皇甫嵩和朱儁又一起先后进攻其他地方的黄巾军，一路成功镇压，平定了三郡之地。皇甫嵩上表朝廷，不以功劳自居，把军功归给了朱儁，使得朱儁得以封侯，并加官晋升。之后，两人分兵各自攻打黄巾军，皇甫嵩攻打张角三兄弟，而朱儁进攻张曼成，最后平定了黄巾之乱。

之后，皇甫嵩和朱儁都经历了董卓和李傕、郭汜的乱政，两人最后都病死在了195年。