光绪帝本无大病，诸医开方皆以平和之剂为药，然而，太监们在光绪帝死前已得到光绪帝驾崩的消息。当时在瀛台侍疾者共六名，其中两人饿死，剩下几人食不果腹，“因饿失血者又凡三人”。光绪帝死前，在床上召唤医生周某，他两眼瞪大，四次用手指口，周某知帝饿急，但实在是没有吃的，就连他本人也三天未进食了。后来，光绪帝便渐无声息了。不久，醇亲王入见，周报告说皇上已去世，醇亲王用镜子试皇上气息，确信其已死亡，于是匆匆而去。一会儿，皇后赶来探视，随后便把皇上驾崩的消息公之于世。

　　此外还有一说，启功曾谈到他的曾祖溥良的一件往事：

　　光绪帝和慈禧太后先后“驾崩”时，溥良正任礼部尚书。作为主管礼仪、祭祀之事的最高官员，慈禧太后临终前要昼夜守候在她的寝宫之外。其他在京、够级别的大臣也不例外。大臣们都惶惶不可终日，就等着屋里一哭，外边好举哀发丧。慈禧太后得的是痢疾，从病危到弥留的时间拉得比较长，守候的大臣们都有些体力不支，便纷纷坐在台阶上，哪儿哪儿都是，情景非常狼狈。就在宣布慈禧太后“驾崩”前，我曾祖父看见一太监端着一个盖碗从寝宫出来，出于职责，问这太监端的是什么，太监答道：“是老佛爷赏给万岁爷的塌喇。”“塌喇”在满语中是“酸奶”的意思。当时光绪被软禁在中南海的瀛台，之前也从没听说过他有什么急症大病，隆裕皇后也始终在慈禧这边忙活。但送后不久，就由隆裕皇后的太监小德张(张兰德)向太医院正堂宣布光绪帝驾崩了。接着这边屋里才哭了起来，表明太后已死，里外跟着哭成一片，在我曾祖父参与主持下举行哀礼。其实，谁也说不清太后到底是什么时候怎么死的，也许她真的挺到光绪帝死后，也许早就死了，只是密不发丧，只有等到宣布光绪帝死后才发丧。这已成了千古疑案，查太医院的任何档案也不会有真实的记载。但光绪帝在死之前，西太后曾亲赐他一碗“塌喇”，确是我曾祖亲见亲问过的。这显然是一碗毒药。而那位太医院正堂姓张，后来我们家人有病还常请他来看，我们管他叫张大人。

　　(二)李莲英或者袁世凯谋害了光绪帝

　　《清室外纪》、《瀛台泣血记》、《我的前半生》等书，或说是李莲英或说是袁世凯，怕慈禧太后先死，光绪帝掌权后与自己算账，而先下手为强，害死了光绪帝。曾在宫中担任女官的德龄女士，在《清宫二年记》、《瀛台泣血记》等书中，明确指明李莲英下毒害死了光绪帝。

　　然而李莲英与光绪帝的关系似乎不像人们想象的那样。光绪帝从小就受李莲英看护，叫他“谙达”，夸他“忠心事主”。光绪帝被囚瀛台，李莲英多方照顾，经常到瀛台与光绪帝拆装钟表消遣。清代文人、著名维新派人士王小航曾讲述一个故事：

　　庚子年八国联军侵入北京，慈禧率光绪和王公大臣出逃，第二年回京在保定驻跸。慈禧临时寝宫被褥铺陈洁净华美，李莲英住得也不错，而光绪帝如何呢?李莲英侍候慈禧太后睡下后，前来光绪住处探望，见光绪在灯前孤坐，无一太监值班。李莲英一看，十分惊讶：光绪帝竟然没有铺盖。时值隆冬季节，天寒地冻，无法入睡。李莲英立即跪下，抱着光绪帝的腿痛哭道：“奴才们罪该万死!”亲自把自己住处的被褥抱过来供光绪帝使用。光绪帝后回忆西逃的苦楚时曾说：“若无李谙达，我活不到今天。”

　　而溥仪在《我的前半生》一书中则谈到，袁世凯在戊戌变法时辜负了光绪的信任，在关键时刻出卖了皇上。袁世凯担心一旦慈禧死去，光绪帝决不会轻饶了他，所以就借进药的机会，暗中下毒，将光绪帝毒死。电视剧《走向共和》即采用此说。

　　不论此说是否成立，光绪帝因戊戌变法中袁世凯告密恨他入骨，是千真万确的事实。光绪帝在囚禁中，每天在纸上画大头长身各式鬼形，写上“袁世凯”三字，然后撕成碎片。又经常画一乌龟，龟背写着“袁世凯”三个字，贴在墙上，用小竹弓向之射击，射烂了还不解气，再取下来剪碎，“令片片作蝴蝶飞”。又说他临死嘱隆裕皇后、醇亲王载沣杀袁世凯，为他报仇;有说他临死一言不发，唯用手在空中写“斩袁”两字。