但急于求成的建文帝给耿炳文的命令却是“火速堪乱”。接着同年九月，耿炳文率军在河北真定与朱棣激战，朱棣先以夜袭的方式，相继歼灭耿炳文属下的潘雄，杨忠部，出战遇挫的耿炳文收缩兵力，死守真定，数次击退朱棣的进攻，终将局面拖入对“中央军”有利的相持战轨道。岂料后院起火，建文帝闻败报后大怒，申斥耿炳文“一战而摧锋”，于同年十一月派已故曹国公李文忠之子李景隆接替耿炳文，率五十万大军北征朱棣。这个本可建立平叛奇功的老将，就这样告别了靖难之役的舞台，两年后，坐稳江山的朱棣，以“擅用宫廷物品违制罪”，将之赐死。

　　靖难之役中，建文帝的又一次获胜机会，又这样轻易的放弃。放弃的表面原因，是“帝师”黄子澄对李景隆的倾力推荐。君臣短视，急功近利，又怎能不败。

　　建文帝很快为自己的短视付出了代价，建文元年11月，李景隆率五十万大军攻北平不克，被朱棣击溃，继而又在建文二年五月，在白沟河与朱棣决战，以众击寡下，竟然在战局相持阶段临阵崩盘，导致五十万大军全军覆没。用人不当的结果，很快就以战场上的崩溃来“埋单”。北方战场，几乎败至不可收拾。

　　好在危难时刻见英雄，先是山东布政使铁弦死守济南府达三月，硬是顶住了朱棣的攻势，保住了山东不失，同年十月，新任大将军盛庸率部在山东东昌与朱棣鏖战，凭火器弓弩大破朱棣骑兵，歼敌一万多人，兴奋得建文帝忙向太庙告祭。次年二月，建文帝转守为攻，派盛庸率三十万大军北征朱棣，双方在夹河鏖战，尽管盛庸败阵，却也杀掠朱棣部燕军甚重，尤其搞笑的是，两战之中，朱棣数次陷入盛庸火枪队的重围，却皆因建文帝“勿让朕有杀叔之名”的训诫，令朱棣平安突围而去，否则这场惨烈的鏖战，或许早已划上句号。

　　此时历史再次给了建文帝机会，战争已经进行了近三年，双方在山东，河北一线相持，互有胜负，谁也进退不得。但是在补给，资源，人心等各方面远占优势的建文帝一方，在这种消耗战里的位置显然是有利的。拖得越久，朱棣就越入死地，久战不克下，朱棣也曾心灰意冷，对谋士姚广孝戏言说：“早知今日，不如归家做一平头百姓”。急得姚广孝愤然大呼：“殿下，若败我等恐连做百姓也不可得”。怒吼之下，方激起心灰意冷的朱棣的死战之心。

　　绝境之下，朱棣铤而走险，建文四年(1402年)一月，朱棣率轻骑绕开明军山东防区，大迂回直捣南京，兵临长江沿岸宿州，明将平安火速回援，在宿州淝河与朱棣相持，双方互有杀伤，而明将盛庸则抄后路，断绝朱棣后援补给，明将徐辉祖(徐达之子)等人也率兵增援，将朱棣陷入合围。前后夹击下，朱棣屋漏偏遇连夜雨，军中瘟疫流行，死伤大半，诸多将领也纷纷苦劝撤兵。又是方孝孺力阻，但这位筹谋叛乱多年的王爷，此时腹背受敌，终陷入走投无路的绝境，“瓮中捉鳖”，结束靖难之役，宛然就在眼前。

　　然而历史却在此时再次露出了他的黑色幽默，得知明军连捷后，“大儒”方孝孺担心“京城兵力单薄”，劝说建文帝回兵守卫京城，建文帝再次做出了错误的选择。一纸调令，淝河一线“中央军”尽撤，只留平安一支人马与朱棣周旋，而此时，背水一搏的朱棣发动了最后一次决死的攻击，结果平安部大溃，平安本人被俘，而撤退的“中央军”，也被朱棣发动“骑兵的机动性”，于沿途尽数消灭。一纸调令，终亲手毁掉了建文帝最后的“嫡系部队”。然而就是朱棣节节胜利，连下蚌埠，泗州，扬州，兵临京城下，建文帝慌忙令群臣出外“募兵”。并向“恩师”方孝孺继续问计，这位帮了无数次倒忙的“大儒”吭哧半天，终蹦出一句：“长江自古天险，京城坚固，可挡百万兵”。