当然还有修完《明史》后被毁弃的大量明朝史料。清修《明史》，几代学者历时近百年，可谓基本保存了明朝的史实，但却在康乾雍诸帝的旨意下，几经严格的增删、政审、篡改，在一定程度上成功地扭曲和丑化了明朝的真实形象，并在《明史》定稿成书后，焚毁了大量明代的原始史料。

　　目前中国历史第一档案馆保存的明代档案只有3620余件，它们几乎都是明末天启、崇祯两朝的，明初和中期的档案都没有。明代档案所以保存不多，或许有明清之际战乱的缘故，但主要的还是清廷修撰明史之后，对所依据的档案史料往往弃置甚至烧毁掉。如此，满清对于明朝的妖魔化处理就失去了反驳的第一手证据。乾隆之龌龊由此可见一斑。且光是以“明”字打头的被满清禁毁的明代书籍书籍就接近一百五十种，另有以“皇”字开头的许多明朝书籍也被禁毁。

　　为什么说清朝皇帝在对《明史》的修撰中，对明朝皇帝的丑化是毋庸质疑的呢?

　　首先一个就是我们印象里的明朝多昏君的认识。乾隆四十年(1775)，乾隆下令修改《明史》。过程中对明朝的皇帝和人事进行了改编和丑化，更刻意贬低了对明朝皇帝的评价。比如，原《明史本纪》中的“英宗赞”称英宗“前后在位二十四年，无甚稗政”，经改修后的“英宗赞”则这样评价英宗说：“前后在位二十四年，威福下移，刑赏僭滥，失亦多矣，或胪举盛德，以为无甚稗政，岂为笃论哉?”再如，原本评价明世宗为“中才之主”，而修改后的评价则变为：“且倚任权奸，果戮直臣，以快其志，亦独何哉!” 只要拿武英殿本《明史》和“四库”本《明史》对比校读，我们就会发现，在明朝十几位皇帝中，至少在景帝、英宗、武宗、宪宗、孝宗、世宗、穆宗等七位皇帝的本纪中，对传主的评语都有了显著的修改。经过这样的修改，明朝皇帝给后人的印象就在总体上就更突出了“明朝多昏君”的特点。尽管如此，只要对史料有充分的解读，有独立的思考，今天的我们仍然可以得出自己的判断：明朝的皇帝在总体上其实是远强于清廷的皇帝的。

　　再就是明成祖朱棣并没有残杀建文帝朱允炆的遗臣。原本《明史》中记述方孝孺等人之夷族诛死仅用了“丁丑，杀齐泰、黄子澄、方孝孺，并夷其族”十五字，而在“四库”本《明史本纪》中则改为了这样的叙述：“丁丑，召方孝孺草登基诏，孝孺投笔，且哭且骂。帝大怒，泰、子澄亦抗辩不屈。遂与孝孺同磔于市，皆夷其族”。所谓“夷族”，只是杀人多，统施斩首之刑，并不在酷刑之列。

　　很显然，无论是原本还是四库本的《明史》，都没有明成祖夷方孝儒十族的记载——我真不知道这所谓“夷十族”的记载是出自哪里了?总之，这么一改，明成祖就成了以残酷的同磔刑处死方孝孺等建文朝大臣的皇帝了，就成了一个以残暴著称的皇帝了。我不得不因此想，那明成祖的所谓残暴，包括明太祖的所谓残暴，其真实性都是值得怀疑的，在我看来，这当中至少掺入有满清为妖魔化前朝而捏造的一些事实及夸大的一些数据。

　　并且因《明史》的修撰，还引起了两起文字狱。

　　一个是文字狱之“庄廷鑨明史案”。康雍乾在文字狱方面可都是有劣迹的，尤其是乾隆，在这一点上可谓恶劣，杀人无数。跟之后的雍正、乾隆两朝相比，康熙朝的文字狱还不算非常严重，但是也杀 戮了大批文人。比如发生在康熙朝的“庄廷鑨明史案”，一干所谓的“人犯”70余人(为《明史》写序的、校对的，甚至卖书的、买书的、刻字印刷的以及当地官吏)或凌迟、或杖毙、或绞死， “主犯”庄廷鑨照大逆律剖棺戮尸。史载，在该案中被判处死刑的多达70余人，被流放的家属达到数百人，最多时收监人犯竟达两千余人。