另外司马迁和班固之间存在一个很大的差异就是思想差异，司马迁时期，儒家思想还没有被推倒那么高的位置，所以司马迁在评价很多历史人物的时候并没有单单用儒家思想的价值观来做单一的评价，而是加入了许多自己的看法和别人的看法。而班固则不同，董仲舒“罢黜百家，独尊儒术”之后，班固则成为这个运动的产物。班固已经把儒家的思想作为自己的主要思想，而且这种思想还具有排他性，因此班固开始批评司马迁没有用儒家的思想来对人物进行评价。

任何时候，思想的单一都会造成闭塞和极端，所以这也是班固和《汉书》的一个缺点。思想的多元化也能够使文章更加的生动、更加贴近真实的历史，显然在这一点上《汉书》和《史记》比起来尤为不足。