到了秋季，一个小型的英国海军支队，在巴尔麦爵士(Sir Henry Palmer)的统率之下，与一个荷兰的支队联合到一起，一共只有九十艘小船(只适于内河与浅海使用)，开始封锁佛兰德的港口；但是直到11月27日，英国女王才召集了一个战争会议，讨论下述的问题：可能的登陆地点，陆上兵力的使用，所使用的兵器，和国内的安全。12月21日，她任命霍华德勋爵(Lord Howard of Effingham)为“陆军中将、总司令、海上舰队和陆军的总管”。尽管德雷克在她的海军将领中是能力最强的一个，但她却宁愿选择霍华德，这不仅是为了提高其舰队的威望，而且也是因为霍华德的地位较高，容易获得部下的服从。德雷克后来被任命为海军中将，在技术方面做霍华德的顾问。关于霍华德，托马斯·富勒(Thomas Fuller)曾这样评价：“诚然，他并非一个内行的海员，但是他却知人善任，而且从善如流。”
自卡地兹和里斯本回来之后，德雷克就一直要求再作他那种冒险的突袭--在出发港口内攻击西班牙舰队。假使当时他真获得了准许，去再作一次这样的攻击，那么西班牙舰队可能将永远都不能出海了。最后，在霍华德已受命为统帅的第三天，他才奉命率领三十艘船只向西班牙海岸进袭。然后接着，女王又害怕触怒西班牙人，收回了这个命令，并将舰队的员额减少了一半。这种犹豫不决的态度，使得霍金斯在1588年2月15日，曾经上书华尔新汉，表示严重的抗议。
他说：“我们必须有所选择，是接受一个不光荣和不可靠的和平?还是决心一战，以求得一个安静的和平?照我看，最可靠和最有利的途径，就是决心一战，这也是全国人民的公意。”
霍金斯的意见，正与德雷克一样，认为攻击即为最可靠的防御。但当他这封信发出后不久，英国女王又获得了克鲁兹侯爵逝世的消息。于是她相信西班牙舰队现在又出发不成了，而且她也认为帕尔马公爵正处在困难之中(注：大约一个月后，帕尔马曾报告腓力说，他的三万人中，只剩下一万七千人的有效兵力了)，所以她就陷入了后者所布置的和平陷阱，并派遣和谈代表团前往日德兰。关于这一点，霍华德在3月10日，也向华尔新汉提出警告，说请女王小心，不要陷入敌人的圈套。此时，也不断地有情报传来，说西班牙的舰队马上就要出海了。
假使伊丽莎白在天性上不是那样倾向于外交，则她应该能认清帕尔马的建议其实是一个诡计，战争是绝对不可避免的，因为腓力相信他自己是在替天行道。他认为这是十字军的行动，其目的是要把英格兰再收入天主教的怀抱。每一天，五万个教堂中都在做弥撒，腓力的海军船只，都是以宗教圣哲命名的；他们的乘员禁止发誓、争吵、赌博和与不正当妇女交游。船上都挂着帝国的旗帜，上面绣有基督和圣母的神像。
腓力对梅迪纳下达了下述命令：“当你接到我的命令之后，就应率领全部舰队出海，直向英吉利海峡进发，一直驶到马格特点(Margate)为止。然后再与帕尔马公爵取得联络，并保护他渡海。”他又警告他应该避免与英国舰队接触，并且说假使德雷克在海峡中出现，那么除了后卫行动以外，应该对他不予理会。他也给梅迪纳一个密封命令，那是留交给帕尔马的，告诉他假使这个远征失败了，他应该采取何种行动。
腓力交给梅迪纳指挥的舰队一共有船只130艘：20艘四桅大帆船，44艘武装商船，23艘圆形船，22艘差船，13艘轻快帆船(Pinnaces)，4艘中型帆船和4艘长船(注：其中实际可用的战船数字在六七十艘之间)。这些船只的总吨位为57，868吨，火炮总计为2431门，驾驶的海员为8050人，所载陆军为18，973人。加上划船的奴隶和其他人员，共计60，493人。
