建立准噶尔汗国的准噶尔部落是属于蒙古族的一支--卫拉特蒙古，这个历史悠久的部族，在各个历史时期有不同的称谓，元朝称翰亦剌惕，明代称瓦剌，清代称卫拉特，亦称厄鲁特、额鲁特或西蒙古、漠西蒙古。国外则称之为卡尔梅克。清末明初之际，卫拉特蒙古分为和硕特、准噶尔、杜尔博特、土尔扈特四大部落。
1634年，准噶尔部的首领哈喇忽剌去世，其子巴图尔继承了他的事业，不断扩大自己的领土，并在1638年在博克塞里（今博克赛尔蒙古自治县）建成自己的都城，1640年，制定了《卫拉特法典》，正式建立了准噶尔汗国，巴图尔被称为巴图尔珲台吉，连续两次击退俄国的侵略，迫使俄国承认了自己的独立并与之建立了外交关系，两国互通贸易。大家知道，清朝是在1644年建立，准噶尔汗国要比他早立国4年。1648年，巴图尔珲台吉授命喇嘛咱雅班第达将过去的蒙文改造而制定成“托沁”文字，作为准噶尔汗国的统一文字。
1653年，巴图尔珲台吉去世，其第五子僧格继承汗位，但其众兄弟不服，起兵反叛，内战爆发，至十七世纪六十年代，僧格才平定了叛乱，但在1671年，他就被自己的两个哥哥--车臣和卓特巴巴图尔暗杀，他的三个儿子都年小，汗位难以得到延续，在汗国将要陷入分裂时，正在西藏学习佛学的噶尔丹（僧格的同母弟）征得老师--五世达赖喇嘛的同意还俗。用极快的速度回国，在和硕特首领鄂齐尔图车臣汗的援助下，擒杀了车臣，并将卓特巴巴图尔赶往青海，使国家恢复安定，他自己成为准噶尔汗国的新一代大汗，称为“博硕克图汗”。但是，由于他的即位是建立在和硕特首领鄂齐尔图车臣汗的帮助之上，汗国实际上有一半的领土在鄂齐尔图车臣汗的控制之下，为了巩固自己的权利，噶尔丹经过多年战争，击败了鄂齐尔图车臣汗，使汗国内部形成了以他为首的绰罗斯家族的一统天下。
噶尔丹深受喇嘛教的影响，一直想建立一个以喇嘛教为国教的准噶尔帝国，所以，他第一步在1678年率兵攻入南疆，灭亡了叶尔羌汗国，同时，又用兵于哈萨克，巩固在那里的统治。在他扫除一切障碍准备实施自己的计划时，却因多疑埋下了自己日后败亡的种子：随着时间的推移，僧格的三个儿子都已长大成人，尤其长子策妄阿拉布坦更是英武不凡，按准噶尔法律，策妄阿拉布坦才应是合法的汗位继承人，噶尔丹为使自己的权利不至于旁落，便逐渐打压策妄阿拉布坦，在1688年，暗杀了他的弟弟索诺布阿拉布坦，这使策妄阿拉布坦感到自身安全难以保障，便在7名僧格旧臣的陪同下，率5千部众，逃至博尔塔拉河一代休养生息。
噶尔丹没有将策妄阿拉布坦放在眼里，在征服了自己西方的哈萨克汗国之后，便集结兵马欲与清朝争夺漠南、漠北蒙古的领地，在1690年，攻入喀尔喀，长驱东进，直取乌珠穆沁，然后拨转锋芒，在赤峰附近的乌兰布通南下，喀尔喀诸部首领都无法抵挡，于是联名向清朝的康熙皇帝求救，康熙皇帝御驾亲征，与噶尔丹在乌兰布通交战，噶尔丹虽然英勇善战，并发明了著名的“驼城”战术，但仍然被装备有重型火炮的清朝军队击败。与此同时，策妄阿拉布坦率军进攻噶尔丹后方，控制了北到额尔齐斯河上游，东到乌布苏湖的整个地区，包括吐鲁番、库车等新疆的广大领土，从背后形成了对噶尔丹根据地科布多的包围。
撤回根据地的噶尔丹已陷于两大强敌的夹击之中，但他认为只要击败清朝军队，打通自己向东的通道，策妄阿拉布坦便不足挂齿，于是，在1695年，噶尔丹再度进兵喀尔喀，这时的喀尔喀已经被清朝纳入自己的版图，康熙皇帝再次御驾亲征，噶尔丹虽然抱定必胜的决心，但这时他的实力与上次相比已大为不如，而康熙却集结更多的人马欲将他彻底消灭，两军经过了极为惨烈的战争，噶尔丹的大妃阿奴也在战斗中战死。最终，他的3万铁骑最终难以击败康熙的20万大军，大败亏输，而这时，策妄阿拉布坦又夺取了他控制下的哈密，切断了他回国的道路，在逃亡一年后，即1697年3月13日，在阿尔泰的阿察阿穆塔台，噶尔丹服毒自杀。翌年9月，策妄阿拉布坦遣使清朝，献上噶尔丹尸体，暂时结束了与清朝的战争，次年，策妄阿拉布坦正式登上了大汗的宝座。
策妄阿拉布坦与其儿子噶尔丹策零统治时期（1698-1745），是准噶尔汗国的鼎盛阶段，领土范围包括新疆、青海、蒙古西部、今哈萨克斯坦等广大地区，人口达到五百余万，拥有三十万大军，数次击败来犯的清朝军队。1745年，噶尔丹策零去世，其子策妄多济那穆扎勒即位，称为阿占汗，他年少荒唐不理政务，并且囚禁了替自己管理国家的姐姐鄂兰巴雅尔，致使姐夫萨英博落克秘密拥立阿占汗的异母兄喇嘛达尔扎，杀死了阿占汗，汗国陷入长年内乱。1752年，策妄阿拉布坦弟弟大策零顿多布的孙子达瓦齐联合策妄阿拉布坦的外孙阿穆尔萨那，最终消灭了萨英博落克和喇嘛达尔扎的势力，达瓦齐自立为汗，这又引起阿穆尔萨那的不满，1755年，阿穆尔萨那投奔清庭，并作为向导进攻准噶尔汗国，达瓦齐率军抵抗，大小战役数十次，终因寡不敌众而败，达瓦齐被新疆贵族霍集占出卖沦为清军俘虏。清朝主将兆惠秉承乾隆皇帝的旨意，对准噶尔百姓进行了血腥屠杀，在屠刀和瘟疫的双重打击下，准噶尔部众死伤殆尽。至此，强盛一时的准噶尔汗国在内外交困中灭亡，存世115年。
准噶尔汗国是在清朝建立前便立国的独立国家，在明朝灭亡后100多年中，独立面对强大的清帝国和沙皇俄国，享国运百余年，它与清朝的战争，是两个国家的战争，并不是清朝内部的叛乱。1755之后，清朝政吞并了准噶尔汗国之后，它的领地才成为清朝的领土。也正是因为以佛教为国教的准噶尔汗国的灭亡，新疆的伊斯兰教才占到了主导位置。