常有后世学者攻击袁崇焕私通清朝，与其议和，这件事情也导致他最后被崇祯下狱凌迟。明王朝虽然一直被后世尊为“不和亲，不赔款，不割地，不纳贡，天子守国门，君王死社稷”，然而政治国事不是几句口号可以支撑，也并非满腔热血、一鼓作气便可发达。更多的是需要灵活，政治的灵活性对于信奉实用主义的我们来说并不陌生，明王朝在后期就多次寻求与清国和议，同时崇祯也多次想迁都南下，只是各种原因阻隔而未能成行，并非像像一些历史剧所演，一句祖宗的规矩不可变那么浅薄。

　　天启六年八月，也即宁远大捷后七月左右，努尔哈赤死，袁派人刺探虚实，这是袁第一次以议和名义与清军接触。而皇太极此时刚登位不久，同时想剪灭朝鲜袭扰，便同袁议和。趁此空闲之隙，袁便大修锦州、中左、大凌三城，同时派军牵制清军。第一次议和可以看出袁并非倒向清军或者留有后路。朝鲜、毛文龙相对而言并非主力，袁派军牵制清军尚可认为仅仅做出样子，但若袁有倒向清军之心，为何趁此之际修缮前线三城，这一行为符合他一贯的防御纵深构思，同时也表明他在做长期对抗清军的准备，因此第一次议和袁非有二心，而是在争取战略时间。

　　崇祯二年六月，袁崇焕擅杀毛文龙，同年十一月，皇太极进逼京师。朝野震动，朝中大臣认为认为袁此前与清军和议后，清军攻打降服朝鲜，再加擅斩毛文龙，清军便无后患之忧，大举入侵。二者时间相隔不远，崇祯很难不对袁产生怀疑。至于史书记载皇太极放一太监施展反间计，则大不可信。此为袁第二次和清军有接触，但观前后事，袁不可能勾结清军。

　　首先，袁多次出入朝堂，是谓心怀坦荡，根本未作叛变打算。

　　其次，袁下狱后，祖大寿害怕被株连投降清军，可袁仍愿意修书劝其归来，而祖大寿同样也愿意归回，说明袁和祖从未有叛变之意。，倘若袁私下真同清军接触，那也如同第一次一般，是缓兵之计。这些都为《明史》所记载，不可不信。观察袁前后所作所为，叛变投敌之说实属诬蔑。

　　袁崇焕最令人诟病的事情便是擅杀毛文龙，袁被定死罪其中一条罪名便是如此。这一段在《明史》上记载十分详细，可见此事的影响之大。袁此人颇为自负，做事雷厉风行，意气风发，甚至有一些独断专行，其性格决定了他行事风格，也决定了他最终的命运。当监军时，因查核到虚报名额的部队，便不经流程，直接斩杀了一位校官，此事还引起孙承宗的斥责。

　　后来被崇祯召见，一时意气，说出五年复辽的豪言。了解袁的性格后，便可分析出其杀毛的动机。袁恨毛文龙耗资无数，抗衡监管，多次袭扰清军却未能达到相应的牵制效果，后又私通清军，徘徊观望，行为举止不当，总结出十二条罪行斩杀毛文龙。事实上十二条中，冒领军功，杀民充数，多领军饷，任人唯亲等等是当时明军中非常常见的现象，朝廷不是不知，但念在毛文龙经营海岛多年，牵制清军有功，即使多耗粮饷不愿也无法追究。其中只有第十二条最为严重，“开镇八年，不能复寸土，观望养敌”。毛的行为如若放在平时，早就锒铛下狱，但在当时内忧外患之际，重用毛是不得已之举，朝廷也只能睁一只眼闭一只眼。

　　袁早就有心杀毛，同时相当看不起毛文龙，多次指责毛乃一介平民，才识普通。虽然毛确实该杀，但当时不是最好时机，同时袁也并未做好万全准备，未考虑到毛死后东江镇的安排处置。毛文龙经营东江多年，事实上已经形成军阀割据，手下军队均为其嫡系亲信。袁斩杀毛后，十分担心其手下造反，并未拿出切实可行的方案来处置其手下部队，史书上记载体现其处置十分仓促，杀了毛后派遣毛手下大将和其子孙统领其部队，又上书多发军饷慰劳其军。但因主帅已死，岛上人心浮动，手下多有叛乱离去。袁处置毛这一事很失水准，不应在此危亡之际擅斩主帅，并且未作万全准备，斩杀后处理十分唐突。斩杀毛三月之后，皇太极毫无后顾之忧，率十数万八旗军绕道直扑京师，前后时间相隔之近，朝堂百官不可不疑。