全部舰队分为十个支队，其番号如次：
(一)葡萄牙支队，由梅迪纳·西多尼亚公爵指挥，10艘四桅船和2艘轻快船。
(二)卡斯提尔支队，由瓦尔德兹(Diego Fbores de Valdez)指挥，10艘四桅船，4艘武装商船和2艘轻快船(注：伐尔德兹本人与梅迪纳在一起，同乘他的旗舰“圣马丁”(San Martin)号)。
)安达鲁西亚(Andalusia)支队，由皮德罗(Pedrode Valdez)指挥，10艘武装商船，和1艘轻快船。
(四)比斯开支队，由李卡尔德(Juan Martinez de Recalde)指挥，10艘武装商船和4艘轻快船。
(五)古普兹可(Guipuzcoa)支队，由阿昆多(Miguel de Dquendo)指挥，10艘武装商船，2艘轻快船。
(六)意大利支队，由布尔吞多拉(Martin de Berteudora)指挥，10艘武船商船，2艘轻快船。
(七)圆船(Urcas)支队，由余安哥米兹(Juan Gomez de Medina)指挥，共23艘。
(八)差船(Pataches)支队，由安托尼阿(Antonio Hurtado de Mendoza)指挥，共22艘。
(九)中型帆船(Galleasses)支队，由雨果(Hugo de Moncada)指挥，共4艘。
(十)长船支队，由迭戈(Diego de Medrado)指挥，共4艘(这个支队根本没有出发)。
当西班牙人正在作种种准备时，伊丽莎白却仍在与帕尔马谈判，而德雷克则被拘禁在普利茅斯，不准出海。3月30日，因为感到不能再久候了，他写了一封措词极为强烈的信给女王的战争会议，据科贝特(Corbett)说，这是纳尔逊所建立的新英国海军思想的起源。
他这样写道：“假使陛下与诸位大人都相信西班牙国王确实是想要侵入英格兰的，那么毫无疑问，他在西班牙必定正在作巨大的准备，而帕尔马的侵入也必须是以这个舰队的行动为基础。假若有方法阻止其舰队的行动，则他们即无法以征服者的姿态由海上来临，而帕尔马也就被阻止在原地了。除了上帝的保佑之外，时间和地点的争取实为我们致胜的秘诀。假使我们能有五十艘船，开往敌人自己的海岸边作战，则比更多的船，在我们自己海岸边要大为有利。而我们出发得愈早，成功的机会也就愈大。”
4月13日，他又直接上书女王说：“在一切军事行动中，有利时间和地点的获得即等于胜利的一半，反之，若是丧失了，则不可能重获。”4月28日，他又上书说：“请恕我的直率陈词，因为我的良知逼我必须指出危机的严重性。假使和平终不可能，则在西班牙的巨大军事准备必须迅速地加以阻止。将你的兵力送往远方去对抗他们，对于陛下和臣民而言，都是比较而言最廉价和有利的。”
结果，霍华德奉命将他的舰队主力开往普利茅斯。除了派遣了一个支队，交给西莫尔勋爵(Lord Henry Seymour)指挥，以监视英吉利海峡外，他本人则于5月21日，从英国北海方面出发，两天之后与德雷克会合在一起。于是他就任最高统帅，而任命德雷克为他的副帅，并自任战争会议主席(注：在德雷克以下，英国的将领为托马斯·霍华德勋爵，希费德勋爵(Lord Sheffield)，威廉爵士，约翰·霍金斯，马丁·弗罗比舍(Martin Frobioher)和汤姆斯·费勒尔(Thomas Fenner))。此后，霍华德致书伯利(Burghley)说：“我准备在此停留两天，好为舰队加水，此后，若是能获天佑，即将乘着第一次顺风的便利，驶往西班牙海岸。我的意图是停在英格兰与该国海岸之间，以监视西班牙兵力的到来。”
