在广大指战员的浴血奋战下，红军以势如破竹之势挺进川北，建立了川陕革命根据地，革命形势有了很大的好转。张国焘对于在小河口会议上给他提过意见的人却一直怀恨在心，此时他认为打击报复的时机已经到来，开始大规模的“肃反”运动，陆续将曾中生、余笃三、旷继勋等人杀害。张国焘一天突然找张琴秋谈话，要她揭发曾中生等人的“右派”活动，并交代与他们的关系。张琴秋实事求是地谈了小河口给张国焘提意见一事的经过，在《我的声明书》中说:“我曾经同李特同志谈国，我们总觉得这样将部队开跑，领导上总是不正确的。”张国焘见她态度强硬，拒不认错，于1933年春撤了张琴秋红四方面军总政治部主任的职务，派她到红江县(今通江的涪阳坝)担任县委书记。她也是川陕苏区的第一位女县委书记。当时，有不少人都为张琴秋的撤职而不平。但她却刚正不阿，对于张国焘的打击，从不屈服。她胸怀宽广，一切以大局为重，她认为只要是党的工作，干啥都行。她接到通知后，二话没说，打起背包就走上了新的岗位。

1933年夏，张琴秋从红江县委调任红四方面军总医院政治部主任。当部队离开通江、巴中、南江一带北上时，张琴秋带领五百名女战士，担任护送三百名红军伤员的任务。在苦草坝附近时，她们遭到了军阀田颂尧一个团的袭击。在敌众我寡的情况下，她指挥战士们沉着应战，打得敌军晕头转向，敌人还误认为是遇上了红军主力。张琴秋抓紧时机，向敌人展开强有力的政治攻势，组织大家向川军的士兵喊话。川军士兵们纷纷调转枪口，产生哗变，将川军营以上军官们捆了起来，投降了红军。捷报很快传遍了红四方面军和根据地。从此，“五百农妇缴一团白军的枪”，及“女将军张琴秋指挥如神”的故事在根据地广为传颂。

1934年3月，在反敌人“六路围攻”胜利不久，张琴秋被正式调到红四方面军中著名的妇女独立团担任团长兼政委。这支“娘子军”从团长、政委一直到普通士兵，都是清一色的女子。她们都亲切地称张琴秋为“琴秋姐”。在红军三个方面军中，以四方面军中的女战士最多。妇女独立团全团上下的平均年龄不过20岁，连以上干部，都是“老革命”，到了该结婚的年龄，四方面军的高级指挥员于是成了她们青睐的对象。总指挥徐向前在妻子程训宣被张国焘在“肃反”中杀害了，此后便是孑然一身，而单身的高级领导人当时是很少的。有的女干部借汇报工作的机会，都喜欢在徐向前面前多呆一会。但他总是一副严肃的面孔，只谈工作，不讲闲话，女干部们吃了闭门羹，只好悻悻离去，对徐向前敬而远之。妇女团中唯有一人敢和徐向前说笑几句，她就是川北人称为“张大脚”的张琴秋。

徐向前说张琴秋是一位“文武都行，不怕天，不怕地的女杰”。妇女团直属方面军总部指挥，张琴秋任团长兼政委期间，常常向总指挥徐向前汇报妇女独立团的工作、生活情况。有一次她汇报说:“有些干部爱往妇女团转，想是找老婆哩。”徐向前问她该怎么办?张琴秋无奈地说:“我没办法，婚姻自由嘛!”徐向前一听就急了:“没办法?你那团是战斗队，不是老婆预备队。妇女团应作个规定，不准谈情说爱，不准男同志去团里乱串，不准结婚，不准……”徐向前接连说出几个“不准”。但张琴秋却不怕这位女干部敬而远之的总指挥，与他辩论起来，说革命包括妇女彻底解放，女人最大的追求是婚姻自由，不准结婚可以说，不准谈情说爱不妥。徐向前说军人与老百姓、与地方工作的妇女不同，硬是没那么多的自由。从严治军，才有战斗力。张琴秋提出说士兵不准结婚，干部结婚可加年龄限制，大龄的可以，年小的不可以。徐向前没有听取张琴秋的意见，最后一锤定音:“妇女团内一律都不准结婚，凡要求结婚的，调出妇女团。”