当时朝廷中的许多士大夫都是东林党人，并以江南士大夫为主形成了一个政治集团。东林党人主张开放言路、实行改良，并拥有左右舆论的力量，在朝中也占据了一些重要的位置。内阁首辅叶向高、礼部尚书孙慎行、都御史邹元标和左都御史赵南星等人都是东林党人;此外，还有左副都御史高攀龙、左副都御史杨涟、佥都御史左光斗等人。

　　刚开始，魏忠贤与东林党人的关系还不紧张，并且很敬重赵南星。但赵南星却在一次交谈中郑重地告诫魏忠贤，不要对皇帝有什么歪主意，要尽心尽力侍奉皇帝。这句话令魏忠贤非常不高兴。天启三年(1623年)，魏忠贤当上了东厂提督。许多东林党人的对头纷纷投靠魏忠贤，而魏忠贤也需要结交朝中的文武大臣，两下一拍即合。他让田尔耕掌控锦衣卫;许显纯升任镇抚理刑，负责监视朝廷内外动静，发现异常，立即镇压。与此同时，魏忠贤为了扩大自己的势力，还大量网罗宫中的太监。时间不长，司礼监太监王体乾、涂文辅、石元雅、李永贞等人都成了他的党羽。此时，魏忠贤想方设法大力网罗党羽，让自己的心腹把持朝中的要害部门。然而魏忠贤和客氏的所作所为已经引起了东林党人的强烈不满。他们打算拆散魏忠贤和客氏，以削弱他们的势力。所以御史毕佐周、刘兰上疏，建议熹宗将客氏遣送出宫。但熹宗很迷恋客氏，他以皇后年纪尚幼，需要客氏照料为由拒绝了东林党人的建议。但由于大多数官员一再上疏，熹宗无奈，便将客氏送出宫，但没过多久又派人将其接了回来。这就使东林党人拆散魏忠贤和客氏的计划失败了。魏忠贤因此对东林党人怀恨在心。

　　天启四年(1624年)初，以御史李应升为首的众位大臣先后上疏，共同揭发魏忠贤犯下的种种罪行。可是熹宗却没有看到大臣们的奏章，因为所有的奏章都需先由魏忠贤过目后转呈熹宗。魏忠贤发现有弹劾自己的奏章便扣留下来，然后以熹宗的名义责备朝中大臣。天启四年三月，魏忠贤指使党羽给事中傅樾和自己的外甥傅应星向熹宗诬告汪文言。熹宗偏听偏信，将汪文言捉拿下狱，交掌镇抚司刘侨审理。最后汪文言遭到廷杖，并被革职。魏忠贤认为刘侨对汪文言的处罚太轻，一怒之下将刘侨革职，把自己的心腹之一许显纯推到了掌镇抚司的职务上。

　　天启四年六月，副都御史杨涟见魏忠贤无法无天，非常愤慨。杨涟将魏忠贤的所作所为整理成24条罪状，冒着生命危险上奏熹宗。奏章中写道：“其罪一，魏忠贤原本是市井无赖，中年净身进入宫中，在博取皇上信任后，擅权乱政，破坏祖宗的内阁票拟制度。其罪二，为了翦除异己，魏忠贤指使党羽孙杰陷害顾命大臣刘一燎、周嘉谟，导致二人离位。皇上因此落下了驱逐先朝老臣的罪名。其罪三，魏忠贤赏罚不明，颠倒是非，排斥公正无私的忠臣孙慎行、邹元标;袒护制造混乱的方从哲……上述所言句句属实，只是皇上左右的人畏惧阉贼的权势不敢上奏;外廷百官静观事态发展也无人上奏。虽然有人揭发阉贼的罪行，但客氏又在皇上面前为他开脱，致使无法无天的阉贼依然我行我素。如今阉贼依托门墙，宫中府中大事小事，无一不是忠贤专擅。宫廷之内都只知道有忠贤，不知有皇上。皇上的尊严何在?皇上年富力强，岂能受制于宦官小人?请皇上召集文武百官，将其严惩，以正国法，并将客氏遣出皇宫，以清除隐患。若能为国除此大害，臣就算一死也在所不惜……”

　　杨涟在奏章中提出的任何一条罪状都可将魏忠贤和客氏置于死地。杨涟上奏章的事情很快就在百官中传开。所有的正直大臣都很敬佩他。魏忠贤看到奏章后，认为此事非同小可，于是他利用奏章尚未交给熹宗的机会，急忙将客氏和王体乾等心腹召集到一起，商讨应对之策。一番密谋之后，众人一起去找熹宗。魏忠贤来到皇上面前哭诉道：“奴才一心为皇上办事，没想到反遭到了杨涟等人的恶意诽谤。奴才就算是死也无法报答皇上的恩情，怎能做出对皇上不利的事情呢?恳请皇上免去奴才的职务，让我可以专心侍奉皇上。”客氏趁机也在一旁说魏忠贤忠心为主，从没做过违法的事情。杨涟等人是在诬陷魏忠贤。此时的熹宗并没有阅看奏章，而是命一旁的王体乾念给他听。王体乾依照事先制定好的计划，在宣读杨涟的奏章时故意歪曲原意，并将要害处略去不念。每念完一条，魏忠贤便为自己辩护一番。在他们的迷惑下，熹宗不仅没有责怪魏忠贤，反而认为杨涟捕风捉影，下旨将杨涟训斥了一顿。