结果，霍华德奉命将他的舰队主力开往普利茅斯。除了派遣了一个支队，交给西莫尔勋爵(Lord Henry Seymour)指挥，以监视英吉利海峡外，他本人则于5月21日，从英国北海方面出发，两天之后与德雷克会合在一起。于是他就任最高统帅，而任命德雷克为他的副帅，并自任战争会议主席(注：在德雷克以下，英国的将领为托马斯·霍华德勋爵，希费德勋爵(Lord Sheffield)，威廉爵士，约翰·霍金斯，马丁·弗罗比舍(Martin Frobioher)和汤姆斯·费勒尔(Thomas Fenner))。此后，霍华德致书伯利(Burghley)说：“我准备在此停留两天，好为舰队加水，此后，若是能获天佑，即将乘着第一次顺风的便利，驶往西班牙海岸。我的意图是停在英格兰与该国海岸之间，以监视西班牙兵力的到来。”
此时，不断有谣言和情报从西班牙和公海上传来。4月间有一个谣言传来，说西班牙舰队将要进犯苏格兰。5月15日，又谣传在里斯本已经集结好了三百艘船只，并且说他们都正在严加戒备，以防德雷克的袭击。5月28日，又获得了西班牙舰队已准备就绪，即将出发的情报。于是，霍华德于5月30日，领舰队出海，德雷克所一向主张的英勇计划似乎可以实现了。可是到了6月6日，由于受到逆风的压迫，英国舰队又退回了海峡。几天之后，他接到了华尔新汉传来的命令，又可以证明英国政府还在懦怯不前。女王又命令霍华德不要前往西班牙，而只是留在西班牙与英国之间的地区，作无目的的巡弋。6月15日，霍华德回报华尔新汉说：
关于我们应往西班牙海岸的观念，我相信这是我国所有最具经验的人，经过深刻讨论后所作的判断。假使女王陛下认为可以与西班牙国王拖延时间，那实在是受了欺骗，大错而特错，可能会造成极大的灾难。因为这种对和平条约的不正当利用，即足以明白地证明西班牙国王是想等到一切都准备就绪之后，才开始行动。海洋是宽广的，然而我们若能留在他们的海岸边，那他们就不页龊A耍 蛭 蝗坏幕拔颐蔷涂梢源蚧魉 堑谋趁妗!?
对于伊丽莎白和她的政府而言，比这种错误的战略还要糟的，是他们的行政。我们一再发现霍华德对于补给的缺乏表示抱怨，一部分是由于逆风所致，一部分是由于这个时代的效率不高，不过主要却是因为伊丽莎白和她的大臣们都是鄙吝成性的。早在5月28日，霍华德即曾致书伯利说：“我的好勋爵，在这里所有的船长、军人和海员，照我看，其英勇的程度实为英国所仅见。可是当他们志愿要为女王陛下捐躯赴难的时候，却居然没有肉吃，那才未免可怜”。此后，在6月15日，他又曾向华尔新汉提出同样的控诉。在此之后，霍华德和德雷克两人所写的一切文件，都可以大致分为两大类：一是“让我们攻击”，二是“看上天的分上，给我们送粮食来”。6月15日，霍华德向华尔新汉所上的报告中，曾经有下述的内容：
“法兰西斯·德雷克爵士，霍金斯先生，弗罗比舍先生，以及其他具有最伟大判断力的人们的意见--这也是我个人表示同意的--都一致认为对付西班牙舰队最可靠的方法，就是在他们的海岸边，或在他们的港口中，将他们击败。我们的补给仍未达到，若是这种天气还继续不变，那我真不知道它们哪一天才会到达。”
