司马迁塑像
公元前110年,司马谈重病,弥留之际要求司马迁能够秉承家族的传统,发扬祖先的事业,要接着把编撰历史的计划完成。在长安任职的司马迁,在这里结识了天下的杰士,其中包括对司马迁影响颇深的董仲舒和孔安国。董仲舒对司马迁的影响,在《史记》中也都有体现。董仲舒的公羊学主张的有道伐无道的思想,是《史记》中反暴的基础,而公羊家崇尚的让、尚耻之义也成为了《史记》中衡量褒贬历史人物的主要道德标准。
公元前99年的时候,李陵自请五千步兵,涉单于庭以寡击众。但是李陵行军至浚稽山时,遭遇单于突袭,援兵久久未到,匈奴越聚越多,李陵最后弹尽粮绝投降匈奴。群臣皆声讨李陵,但是司马迁却与众人不同,说李陵是个爱国的人,他以五千之数杀敌一万多,虽然战败投降,也有可能是想找机会回报汉朝的。但是后来李陵没有归汉,于是司马迁也被定了诬罔罪,按律当斩。但是司马迁以腐刑赎身死,在此之后,司马迁背负屈辱,完成了著作《史记》。