在1966年10月24日的中共中央工作会议上，谢富治作了长篇发言，将刘、邓的“问题”分为历史和现实的两个方面。邓小平是谢重点批判的靶子，他说：“邓小平到北京工作后，发展得很坏。他的错误很多，最根本的一条是不举毛泽东思想伟大红旗。他不接近主席，对主席没有感情、抵触，以至反对毛泽东思想。什么‘形式主义’、‘庸俗化’等等反对学习主席着作的谰言，不少是从他那里来的。”谢富治还建议将被批者的错误在更大范围内、起码在县团级范围内公布和批判，实际上就是要把批判打倒刘、邓的运动推向全社会。一个多月后，张春桥指使蒯大富在北京搞起了“十二· 二五大行动”，此后打倒刘、邓的大字报便铺天盖地涌向了大街小巷。

从1967年起，谢富治担任了北京市革命委员会主任、北京军区政委、北京卫戍区第一政委。1969年4月28日，在中共九届一中全会上谢富治当选为中央政治局委员，并成为中央军委的领导成员、军委办事组成员。1971年1 月，谢富治又担任北京军区第一政治委员。据宋任穷回忆，康生曾经讲过这样的话：“大军区的政治委员中，只有两个人是好的，一个是南京军区的政委张春桥，一个是北京军区的政委谢富治。”康生的话反映了谢富治在林彪、江青两大反革命集团中的重要地位。

中国的报纸历来是很讲究排名顺序的。在 1966年8月19日《人民日报》刊登的的报道中，谢富治在中央领导人的排名为第21位，一年后的1967年10月2日《人民日报》登载的报道中，谢富治的排名升至第16位，1968年10月2日《人民日报》登载的报道说：“同毛主席、林副主席一起在天安门城楼检阅的，有周恩来、陈伯达、康生、江青、张春桥、姚文元、谢富治、黄永胜、吴法宪、叶群、汪东兴、温玉成同志。”然后才是中央政治局委员朱德、李富春、陈云等人。谢富治的名次骤然上升到了第9位。

迫害刘少奇、王光美的元凶

新中国建立后最大的冤案，当属国家主席刘少奇被迫害至死案。在制造这一冤案的过程中，谢富治是主要元凶之一。1966年12月18日，中央举行碰头会，决定设立专案组对刘少奇、王光美“历史问题”进行审查。鉴于当时刘少奇还是中央政治局常委、国家主席，不便直接审查，便先设立王光美专案组，对外叫“中央办公厅丙组”。谢富治担任了“王光美专案组”的组长。谢富治虽名为组长，但却一直将组员江青的意志奉为“旨意”，一切都听命于她。

自1967年3月起，刘少奇的“问题”明显升级。3月21日下午，毛泽东、林彪等中央政治局常委接见军队军以上干部会议与会人员时，正式决定将刘少奇所谓的历史问题材料交“王光美专案组”调查。此后的刘少奇完全落入了江青、康生、谢富治等人的控制之中。

据戚本禹回忆，这项工作当时指定由康生分管。中央并没有明确规定成立刘少奇专案组，但江青、康生、谢富治在实际工作中却设立了一个相当庞大的“刘少奇专案组”。同年5月，他们口头宣布把“王光美专案组”改为“刘少奇、王光美专案组”。但直到1968年4月中旬以前，关于审查刘少奇的各种文件和报告中，却从来不用“刘少奇专案组”或者“刘少奇、王光美专案组”，仍署名“王光美专案组”。这种令人奇怪的现象，反映出江青、康生、谢富治一伙人的做贼心虚。