最后，6月17日，英国政府对于第一点算是表示让步了，并授权霍华德可以照他认为“最适当的”办法去做。6月23日，补给品也已经送达了，于是霍华德报告女王说，他马上就要出发。他补充说：“看耶稣基督的分上，陛下，你应该彻底醒觉，注意到包围在你周围的叛国阴谋，像一个伟大的国王一样，发挥你的力量来保护自己。假使你真能如此，则没有什么可惧怕的理由。反之，你若不能如此，则必将遭到危险。”
船只补充了给养之后--可能是在6月24日--霍华德、德雷克和霍金斯就立即率领舰队出海。霍华德把舰队的主力控制在海峡的中流，德雷克率领一个支队，共二十艘船只，向乌尚特(Ushant)进发，霍金斯则率领另一支同样大小的支队，向西里(Scilly)前进。不久以后，风向又转向西南，于是舰队必须返回普利茅斯。在那里，霍华德于7月16日向华尔新汉报告说：“此时我们在西班牙海岸上，留有四艘轻快船，但是你应注意为什么我们的补给会如此短少。”由此可知，他的撤回并非完全是受了风力的影响。最后在7月17日，他又上书给这位大臣说：“我从未见过军心有比今天更旺盛的，但我还是寸步难移，因为我缺乏金钱。”
这就是当时英吉利舰队的情形，并且注定了四天之后，他们就将与西班牙的无敌舰队会面了。它的组织如下：(一)皇家海军，共有船只34艘，以“皇家方舟”(The Ark Royal)号为旗舰(重八百吨)。(二)伦敦支队，共有船只30艘。(三)德雷克的支队，共有船只34艘。(四)汤姆斯·霍华德勋爵的支队，共有船只38艘，全为商船与近海船只。(五)15艘补给运输船，和23艘志愿船，以及在北海边上的西莫尔勋爵的支队，共有船只23艘。(注：这些船只多数都未参加战斗。在会战中，双方所依赖的都是全部实力中的一部分。英国方面为女王的船只及少数其他船只，西班牙方面则为他们的四桅船、武装商船和中型炮船。)
5月20日，当英国舰队尚集中在普利茅斯时，西班牙舰队出海了。但大西洋上的风涛是那样的险恶，6月9日，梅迪纳率部进入柯鲁拉(Coruna)避难。在那里，使他感到惊慌的是，许多补给品都腐烂了，并且有大量的饮水都已经从新制的木桶中漏光。他也发现有许多船需要修补，有许多人都已害病，在召开了一次战争会议之后，他送了一个建议给西班牙国王，主张暂停这次远征，到明年再图大举。腓力拒绝考虑这个建议，于是在采购了一些新的补给之后，尽管天气恶劣，西班牙舰队还是在7月12日再度开航了。7月19日，可以望见李查德(The Lizard)，在那里梅迪纳暂息了几个钟点，以等待其全部船只赶到。第二天，他向东航行，在午夜前不久，从一个捕获的英国渔船上，获得了英国舰队在那天下午已经出海的消息。这其实是不确切的。
当西班牙舰队在可以望见李查德的时候，弗莱明(Capt. Thomas Fleming)船长--他是留在海峡中监视敌军的四艘快船中之一的指挥者--就报告说他们来了。这是一个完全的奇袭，霍华德和德雷克发现他们现在的处境，正与他们意图中所希望的敌人处境完全相同--即在他们自己的海岸上或港口中攻击敌方的舰队，并把他们击败。虽然如此，在这个星期六，7月20日，霍华德还是马上率领其舰队中的五十四艘船只，毅然地驶出了海峡。还没有走到艾地斯东(Eddystone)，即发现西班牙军，可以明显的看到其全部的舰队，舰队向西排开，直到孚威为止。霍华德于是下令收帆，只留着光桅杆。
