东汉的政治组织与西汉基本相同，而稍有损益。光武帝即位后，为紧缩开支而裁减官僚机构，减少官员名额，每年节省俸钱开支以亿万计。

东汉的中央政府，还是以三公九卿组织而成的。但在新皇帝即位之时，则以太傅或太尉录尚书事，总揽政务。光武躬政，以尚书台总领纪纲，职无不统。御史台也合并在少府下面。侍中在西汉本是加官，到东汉设立侍中寺，献帝时给事黄门也并入侍中寺，成为少府下面的一个机构。

西汉时，有太师、太傅、太保，称为上公，而东汉则仅有太傅一人，也称上公。《东汉会要·职官一》云：“太傅，上公一人。原注说：掌以善导，无常职。”光武帝以卓茂为太傅，封褒德侯，食邑二千户，赐几杖车马。此后，每当新皇帝即位，辄置太傅录尚书事，总揽朝政。录尚书事这一官称创始于西汉，武帝曾以张子孺为录尚书事。东汉时赵熹、邓彪、张禹、冯石、冯鲂、桓焉、赵浚等均任录尚书事，死即除其官。汉灵帝时，以陈蕃为太傅录尚书事，被杀后，又以胡广继任，这是例外。东汉末，董卓曾在长安自尊为太师，位在太傅之上，但死后即除其官称。太傅有属吏，据《汉官》记载有长史一人，秩千石，掾属24人，令史、御属22人。

上公之下是三公。东汉以太尉、司徒、司空为三公。光武帝初即位，置大司马，至建武二十七年（公元51年）才改大司马为太尉。《后汉书·百官一》载：“太尉，公一人。原注曰：掌四方兵事功课，岁尽即奏其殿最（最，表示政绩优异，殿，表示政绩下等）而行赏罚。”凡国家有大事，即与司徒、司空共同商议。牟融、徐防均以太尉录尚书事，与太傅参决政事。这说明太尉除主兵政外，也兼管民政。太尉分领太常、卫尉、光录三卿。其属吏有长史一人，秩千石，总管各曹事务。诸曹掾、史、属24人。在诸曹中，西曹主府中官吏的任用；东曹主二千石的迁转和任用；户曹主管民户、祠祀、农桑；奏曹主管奏议；辞曹主管辞讼；法曹主管邮驿日程期限；尉曹主管卒徒转运事；贼曹主管盗贼；决曹主管刑法；兵曹主管兵事；金曹主管货币、盐铁；仓曹主管仓谷。此外，还有黄阁，主簿录省众事，为阁下诸吏之长。又有令史及御属23人，阁下令史掌管仪仗执事；记室令史掌管上章表报书记；门令史主管府门。其余令史掌管各曹文书。

光武即位，初置大司徒，《汉官仪》说：“王莽时，议以汉无司徒官，故定三公之号曰大司马、大司徒、大司空。世祖即位，因而不改。”建武二十七年（公元51年），去“大”，称司徒。《后汉书·百官一》载：“司徒，公一人。本注曰：掌人民事。凡孝民孝悌、逊顺、谦俭、养生送死之事，则议其制，建其度。凡四方民事功课，岁尽则奏其殿最而行赏罚。”若国家有大事，即与太尉、司空共同商议。司徒主人，掌教化，分领太仆、鸿胪、廷尉三卿。属吏有长史一人，秩千石。掾属31人（《汉官目录》作30人，此据《后汉书·百官一》），令史及御属31人。光武帝即位，依武帝故事，置司直，居丞相府，助督录诸州，建武十八年（公元42年）省置。汉献帝建安八年（公元203年），复置司直，但不隶属司徒，掌督中都官，不领诸州事。

司空，公1人。光武即位置大司空，建武二十七年去“大”，为“司空”。《后汉书·百官一》云：“掌水土事。凡营城起邑，浚沟洫、修坟防之事，则议其利，建其功。凡四方水土功课，岁尽则奏其殿最而行赏罚。”国有大事，则与太尉。司徒共商议。司空主地，分领宗正、少府、司农三卿。献帝建安十三年（公元208年），改司空为御史大夫，职如司空，不领侍御史。其属吏有长史1人、掾属29人、令史及御属42人。

东汉初年，征拜三公多是知名经师，当时皇帝勤于政事，好明察，仅以尚书协助自己处理政务，不以实权交给三公。并且对仅有考课任务的三公，还课其殿最，往往以小过而免退之。例如宋弘为大司空，在位五年，因考核上党太守无所依据而坐免官。伏湛行大司徒事，以冬祭高庙，因河南尹与司隶校尉在庙中争论，而湛不举奏，坐免官。赵熹为太尉，明帝永元三年（公元60年），以考核中山相薛修事不实，坐免官。冯鲂为司空，永平四年（公元61年）以考核陇西太守邓融事，听任奸吏所为，坐免官。更有甚者，至于诘责诛斥，例如韩歆为司徒，因好直言，无所隐讳，光武帝不能容忍，把他免官，遣归乡里，并下诏责之。韩歆惶恐不安，与其子婴皆自杀。其后欧阳歙、戴涉为大司徒，皆以罪下狱死。

