我们先来说第一种，这种说法呢，是说药师佛的法器是药师佛天珠，简称药师珠。药师珠代表药师佛的佛眼。药师珠这种佛珠具有强力的避邪驱魔、净除业障、福慧健康的加持力，是药师佛的法器。许多佛教的弟子用药师珠来修持药师法门，据说这样能达到与本尊心神合一的效果。而且根据《药师琉璃光王七佛本愿功德念诵仪轨供养法》记载：药师佛的左手执持药师珠佛珠，右手结三界印，身着袈裟，结跏趺坐于莲花台。

第二种说法则是说药师佛的法器是药器。在民间药师佛的形象多为左手拿药器，而且这个药器里装着许多的草药，所以药器被认为才是真正的药师佛法器，还说这个药器是药师佛无病无痛十二宏愿的代表。所以一般来说，我们都认为药师佛法器其实是药器，这也正与药师佛的法号相应。