11月3日，慈禧太后患了痢疾。太监崔玉贵等曾向慈禧太后进谗言，诬告光绪帝听说慈禧太后有病面露喜色。慈禧太后已知“光绪不治、不过捱时日”的诊断结果，摇头凄然道：“只怕皇帝要走在老身前头了。”果然，13日光绪帝咳血不止，14日去世。

　　光绪帝的死，应该对慈禧有所冲击。同治死后，她将母爱全给了光绪，一手抚养他长大。现在最亲的儿子和最恨的对手均化为乌有，她忽觉失去生命所依。15日，慈禧在仪鸾殿从容交代后事，宣醇亲王载沣子溥仪入宫嗣位，由光绪皇后叶赫那拉氏监护，摄政王载沣监国。之后，亦故去。

　　二、“非正常死亡”说。此说认为光绪帝是被害而死。

　　曾经是清宫御医的屈贵庭在《逸经》杂志二十九期发表《诊治光绪皇帝秘记》说，在光绪临死的前三天，他最后一次进宫为皇上看病，发现光绪本已逐渐好转的病情突然恶化，在床上乱滚，大叫肚子疼，脸颊发暗，舌头又黄又黑，不是所患之病应有症状。溥仪《我的前半生》中说，他从一个名叫李长安的老太监和内务府某大臣一位后人那里听说，光绪帝死前，不过是一般的感冒，脉案中脉象极平常。死前一天还是好好的，有人见到他像好人一样。病重消息传出不过两个时辰，就听说已经“晏驾”了。当时担任起居注官而能接近光绪帝的恽毓鼎，写了一部《崇陵存信录》(又名《光绪外传》)，中有：

　　1908年忽然传出光绪帝病重消息，召京外名医入宫诊视。诊脉时，光绪帝静静将双手置于案上，自己写出病情。入诊者都说光绪帝身体尚健。11月3日，适逢慈禧万寿节(生日)，光绪出瀛台替太后祝寿，有人看见他为准备跪拜而活动筋骨。12日，宫廷大乱，增加侍卫，稽查出入，传言光绪驾崩。次日，宫中恢复了宁静，午后，传载沣监国、溥仪入宫教养之命。14日，皇后入瀛台探视，光绪帝早已气绝身亡。太后闻此，仅叹息几声。

　　那么，是谁害死了光绪帝呢?有以下几种说法：

　　(一)慈禧太后谋害了光绪帝

　　《清稗类钞》、《崇陵存信录》等均持此种观点。此种观点认为，光绪帝虽然长期被囚，却是保皇党、立宪派的一面旗帜。光绪帝自己也没有放弃再度执政的想法，一直进行着准备，他暗暗关注并认真思考国家和世界大势，努力学习英文，了解世界各国风土人情、政治制度、国家间相互关系等，似乎是以三十多岁的年华为唯一资本，与七十多岁的慈禧太后进行生命的赌赛。他是在默默等待重新执政的那一天。生性敏感、老谋深算的慈禧太后，又何尝想不到这一层?依慈禧太后的秉性和一贯做法，她绝不甘心、也绝不能容忍给已被她击败的对手——光绪帝

　　一位史家分析：“正常死亡”说主要依据的是清宫遗档、脉案。但不容忽视的是，光绪帝整个治疗过程，全部掌握在慈禧太后手中。时奕劻主持光绪帝治病事宜，未经批准任何医生不准进入瀛台光绪帝寝宫，开出的处方，也须奕劻过目。而奕劻正是慈禧太后最得力的亲信大臣。若伪造“脉案”，实在是很容易的事。事实是光绪确患重病，但病情不至于导致突然逝世。再有，11月13日，慈禧太后以光绪帝名义颁发了两道谕旨，一是命醇亲王载沣之子溥仪入宫教养，在上书房读书;一是授载沣为摄政王。也就是说，那时慈禧太后即已预先知道，光绪帝会死在她的前面。唯一可以解释的，正是她本人决定和操纵着光绪帝的死期。

　　至于光绪帝遗体无刃器伤痕，也无中毒现象，此观点一说是慈禧太后令亲信太监将光绪帝“扼毙”;一说是将光绪帝“饿毙”。清宫太监回忆录《清宫琐谈》有：