1967年4月上旬，军委扩大会议在京举行。谢富治也参加了这次会议。在11日的会上，徐向前对担任全军文革小组组长近3个月来的工作进行了检讨。陈伯达首先对徐向前开了炮。谢富治接着说：“你徐向前的问题远不止这些。”徐向前回答说：“富治同志啊，错误路线我都承认了，你还要怎样啊!难道要把我打成叛徒、特务吗?”

谢富治的表现使他继续得到重用。1970年4月，中共中央召开整党建党工作座谈会，决定由康生、张春桥、谢富治3人组成的小组负责领导。林彪事件发生后，谢富治继续做新的军委办公会议的成员。

炮制《公安六条》制造冤案

谢富治的工作主要是在公安系统，他对公安系统造成的危害也最大。1966年12月，谢富治炮制了一个《关于在无产阶级文化大革命中加强公安工作的若干规定》(即《公安六条》)。谢富治还“谦恭”地写信给关锋、王力、戚本禹、张春桥等人，说“因为我们水平低，不可能搞出一个像样子的东西出来”，“千万请你们几位同志帮助写一下”。

1967年1月13日，中共中央、国务院以正式文件的形式发布了《公安六条》。这个《公安六条》造成了大量的冤案。根据该文件规定，凡是攻击毛泽东、林彪的，都是“现行反革命”，“以现行反革命论处”。而在实际工作中，又扩展到了凡对江青、康生、陈伯达等中央文革小组不满的，也是“反动行为”，要“依法惩处”。当批斗“走资派”开始成为主流后，一些干部子弟的红卫兵不理解，组成了“联动”(首都红卫兵联合行动委员会)，把矛头指向中央文革小组。“联动” 打出了“打倒谢富治”的口号，在1966年12月至1967年1月曾6次冲进了公安部。谢富治秉承中央文革小组的意旨，下令先后抓了400多名“联动”成员，投入狱中。他恶狠狠地说：“‘联动’是一批反革命分子，将来我非枪毙他们几个不可，要杀一儆百!”

1968年1月，康生伙同谢富治制造了云南“赵健民特务案”，使云南大批干部群众受到迫害，1.4万人被迫害致死。2月，康生又伙同谢富治制造了内蒙古“内人党”冤案。“内人党”即“内蒙古人民革命党”，1925年经中共中央和共产国际批准成立，大革命失败后就已不复存在。但康生说：“军队内也有内人党，这个问题很严重。”谢富治就附和说：“内人党明里是共产党，暗里是内人党，要把它搞掉。”在这一冤案中，34.6万余人受到诬陷，1.6万人被迫害致死。

2月，上海师范学院专案组派出两个人前往青海某监狱提审一个案犯，了解姚文元的父亲、叛徒文人姚蓬子的历史。案犯详细地交代了姚蓬子叛变和加入特务组织的情况，并写了证明材料。材料交看守员盖章时，看守员发现是有关姚文元父亲的问题，便向青海省公安厅报告，青海公安厅便命人将两个调查人员禁闭了起来。谢富治接到青海来电，大发雷霆，立即把同意调查的公安部副部长李震叫来训了一通：“姚文元的父亲，你敢随便答应人家调查?你的胆量这样大!你这个副部长还想当不当，你的脑袋还要不要?”而后谢富治又具体指示：这是一件严重的政治问题，是反革命的恶毒阴谋。要把两个外调者抓起来，用飞机送到北京。后上海师范学院姚蓬子专案组被解散，有关人员被隔离审查。

7月，谢富治按照江青、康生的要求，抽调700多人在公安部清查历史档案。他对参加的工作人员说：“清档是从档案中查党内最大的一小撮死不悔改的走资派的反革命罪行。”他们先后整理出诬陷朱德等14位党和国家领导人以及44位中央和地方党政军负责人的材料 400余件，制造出多起假案、错案。其中有一件即是“中国(马列)共产党”假案。