南宋与元（包含蒙古）的关系有二个阶段，从一开始的面对共同敌人金选择联合，到后来元（蒙古）侵略南宋，双方的关系是在变化的。

蒙古连南宋灭金

南宋与金为世仇。铁木真制定连南宋灭金的策略。蒙古在年灭掉西夏后，于南宋绍定五年（1232）12月，遣王檝使南宋，提议与南宋联合攻金，南宋遣邹伸之报聘，议定灭金后以河南土地归南宋。南宋与蒙古结盟以后，南宋绍定六年（金天兴二年，1233）十月，南宋将孟珙与蒙古将塔察儿合兵围蔡州。1234年2月9日，南宋军攻入蔡州南城，金哀宗自缢焚死，蒙古与南宋联军攻占蔡州，金亡。

蒙古和南宋合力灭金后，窝阔台汗违背将河南归南宋的诺言，只以陈、蔡东南一隅归南宋。南宋朝廷不得已而接受这一改变后退兵，蒙古军主力也北归。南宋一些官员提出乘河南空虚，出兵守黄河、据潼关（今属陕西）、收复三京（东京开封府，今河南开封；西京河南府，今洛阳；南京应天府，今商丘南），乘时收复中原。这种不考虑双方实力，破坏已达成的分界新协议，企图乘虚进占三京，迫使蒙古承认既成事实的提议，遭到不少有识之士的反对，但是南宋理宗都听不进去，一意收复三京，以建立不世功勋。南南宋收复河南的行动最终以失败告终。

蒙古（元）侵南宋

蒙古灭金后，以南宋为用兵的主要对象。南宋端平元年（1234）十二月，蒙古遣使责问南宋破坏盟约出兵河南，作为侵南宋的借口，开始首次侵南宋之举。

南宋淳祐元年（1241）11月，窝阔台病死。蒙古争夺汗位的斗争激烈。直至南宋淳祐十一年（1251）初，蒙哥继承汗位后，又不断派军向南宋进扰。1253年，皇弟忽必烈和大将兀良合台进军云南，攻陷大理。此后，招降吐蕃，控制了西南地区，从西南方面对南南宋造成了大包围的形势。

南宋宝祐五年（1257）春，蒙哥汗下诏大举侵南宋，次年二月，自率西路蒙古军4万号称10万侵蜀，分兵三道。1259年正月，进攻合州（今四川合川）钓鱼山，南宋知州王坚杀蒙招降使者，坚决抵抗。二月，蒙哥汗亲至钓鱼城下督战，王坚抗击，蒙古军连攻五月不克，伤亡很大。七月下旬，蒙哥汗因攻城受伤死于钓鱼山下，蒙古军解围。忽必烈进攻鄂州，久攻不下。

这时蒙古宗室阴谋夺取汗位，情况紧急，忽必烈妻察必遣使于同月下旬驰至忽必烈军中，请忽必烈立即北返以夺汗位。忽必烈渡江北返，成功争得汗位。

南宋咸淳七年十一月十五日（1271年12月18日），忽必烈改蒙古国号为元，以示正统，是为元世祖。此前，度宗咸淳三年(1267年)，蒙古军开始攻襄阳及樊城。南宋咸淳九年（元至元十年，1273）正月，樊城失陷。二月，南宋襄阳守将吕文焕降元。

元军占领襄阳后，次年（1274）六月决定大举伐南宋。1276年伯颜入临安，南南宋恭帝降。从1235年窝阔台汗对南宋用兵至1276年伯颜入临安，南宋恭帝降，共约40年之久。

恭帝降后，南宋爱国军民继续抗元斗争。南宋大臣先后拥立益王赵昰、卫王赵昺即帝位，成立南宋流亡朝廷继续进行抗元斗争。文天祥、张世杰、陆秀夫，是南宋最后几年的三根柱石。 文天祥在外面发展，张世杰护驾，陆秀夫主持政府。他们三人忠心耿耿，把南宋的寿命延长到祥兴二年(1279年)阴历正月。

1279年正月，元将张弘范以舟师围崖山海口，张世杰结大舶千余驻海中抗击元军，元军切断南宋军淡水汲路。二月初六日（1279年3月19日）元军大举进攻，南宋军战败，左丞相陆秀夫背负年仅7岁的南南宋末帝赵昺投海自尽，杨太后亦投海死，南宋亡。

元朝最终取代南宋成为正统王朝。