在历史上关于他们两个人的恩怨有很多的说法，最多的就是在甲午中日战争爆发之前，他俩的对待战争的区别是：翁同龢表示主张预筹战备，来预防不测；但是李鸿章则认为有万国公法的制约，日本不敢轻易挑起战端；战争初始，翁同龢倾向于主要战斗力，而李鸿章则希望通过调停的方式来平复战乱；在黄海大战后，李鸿章仍旧相信俄国能够保护朝鲜，翁同龢却持有怀疑的态度，认为而过恐怕不会那么好心。由此可以看出，他们两的政治意见不同

后来在甲午中日战争结束后，有诸多的大臣上走弹劾李鸿章，翁同龢却站出来帮他说话；后又有官员准备罢免了李鸿章的官职，翁同龢同样站出来替他说好话，认为李鸿章在战争上的战术是别人不能代替的。由此可见，他们的关系并非传言上的水火不容，只是部分意见不同罢了。