杨广穷奢极欲，恣意享乐，使得人心涣散，朝政江河日下，义兵此起彼伏。禁卫军司马德戡暗中策动，联络近侍斐虔通等，共推宇文化及为首，准备杀死帝后，一举西返长安。一位宫女得讯以后，慌忙禀告萧后。萧后想了想，让宫女直接报告给杨广。杨广听完奏报，竟说宫女造谣惑众，吩咐将她斩首。自此以后，再也没人前去奏报。

　　大业十四年(公元618年)三月，宇文化及发动兵变。炀帝杨广被缢死，幼子赵王杲被杀。萧皇后等乱兵走后，见皇帝、皇子死得如此惨状，不禁失声痛哭。然后，她吩咐宫人，将床板拆下做成两口棺材，将杨广父子收殓，埋入西苑花园。

　　杨广被弑，萧皇后被挟持，消息不胫而走。下嫁突厥和亲的义成公主发誓要替杨广、萧后报仇，便要求始毕可汗派使面见占据河北的窦建德，要他杀死宇文化及。窦建德杀尽宇文氏全家，将宇文化及首级呈送突厥，义成公主为杨广发丧致哀，又派使迎萧皇后北上。史载说：突厥处罗可汗派遣使臣在洛州迎接皇后，窦建德不敢阻留，萧皇后便北去突厥。大唐贞观四年，唐破灭突厥，以礼迎接萧皇后，萧皇后回到京师，生活在宫中。