命令新四军接电报后迅即将全部撤到旧黄河以北。11月19日，毛泽东以上述受令者“朱彭叶项”四人名义答复：“同意将安徽南部的新四军部队调到长江以北。”
蒋介石则发手令宽限新四军的北移期限：
前令第十八集团军及新四军各部，展期开到黄河以北作战。兹再分别地区，宽展时期。凡在长江以南之新四军，全部限本年十二月三十一日前开到长江以北地区，明年一月三十日以前开到黄河以北地区作战。现在黄河以南之第十八集团军所有部队，限本年十二月三十一日止，开到黄河以北地区。希即遵照参谋总长十月皓电所示之作战地境内，共同作战，克尽职守，毋得再误，此令。
移防
毛泽东覆电后，共产党新四军并未如皓电及共产党中央所言随即移防。另一方面，因迟迟未见移防，同年12月3日，蒋介石致电叶挺：“新四军应在繁昌、铜陵渡过长江，在江苏无为附近集中，然后按规定路线北上。”此电且仍受共产党党中央认同。
不过此军令一出，前往换防的国民党军队(40师)与共产党军队纷争再起;华中的八路军和新四军猛攻曹甸，国军损失惨重。除此，中共东南局书记兼新四军副军长项英却仍驻地云岭，以“处于第三战区包围之中，对国军可能的突然袭击缺乏准备”为由，并不按中共中央与中华民国军事委员会指示的路线北渡移防前进。12月9日，不耐的军事委员会委员长蒋介石下令反击。
12月中旬之后，第三战区司令顾祝同再次发电，严令皖南新四军于12月底以前过江。受此压力，12月23日，中共中央军委命令皖南部队全部以战备姿态绕道茂林、三溪、宁国、朗溪到溧阳，然后待机北渡。26日，中共中央又电项英，对他们一再拖延、迟迟不愿北移提出了批评。12月28日项英召开会议，决定遵守中共中央指定的北移路线：向南绕道茂林、三溪、旌德、宁国，迂回天目山到溧阳。
事变经过
1941年1月4日夜晚，新四军军部和皖南部队9000余人由泾县云岭地区出发，准备分左、中、右三路纵队，经江苏南部向长江以北转移。5日，部队行至茂林地区时，遭到顾祝同以新四军“违抗中央移防命令，偷袭围攻国军第40师”为理由，无预警地将新四军军队包围和袭击。(中华民国官方文献则指出新四军首先攻击国军40师，顾祝同率军随之拯救)
6日，顾祝同与上官云相率第三战区之第32集团军8万多人，在蒋中正命令下，向新四军发起总攻，并强令“彻底加以肃清”。项英曾数次发电报给中国共产党中枢延安，要党领导毛泽东向国民党交涉停火，但毛并无相关回应。9日，刘少奇电毛谈起项英的情况，毛回电说他什么情况也不知道。10日，新四军总部报告毛：“支持四日夜之自卫战斗，今已濒绝境，干部全部均已准备牺牲。”“请以党中央及恩来名义，速向蒋、顾交涉，以不惜全面破裂威胁，要顾撤围，或可挽救。”12日，毛要求周恩来“向国民党提出严重交涉，即日撤围”。周恩来在13日向国民党提出抗议。
两党交涉期间，双方火线冲突进行了七天七夜，新四军因兵力薄弱陷于绝境。为保全部队，叶挺根据中共中央东南局副书记饶漱石的意见，致书上官云相，指责其“背信弃义”，表示愿往上官总部协商。14日叶挺一到上官处即被扣押，新四军政治部主任袁国平于突围时阵亡。同日，新四军茂林阵地完全被占领。全军约9000人，除约2000人在黄火星、傅秋涛率领下突围外，大部被俘、失散或阵亡。
