当年徐致靖被捕入刑部大狱后,自以 为必死无疑,没想到由于李鸿章的救助被改判“绞监候”而活了下来。负责监管要犯的刑部司官乔树楠恰是徐致靖的年侄,因此在狱中得到照看。徐精中医,在狱 中为犯人治病,救活了不少人。
时光转眼间到了1900年,庚子事变爆发,徐致靖在狱中并不知外面已乱成一锅粥。这一天,内务府大臣立三忽然被抓进监狱,入狱后昏厥过去,乔树楠急忙请徐致靖给他医治,服药后病情很快好转。徐致靖问他:“你是太后的红人,怎么也到狱里来了?”立三忙说:“您老是有学问的人,我是浑小子。”原来慈禧太后下令让董福祥军队向东交民巷外国使馆开炮,立三觉得是胡闹,当着太后面和端王争执起来,并且直言义和拳宣称刀枪不入是骗局,端王则迎合慈禧,破口大骂他是“汉奸”。谁知此事仅隔一天,慈禧就下令把他抓进大狱了。隔了数日,乔树楠告知今天将要处决一名要犯。徐致靖以为轮到自己了,穿戴好衣帽,做好就刑准备,谁知拉出去的却是立三,被送往菜市口斩首。徐致靖懊悔地对乔树楠说:“早知如此,我不该把他的病治好,也免受一刀之苦。”当时枭首菜市口的还有吏部左侍郎许景澄、太常寺卿袁昶、内阁侍读学士联元等大臣,他们皆因抗疏谏阻纵信义和拳,反对盲目向十一国开战,被慈禧下令斩首正法,可见慈禧昏庸残暴到何等地步。
八国联军攻占北京,慈禧慌忙逃往西安,洋兵在城里烧杀抢掠,无恶不作,全城陷入无政府状态,监狱也被打开,犯人全部放走。徐致靖还是坚持不肯出狱。乔树楠来告知:“从明天起我就不来了,而且狱里的伙食明天也停了,我已通知你家人来接你出狱。”这样,徐致靖才从刑部狱中出来。1917年6月,安徽督军张勋率领辫子军(定武军)五千人进北京,解散国会,逼走总统黎元洪,与康有为合谋,于7月1日拥戴废帝宣统复辟。这一闹剧只进行了十二天就彻底垮台。
先前,康有为曾来看望徐仅叟,谈起有人主张清皇室复辟,徐仅叟当即批评说:“你是在说梦话!”这年六月,他听说康有为到了北京,参加复辟闹剧,而且将担任弼德院副院长,极其气愤,专门写了一封长信,规劝康有为离开北京,不要参加复辟活动。然而,信送到时康已任职,徐仅叟愤慨不已,昔日患难与共的老友竟然如此不明事理,违背历史潮流,实在有损戊戌维新派的声誉,他深感痛惜。为此事徐仅叟一腔怒气无法排解, 竟一病不起,第二年春天与世长逝。开吊那天,康有为竟也寄来挽联,词意十分沉痛。