明洪武三十一年即1398年，明太祖朱元璋驾崩。临终前他立下遗诏，把皇位传给皇太孙朱允纹，史称为“建文帝”。第二年，建文帝的四叔燕王朱棣以“清君侧”为由在北平起兵，号称“靖难”。经过三年苦战，朱棣终于攻破南京。正当曹国公李景隆等人打开金川门、迎接朱棣进城的时候，后宫忽然起了一场大火，建文帝就在这大火中下落不明，其去向至今仍然是一桩疑案。

　　被载入正史的是最先传出来的“阖宫自焚说”。

　　《太宗实录》记载说，朱棣攻破南京城，率领众人抵达金川门。“诸王文武群臣父老人等皆欲出迎，左右悉散，惟内侍数人而已”。看着身边几个内侍，他不禁叹息说：“我还有什么脸面见他?”遂“阖宫自焚”。

　　朱棣进宫后，到处寻找建文帝，最后在一片灰烬中找到一具面目全非的尸体，有人说这就是建文帝。于是朱棣令以皇帝的礼仪将其埋葬。夺取皇位这一年，朱棣在给朝鲜国王的诏书中说：“高皇帝弃群臣，建文嗣位，权归奸慝，变乱宪章，戕害骨肉，祸几及朕。于是钦承祖训，不得已而起兵，以清敦恶。不期建文为汉奸逼胁，阖宫自焚。”假惺惺地表明，自己不过是想要“清君侧”而已，自己没有想到会导致建文帝的自焚。

　　首先创“焚死”说的是清代的王鸿绪，他在其所著的《明史稿.史例议》中花了大量篇幅专门沦述建文帝必定焚死。此外，清代的学者钱大昕在作《万斯同传》的时候，也采用了这个说法。至于永乐年间的《实录》和清代修编的《明史》，也都是重复这个说法。建文帝自焚而死一说大有盖棺定论之意。

　　但是，大多数人认为焚死说不可信，他们认为建文帝并没有丧生火海中。这些人从“正史”的字里行间，找到了另外一些蛛丝马迹。其中最能引起人们怀疑的即是《明史》。

　　《明史.恭闵帝本纪》中关于建文帝死亡的记载如下：“都城陷，宫中起火，帝不知所终，燕王遣中使出帝后尸于火中，壬申葬之。”人们以此为发端，提出疑问：既然是“不知所终”，怎么能辨认出那个被烧得面目全非的尸体就是建文帝?而既已发现了帝尸，为何又说是“不知所终”?这种自相矛盾的记载难道不值得人怀疑吗?

　　更有人认为这段话根本就是含混的诡语，因为“帝后尸于火中”似乎可以理解成仅仅得到了皇后的尸体。而乾隆年间补纂《明史本纪》称：“棣遣中使出后尸于火，诡言帝尸。”则更为明确地道出当时根本就没有找到建文帝的尸体，不过“诡言”而已。

　　于是，另外一种说法就出现了，说在朱棣攻破南京那天，建文帝正欲拔刀自刎，被身边人救下，然后由程济等贴身亲信22人带领，从地道或御沟中逃跑了。逃走后的建文帝又匿向何方?有人说他由宫中的主录僧溥洽为他削发，扮演成和尚，藏匿于某处寺院了。当然，也有南逃至海外的种种传闻。

　　众多说法中流传较为广泛的是出家为僧说。有记载说，建文帝在南京城被攻破后出亡为和尚，晚年还曾经返回京师，去世后埋葬于北京西山。在《明史·程济传》中写道：“金川门启，济亡去。或日帝亦为僧出亡，济从之，莫知所终。”在《明朝小史》中的记述则更为生动：“高皇大渐时，封钥一小匣，甚固，密授帝，戒以遇危难始启。及靖难兵入城，启之，乃杨应能度牒也。遂削发披缁，自御沟中逃出。”