因为在伊丽莎白一朝，从来不颁发关于战争的训令，所以不可能说出霍华德所采取的是何种战斗序列。很可能根本就无序列之可言，仅仅只是“跟随我的带领”(Follow my Leader)而已，因为在当时，他的舰队甚至于尚未组成支队。此外，虽然有人形容西班牙舰队的阵容像是一个新月形，但也无记录足以作为确证。我们所能确切知道的，是它还依照惯例，分为主力(Main Battlr)、前卫(右翼)、和后卫(左翼)。科贝特认为根据假想的战略情况，这三个集团的船只，可能是组成两个区分(Division)--或半独立的舰队。主力部分，由梅迪纳指挥，在前面迎击被假定留在达尔特茅斯(Dartmouth)的霍华德，而前后卫则都留在后面，以对抗据说留在普利茅斯的德雷克。这里的附图即表示他所假想的阵容，若从后方看去，似乎也颇像一个新月形。
因为德雷克在海峡中并未露面，所以梅迪纳认为他一定还在普利茅斯港中熟睡。击毁他的机会实在太明显了，所以西班牙舰队的总船长(Captain General)，李弗亚(Don Alonzo de Leyva)，和其他的人员都力劝梅迪纳，应乘德雷克尚未驶出海峡之前，即先将其击毁。这也是常识，因为要施展他们的侧舷战术，英国人必须有宽广的海面供调动之用，而西班牙人则依赖攀登的战术，所以希望在狭窄的水面上作战。假使李弗亚的建议能够立即被采纳，那么英国的舰队也会像李班多之战中的土耳其舰队一样，遭到一次惨重的失败。但是西班牙国王的命令却是一个拦路鬼，所以梅迪纳拒绝听从他的建议。
说起来，似乎是够奇怪的，在7月20日这一整天之内，西班牙人都不曾看见英国的舰队。一直到第二天凌晨1点钟的时候，他们从几个俘虏的口中，才知道德雷克和霍华德都已驶出普利茅斯。梅迪纳立即投锚，命令他的各支队指挥官摆成战斗序列。
当他们正在采取这种行动时，月亮升起来了，把他们的位置显示了出来，使英国人看得清清楚楚。接着，西班牙人注意到有八艘英国船所组成的一个小队从普利茅斯港口出来，迎着风向海岸与西班牙舰队左舷之间疾驶。他们错误地认为这就是英国主力舰队的前卫，哪知道霍华德和他的五十多艘船，却顺着风向艾地斯东的西方行驶，距离西班牙舰队只有两个“里格”。在拂晓时，梅迪纳不禁大吃一惊，他发现了大批的敌方舰队，正准备来攻，而且正使他居于逆风的地位。他认清现在已经无法避免战斗了，于是升上王室的旗帜，这也是全面备战的讯号。
英军占着“天时之利”(Weather Guage)，使自己顺风而敌人逆风，可以获得主动和机动，而且炮烟也顺着风吹向敌方，足以蒙蔽敌人的视线。他们排成一条单长线--西班牙人称之为“Fnala”。依照科贝特的记载，他们首先经过西班牙的前卫，即为后方区分的右翼和下风方面，一面行驶一面从远距离发炮射击。然后打击在后卫的部分，这只有在采取密接纵队时，才能达到这个目的。这个效果马上就显示出来了，西班牙后卫中有一部分船长立即出现了可耻的恐慌现象。为了阻止部队的溃逃，李卡尔德立即乘“Gran Grin”号赶上，于是又立即受到了德雷克、霍金斯、弗罗比舍的包围，他们把猛烈的火力向该船注射，其程度的强烈是海上战争前所未有的。接着皮德罗的坐船也参加了战斗，不久梅迪纳也在他的旗舰“圣马丁”号中加入了战斗。可是直到李卡尔德的船只已经完全丧失了作战能力，梅迪纳才能够集中起足够的兵力来救援他。于是霍华德摆脱了这次战斗，不久之后，西班牙舰队军需处长和金库所在的“圣萨尔瓦多”(San Salvador)号被击中起火，退出了战线。霍华德用信号通知他的部队，赶紧趋向这艘正在燃烧的船只，结果又引起了一场新的战斗，此后他又下令撤退了。