在沈泽民的坚持下，张国焘最后同意他留在鄂豫皖根据地坚持斗争。此时已担任七十三师政治部主任(师长为后来成为共和国大将的王树声)的张琴秋随大部队转移。由于长期的劳累，而营养又不良，沈泽民的肺病复发了。经常吐血不止，这让张琴秋非常担心。大部队转移前，张琴秋与沈泽民依依惜别，成了他们一生中见的最后一面。张琴秋要沈泽民先去上海治疗肺病，茅盾也这样说，但沈泽民不肯离开苏区。主力红军转移后，在敌人的严密“围剿”下，留守部队的处境十分艰难。沈泽民又感染上了疟疾，生命垂危。1933年11月30日，沈泽民病逝，享年33岁。

1963年4月15 日，沈泽民的迁葬追悼仪式在湖北红安隆重举行。张琴秋携女儿玛娅参加了迁葬仪式。抱着沈泽民的墓碑，张琴秋不禁潸然泪下。在回顾沈泽民时，张琴秋曾深情地说:“泽民同志是我一生中的良师益友。通过他，使我找到了党。从此，把我引上了革命道路，救出了我这条温柔的、又好似迷途的羔羊。否则，像我这样的人，至多不过当一名贤妻良母罢了。没有党的引导和帮助，决不会走上革命道路。这是我永远也忘怀不了的。”

出任红四方面军总政治部主任

1932年11月间，在红四方面军翻越巍巍秦岭，进入关中平原前夕，张琴秋被正式任命为红四方面军总政治部主任。这也是土地革命时期乃至整个战争年代，女战士在我党军队中所担任的最高职务。从这个意义上说，称张琴秋为红军唯一的女将领毫不为过。徐向前在《历史的回顾》中谈到张琴秋的政治工作时说:“张琴秋同志任方面军总政治部主任(原为七十三师政治部主任)，沿途开展政治宣传工作认真积极，起了很大的作用。”

红四方面军主力撤离鄂豫皖长途西进转移，无疑是一个重大行动。张国焘却以保密为由，事先既不在领导层中研究商讨，进行中又不向指战员解释。他的这种家长式作风引起了广大指战员的极大不满。同时，指战员们都希望尽快结束这种无根据地的盲目流动。12月初，当部队西行至陕南城固县小河口镇停下来以后，各种意见都出来了。红四军政委余笃三和四方面军总部的干部王振华、朱光等私下酝酿着，要到中央告张国焘的状。一天，张琴秋与旷继勋、余笃三、刘杞、王振华、朱光等几个人便请教威信很高的鄂豫皖根据地领导人曾中生。曾中生很理智，说向中央反映情况固然好，可江西距此遥遥几千里，怎么个去法?况且，即使到了中央，中央会不会听，还是个未知数。鉴于此，曾中生建议不如写一份意见书，由他送张国焘。大家觉得这是个好办法。于是，曾中生根据大家的意见，写了份材料，准备交给张国焘。同时，大家又推举张琴秋去做红四方面军总政委陈昌浩的工作，以争取得到他的支持，毕竟他们是莫斯科中山大学的同学，关系较为密切。张琴秋将大家的意见向陈昌浩说了以后，陈昌浩立即报告了张国焘。

张国焘得知这一情况后，为了应付这些同志的要求并缓和部队的不满情绪，于12月8日在小河口召开了师以上干部会。会上，张琴秋和到会的其他同志，都对张国焘的军阀主义和家长式作风提出严肃的批评。并要求立即停止向西转移，迅速在川陕鄂一带创建根据地，尽快把今后的行动方针告诉中央。张国焘对提意见的同志怀恨在心，伺机打击报复。