在与锦衣卫的关系上，东厂则是后来居上。由于东厂厂主与皇帝的关系密切，又身处皇宫大内，更容易得到皇帝的信任。东厂和锦衣卫的关系，逐渐由平级变成了上下级关系，在宦官权倾朝野的年代，锦衣卫指挥使见了东厂厂主甚至要下跪叩头。

　　三、西厂：明宪宗朱见深建立与东厂相对的特务机构

　　与东厂相对的是西厂，西厂在历史上只短期存在过，明宪宗成化年间，先是京城内出现了“妖狐夜出”的神秘案件，接着又有一个妖道李子龙用旁门左道蛊惑人心，甚至网罗了很多太监，意图不轨。

　　虽然李子龙和他的党徒最终被锦衣卫一网打尽，但明宪宗朱见深由此深感侦刺力量的不足。于是他身边的小太监汪直被选中，派往宫外打探消息。汪直抓住了这个机会，到处捕风捉影，搜罗了不少所谓的“秘密消息”报告给了宪宗。宪宗认为这些消息很有价值，对汪直的表现也十分满意，要他继续做下去。

　　几个月后，明宪宗成立了一个新的内廷机构“西厂”，首领便是汪直。西厂的军官主要从禁卫军中选拔，这些人再自行选置部下，短短几个月内，西厂人员极度扩充，其势力甚至超过了老前辈东厂。西厂的成立，本来只是为了替皇帝刺探消息，但汪直为了升官发财，拼命地构置大案、要案，其办案数量之多、速度之快、牵扯人员之众都远远超过了东厂和锦衣卫。西厂在全国布下侦缉网，主要打击对象是京内外官员，一旦怀疑某人，就立刻加以逮捕，事先不必经由皇帝同意，之后当然就是严刑逼供，争取把案件弄得越大越好。对一般百姓，其一言一行只要稍有不甚，就会被西厂以妖言罪从重处置。

　　在这种情况下，西厂仅仅成立5个月，就弄得朝野上下人心惶惶，以大学士商辂为首的辅臣集体上书，向宪宗痛陈西厂之危害，并将汪直办下的不法之事一一举报。宪宗收到奏章后为之震惊，于是撤销西厂，遣散了西厂的人员。但没有西厂的日子总让宪宗觉得没有安全感，奸臣戴缙在得知皇帝的心思后，主动上书，大肆吹捧汪直。宪宗大喜，立刻恢复西厂，废与举之间，只相隔一个月。汪直复出后，更加严酷地办案，戴缙也得以升职。

　　在此后的5年里，汪直领导西厂又办下了无数“大案”，将反对自己的朝臣如商辂、项忠等一一剪除，他的权势也达到了极点。后来，汪直极度膨胀的权力引起皇帝的警觉，汪直最终被调出京城，西厂也随之解散。

　　四、内行厂：明武宗正德年间太监势力秘密建立的特务机构

　　明武宗朱厚照继位后，大太监刘瑾掌权，太监势力再度崛起，西厂复开，由太监谷大用领导。这时西厂和东厂都受刘瑾的指挥，但两者之间不是互相合作，而是争权夺利，互相拆台。

　　为了改变这种情况，刘瑾又秘密自建了一个内行厂，由本人直接统领，其职能与东西厂一样，但侦缉范围更大，甚至包括东西厂和锦衣卫。一时间，锦衣卫、东西厂、内行厂四大特务机构并存，缇骑四处，天下骚动。直到刘瑾倒台，武宗才下令撤销西厂和内行厂。

　　总的来说，厂是由司礼监太监统领的宦官机构，卫是由指挥使统领的军事机构。而厂中的属官，如贴刑、缉事、隶役，则是从锦衣卫的官兵中调拨过去的。可见厂卫之间有着千丝万缕的联系，二者被视为明朝皇权的重要支柱，备受皇帝重视。

　　厂卫特务制度是皇帝个人为了维护自己的统治实行的个人政治措施，它最大的功效就是朝廷各级官员无法知道自己是否正在被特务监视，从而产生一种自己随时处在监视之中的感觉。任何一点不够“老实”的动作，都可能造成无法预估的可怕后果，从而不敢有任何轻举妄动。但是，各个特务机构权力倾轧，残害忠良，最终倒霉的，还是整个大明王朝。