洞悉已被纳入以万国公法为基准的近代条约体系之中，于是便在条约签订后不久即延续通信使的惯例，派遣了以金绮秀为首的“修信使”赴日聘问。但是正如名称有所改变一样，其形式亦与过去的通信使有所区别，即朝方只递国书而不再携巨额贺礼，日方亦不全包朝鲜使节的接待。随后朝鲜又于1880年和1882年派遣了金宏集（金弘集）和朴泳孝为首的修信使，其活动不再限于传统的“交邻”范畴，而进行修约、换约、缔约交涉等近代外事活动，这也反映了朝鲜王朝外交观念的转变。所以三次“修信使”的派遣可看作是传统交邻体制下的通信使向近代外交体制下的使节制度的过渡。
1880年，日本派遣花房义质到朝鲜任办理公使。1886年，朝鲜任命李??永为办理大臣，常驻日本，是为朝鲜派遣驻日公使之始（实际到任的首任驻日公使是1887年任命的闵泳骏）。至此，日朝关系正式转换为近代外交体制，通信使彻底成为历史。