天启五年，魏忠贤再次将与杨涟关系密切的内阁中书汪文言抓到大牢中严刑拷打。他想逼迫汪文言承认杨涟、左光斗等人意图谋反，从而达到自己斩草除根的目的。许显纯在魏忠贤的指使下对汪文言动用了最残酷的刑法进行逼供(械、镣、棍、拶、夹杠)。汪文言被打得皮开肉绽，但他宁死也不肯诬告杨涟、左光斗。在没有办法的情况下，许显纯便写了一份假口供，在汪文言昏死过去时，拿着他的手画押，然后将他杀害。之后魏忠贤指使同党纷纷上告杨涟等人打算谋反。杨涟、左光斗、周朝瑞、魏大中、顾大章、袁化中等六人因此接连遭到逮捕，并根据许显纯捏造的假口供给六人定下罪名，押送到北镇抚司实行丧心病狂的人身摧残。魏忠贤勒令六人每天跪在台阶前，在对其施以各种酷刑的同时，还将他们的衣服全部撕碎，让他们在外面裸露着身体，承受着人格上的污辱。杨涟、左光斗等人被折磨得不成人形，身上血肉模糊，受刑的伤口化脓，许多地方都露出了骨头，其状惨不忍睹。天启五年(1625年)七月二十六日，在魏忠贤等爪牙的折磨下，杨涟被重物压身，两耳贯入铁钉杀害，血肉模糊的尸体上爬满了蝇蛆。他死后被血衣包裹，草草掩埋了。左光斗更为凄惨，死前经受了炮烙之刑，面部被烫得焦烂，膝下的肌肉都已脱落，露出了里面的筋骨，惨不忍睹。杨涟、左光斗二人被害死后。魏忠贤认为如果所有人都死在狱中，影响力太小，于是便公告天下，准备将顾大章交给锦衣卫处治。顾大章不甘心再次入狱受辱，便服药自尽。由于药力不足，没能死去，他便上吊自杀。其他几人也遭到了酷刑拷讯，先后丧命。

　　此后魏忠贤更加嚣张跋扈，也加快了排除异己的速度。

　　天启五年十二月，魏忠贤以朝廷的名义，按照拟好的名单将反对自己的正直官员或削职为民，或抓捕入狱。当尚书李宗延、张向达等50多位大臣相继被罢免官职后，朝堂为之一空。对于百姓，魏忠贤也没有放过，如果发现有人议论魏忠贤，便会将其逮捕，对其施以酷刑。数不清的人因此遭到了割舌的惩罚，以致人们在街道上相遇后，都不敢开口说话，只能用点头来表示相互间的问候。

　　天启六年(1626年)，魏忠贤又兴起第二次大冤狱，将周顺昌、周宗建、周起元、缨昌期、高攀龙、黄尊素、李应升等人逮捕入狱，罪名是“受贿”、“结党”等。当时高攀龙在家中的后花园与两位学生饮酒。听到周顺昌被捕的消息，他笑着对学生说：“我向来将生死抛诸脑后，如今机会来了。”他随即嘱咐妻子儿女不要惊慌，并立即写好两张纸条交给孙子说，“明天将纸条交给前来的官兵。”随后他将人全部赶走，整好衣冠，向北叩拜后投池自杀。他的孙子打开爷爷交给的两张纸条才知道是遗书。上面写道：“我虽然削职在家，但以前是国家大臣。羞辱大臣就是羞辱国家。我不忍受辱，只有像屈原那样为国而死。”百姓听闻无不为之惋惜。

　　除了高攀龙外，其余6人在狱中受尽了非人的折磨，最后都惨死在魏忠贤的手下。周顺昌裸露着身体被重物压住头部致死;拒绝给魏忠贤写碑文的缨昌期被魏忠贤定成了“反魏”的罪名，在严刑拷打之下，十指被全部打断了;周宗建被铁钉钉入身体，然后被沸水活活烫死。其他几个人在死后，也都面目全非，无法辨认。

　　此时，魏忠贤已经羽翼丰满，权势通天，威福天下。满朝文武无不仰其鼻息，就连内阁成员草拟圣旨时，都要注明“朕与厂臣(阉党对魏忠贤的称呼)……”当年六月，浙江巡抚潘汝桢为讨得魏忠贤的欢心，确保自己能享受荣华富贵，想出了极为荒唐的主意——为魏忠贤建生祠(就是在人还活着的时候建庙)。他的奏章递上后，魏忠贤立刻用熹宗的名义下旨，同意了潘汝桢的请求，还为生祠赐名“普德”。潘汝桢见投机已经见效，便立即向百姓收取建庙的银两，使得许多老百姓为此倾家荡产。在潘汝桢的全力督造下，魏忠贤的第一座生祠在杭州西湖畔出现了。这座生祠的规模和精巧程度不亚于皇宫祠堂。魏忠贤的雕像和本人一般大小，用纯金铸成身体，用珠宝玛瑙制成了五官，穿着的衣服也极其华丽。在普德祠落成的当天，潘汝桢率领当地的文武官员向魏忠贤的雕像行跪拜大礼。再加上鞭炮齐鸣，杭州西湖被弄得乌烟瘴气。杭州的普德祠建立后，各地纷纷效仿。在苏州有“普惠祠”，松江有“德馨祠”，扬州有“沾恩祠”，淮安有“瞻德祠”，在北京有“茂勋祠”、“广仁祠”、“隆恩祠”……在全国建立的生祠数不胜数，而规模也是一个比一个宏大。建一座生祠至少要花掉数万两银子，最多者达到了上百万两，这就给老百姓带来了无尽的苦难。由于修建生祠，光开封就拆毁了上千间民房。更有甚者，有的地方拆毁了一万多间房屋，致使百姓居无定所，只好在外流浪。一些正直官员反对这种祸国殃民的做法，都没能逃过魏忠贤的毒手。像胡士容、耿如纪等人就是因为反对修祠而丢掉了性命。