后续
新四军副军长项英与副参谋长周子昆在蒋介石下令停火后突围逃出，3月12日两人于泾县濂坑石牛坞赤坑山遭随从副官开枪打死。1月17日，蒋中正发布命令，宣布新四军为“叛军”，取消新四军番号，将叶挺交军事法庭审判。中国共产党进行回击，指示八路军、新四军在军事上自卫，在政治上反攻。20日，中共中央军委发布重建新四军军部的命令，任命陈毅为代理军长，刘少奇为政治委员。
此事变主要将领叶挺虽遭逮捕，但受苏俄、英国等国关切下，仅予以监禁。1943年，国民革命军第三战区司令顾祝同以“抗日战争”、“制裁解散新四军”及“肃清江南共军”有功，被中华民国政府颁发中国军人最高荣誉之青天白日勋章。
蒋介石对皖南事变的讲词：
“这两周以来，敌人假借我们新四军事件，造出许多离奇怪诞的谣言，姿意挑拨中伤，不仅企图动摇我们抗战的精神，而且妄冀迷惑国际间对我国抗战的视听，求逞其侵略中国的迷梦………。即就我们此次处置新四军事件来说，无论中外人士，大家都知道，这完全是我们整饬军纪的问题，性质很明白，问题很简单，事情也很普通。凡违令乱纪的军人，在所必惩，至于称兵作叛，袭击友军，侵占防地，妨害抗战的军队，更必然的须解散。这是抗战治军的天经地义，除非像无法无纪的敌国少壮军人，才会把这件事看做一种特殊而不寻常的事件，故意来作夸大的恶意宣传………。 “尤其我们自抗战迄今，处罚违抗命令，触犯军纪的案件，如韩复矩、李服膺、石友三等案之类(注一五)，已不止一次，这次新四军因为违抗命令，袭击友军，甚至称兵作乱，因而受到军法制裁，这纯然是为了整饬军纪。除此以外，并无其它丝毫政治或任何党派的性质夹杂其中，这是大家都能明白的第一点。 “其次，我们当时对于韩复矩、李服膺、石友三等案件，只是将他们三个负责主管长官正法，而对于这次新四军事件，为什幺要将他番号取消，部队解散?关于这一点，我亦要向各位说明，因为当时韩复矩、李服膺、石友三，只是其主管本人不服从命令而已，而并没有称兵叛乱，攻击友军的行动。各位都已知道，当时中央命令韩复矩坚守山东，他却不守山东，而偏要擅自退往陕西汉中。想保存他个人的实力。中央命令李服膺在前线抗战，不许退却，他却不遵令前进，反要擅自后退，甘冒革命军的连坐法。至于去年石友三之伏法，亦是如此，当时统帅部命令他移驻豫西，他偏抗命不动，盘踞豫东，骚扰地方，勒索人民。但这三个人虽然是违抗命令，而其部队并没有反抗叛变的行动，所以只要将他三人执行纪律，其部队官兵不仅无处分之必要，而且因其官兵皆深明大义，遵令整编，所以政府依旧爱护保全。但这一次新四军一案，就与此不同了，统帅部自去年十一月以来，迭次命令要他北上，移驻指定地区抗战，他偏按兵不动，到了最后限期已过，他还要自由向南移动，作一种有计划的军事行动，明目张胆，来袭击第四十师及上官云相的总司令部，实行叛变，所以我们要执行军纪，将他全部解散。由此可知这次解散新四军一案，不过是我们在抗战期中整饬军纪普通的一例而已。… ………但自去年以来，新四军违抗命令，违反纪律的案件，层出不穷，中央虽一再宽大为怀，剀切告诫，促其觉悟，无如他怙恶不悛，竟至称兵叛变，袭击友军。中央在此情形之下，就再不得有所姑息，再不能不严加处置，但在我个人对此事件，只有悲痛与惭愧，因为部属的罪恶，就是我作长官的责任，也就是我的耻辱。因此各位须知这不是一件什幺可安慰的事，这是万不得已的一页痛史。现在新四军事件虽然已经处理，而我国民革命军在光荣抗战中间，毕竟留下了一个污点，我身为统帅，我的伤心实在任何人之上，这是大家必须明白认识的第二点。 “复次，我们为什幺要如此严格整饬军纪，因为军纪是军队命脉之所在，亦即国家民族生命之所寄。我们抗战之成败，就看我们的军队能否执行纪律，而这次新四军之公然称兵抗命，破坏军纪，我们政府能否澈底执行纪律，就是我们国家能否生存的最大一个关键。因此我这次乃抱定决心，要严肃军纪，以挽救全军的危亡，保障抗战的胜利，维护国家的生存。反之，如果我们这次不能整饬军纪，任令部队军人违反命令，破坏纪律，那末，军队失败，国家就要灭亡。并且国家付托我以统帅大权，如我统帅个人希图苟安一时，不惜姑息养奸，致陷全军于危殆，那不仅有负职责，而且对不起我们全军官兵，和一般已经为抗战牺牲的将士同胞。并且严格言之，这就无异我统帅纵容部属军队违法乱纪，陷他们于灭亡自杀之途，那这就是我统帅莫大的罪过。因此，我宁愿不顾一切牺牲，必须彻底执行纪律。凡属国民革命军的将士，必须明白军纪重于一切，军纪一律平等，决不能稍有偏袒不公之处，亦不能因为姑息一二少数人而置军纪于度外，以致抗战失败，陷国家于灭亡，这是大家必须明白认识的第三点。…………。 “总之，这次处置新四军事件，完全是积极的而不是消极的，主要的意义完全为加强抗战。语其要点，就是：(一)打击敌人妄冀我军纪败坏，内部分裂，以减弱抗战力量的妄想。(二)申明军队的纪律，使全军得所观感而振奋自爱，为国效命，因而加强我们团结抗战的精神。………”。