西汉时，以太常、光禄勋、卫尉、太仆、大鸿胪、宗正、大司农、少府为九卿。光武即位，沿西汉旧制，也置九卿。其所职掌，也与西汉略同，只是机构的裁并，属官的精简，有异于前。此外，东汉的九卿，分别隶属于三公。《通考·职官考》说：

太常、光禄勋、卫尉三卿，並太尉所部；太仆、廷尉、大鸿胪三卿，並司徒所部；宗正、大司农、少府三卿，並司空所部。

东汉九卿之长均加“卿”字，其秩皆中二千石。此外，东汉九卿与西汉不同者还有：

（一）“光禄勋”设中郎将（五官中郎将，左中郎将，右中郎将，虎贲中郎将，羽林中郎将。东汉末还有东、北、西、南中郎将）。

（二）“少府”设尚书令一人（秩千石）、尚书仆射一人（秩六百石）、尚书6人（秩六百石）。“尚书”在西汉成帝时，初分四曹：常侍曹、二千石曹、民曹、主客曹（一说五曹，多一个三公曹），东汉初分为六曹：改常侍曹为吏曹，又把主客曹分为“南主客曹”与“北主客曹”。“尚书”又设左右丞2人（秩四百石），《后汉书·百官三》载：“掌录文书期会，左丞主吏民章报及驺伯史。右丞假署印绶，及纸笔墨诸财用库藏”；侍郎36人，每曹6人（秩四百石），掌作文书起草；令史18人，每曹3人（秩二百石），后增剧曹3人，合为21人。可见尚书组织之庞大。

从表面上看，东汉的中央职权，似乎是三公、九卿在行使，其实并不如此，实际的权力掌握在尚书台手中，所谓“三公”只不过是充当傀儡而已，虽然他们分管了九卿，但都不能发号施令。《后汉书·仲长统传·法诫篇》说：

光武皇帝，愠数世之失权，忿强臣之窃命，矫枉过直，政不任下，虽置三公，政归台阁（即尚书台），自此以来，三公之职，备员而已。

东汉中央官制与西汉官制最突出的区别，就在于尚书台的组织。尚书之官称创始于秦代。不过在秦时，所谓尚书，只是少府的属吏，其任务仅仅主管在朝中传达诏令，当时皆以文人为之，至汉武帝改尚书为中书，以宦官任之。成帝时，再恢复尚书旧名，尚书的由来虽然已久，但至西汉末，在中央政府中并不重要，只不过是宫廷收发而已，地位极低。至东汉光武帝，为了推行绝对的独裁政治，对于自己钦命的三公，也不信任，把国家的大权全部集中到自己手中。为了处理政务，那些侍从左右的尚书，便是他最好的助手。自此以后，尚书的权威日益高涨。《通考·职官考》云：

至后汉，则（尚书）为优重，出纳王命，敷奏万机，盖政令之所由宣，选举之所由定，罪赏之所由正，斯乃文

昌天府，众务渊薮，内外所折衷，远近所禀仰。非常清楚，所谓尚书台，就是皇帝宫廷的办公厅。这是实现中央集权政治一种必要的政治机构。因而宫廷的办公室就取代了中央政府，而皇帝的侍从也就一跃而居于三公之上。于是，尚书就由事务官变为政务官了。因为尚书事权极重，所以当时称之为“政归台阁”。所谓“台阁”，就是指宫廷办事处的意思。

除三公、九卿、尚书台以外，东汉又有各级将军，也是中央要员，《后汉书·百官志一》云：

比公者四：第一大将军，次骠骑将军，次车骑将军，次卫将军，又有前后左右将军。

大将军位在三公之上，骠骑将军、车骑将军、卫将军在三公之下。前、后、左、右将军，位在上卿之下，不常置，东汉中期以后，太后临朝称制，外戚执政，常假借兵权以自重。于是，大将军便成为中央的主要官员了，并与太傅三公合称为五府。《通考·职官考》云：

自安帝，政理衰缺，始以嫡舅耿宝为大将军，常在帝都。顺帝即位，又以皇后父、兄弟相继为大将军，如三公，汉末犹在三公上。梁冀、窦武、何进皆以大将军录尚书事，专制朝政。将军下设长史、司马各1人，皆千石，从事中郎2人，六百石，职参谋政。此外，又有掾属29人，令史及御属31人，均在府中供职。将军领兵的，都有部曲。大将军营五部，每部校尉1人，比千石，掌领兵，是统率营部或某一兵种的武官。军司马1人，比千石，主兵。部下有曲，曲有军侯1人，比六百石，掌监军。曲下有屯，有屯长1人，比二百石。凡不设置校尉部的，但置军司马1人。又有假司马、假侯，都是副贰之职。所属兵员多少无定额。其余杂号将军，有事则置，因事命号，事已则罢。也有部曲、司马、军侯以领兵，也有掾、史分掌兵器与营务。明帝永平八年（公元65年）复置度辽将军，以护南单于，因其内部时有不稳，遂为常设将军。灵帝时设“西园八校尉”防守京都洛阳，以宦官负主要责任，开宦官统兵之恶例。东汉政府对于少数民族，也设有多种专官，如“使匈奴中郎将”、“护乌桓校尉”、“护羌校尉”等。